在SimpleITK形式下，将RAS和IJK坐标系互转

最新推荐文章于 2024-06-28 09:48:33 发布

我的辉

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分类专栏： slicer 文章标签： python 开发语言

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参考文章slicer软件中RAS转换为像素坐标方法

import SimpleITK as sitk    
import numpy as np            

itkimage=sitk.ReadImage("MRBrainTumor1.nrrd")

#先转成list,再由list转为numpy
numpyOrigin = np.array(list(itkimage.GetOrigin()))
numpyOrigin[0]=-numpyOrigin[0]
numpyOrigin[1]=-numpyOrigin[1]


numpySpacing= np.array(list(itkimage.GetSpacing()))

numpyDirection= np.array(list(itkimage.GetDirection())).reshape(3,3)
numpyDirection[0,0]=-numpyDirection[0,0]
numpyDirection[1,1]=-numpyDirection[1,1]

def RAS_to_IJK(ras, origin, direction, spacing):
    ras = ras - origin
    ras = np.matmul(np.linalg.inv(direction), ras)
    ijk = ras / spacing

    return ijk


def IJK_to_RAS(ijk, origin, direction, spacing):

    ras = ijk * spacing
    ras = np.matmul(direction, ras)
    ras = ras + origin
    
    return ras