【分子动力学】分子动力学仿真软件Lammps最简单安装教程-Ubuntu20.04

luzongbaqi

已于 2023-11-23 19:11:52 修改

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文章标签： linux ubuntu c++ python

于 2023-11-23 18:33:46 首次发布

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分子动力学仿真软件Lammps最简单安装教程-Ubuntu20.04

- 1. 安装前的准备
- 2. 安装相关的依赖库
- 3. 编译Lammps
- 4. 根据需要安装额外的模块

1. 安装前的准备

1.1 安装好操作系统Ubuntu20.04, 其他版本也可以
1.2 下载好Lammps源代码下载地址
主界面中找到download --> 下载最新的稳定版本即可（本人下载）
在这里插入图片描述

1.3 下载并安装四个编译工具

sudo apt-get install gcc    #安装gcc编译器
sudo apt-get install g++    #安装g++编译器
sudo apt-get install gfortran    #安装gfortran编译器
sudo apt-get install make    #安装make编译器

2. 安装相关的依赖库

Lammps源代码包解压后进入./src/MAKE/MACHINES，打开Makefile.ubuntu 查看所需要安装的库
在这里插入图片描述

#安装相关的库
sudo apt-get install mpi-default-bin  mpi-default-dev #MPICH
sudo apt-get install libfftw3-dev #FFTW
sudo apt-get install libjpeg-dev libpng-dev #有些人选择不安装，那就自己修改下make文件

3. 编译Lammps

进入src目录下开始编译

进入src目录，右键在终端打开
输入命令后编译

make mpi

可以在src目录下找到编译好的lmp_mpi (这个就是需要的东西)
将lmp_mpi 拷贝到指定文件夹下，并将改文件夹加入系统环境变量

#打开文本
sudo gedit ~/.bashrc 
#在文本最后添加lmp_mpi所在的路径 例如：
export PATH=/home/admin1/Lammps/lammps-2Aug2023/bin:$PATH

运行测试

#书写一个案例后进入文件夹打开终端
# 单核运行，不使用MPI
lmp_serial -in in.file
# 并行计算，使用MPICH框架
mpirun -np 4 lmp_mpi -in in.file

4. 根据需要安装额外的模块

进入src目录下右键在终端打开
查看已经安装的额外模块

make package-status

根据需求安装/卸载模块

make yes-name #安装模块
make no-name #卸载模块

重新编译lammps

make mpi