读取一个nii.gz文件:
import SimpleITK as sitk
data_path = 'example.nii.gz'
data_1 = sitk.ReadImage(data_path)
查看对象的大小size:
data_1.GetSize()
(320, 260, 72)
三个值分别如何对应呢?
查看对象的Depth,Height, Width:
data_1.GetWidth(), data_1.GetHeight(), data_1.GetDepth()
(320, 260, 72)
从对象中读取numpy数组,查看numpy大小
arr_1 = sitk.GetArrayFromImage(data_1)
arr_1.shape
(72, 260, 320)
在sitk对象中,GetSize()得到的是:[x, y, z] —> [width, height, depth]
而numpy中,shape为:[z, y, x] —> [depth, heitht, width]。
从arr中读取一个slice并显示:
plt.imshow(arr_1[36,:,:], cmap = 'gray')