本文整理一下RELION4.0教程中每一步使用的命令,方便查看和使用相关API。
建议配套实验流程RELION4.0 subtomo教程解析来看。
1. 导入tomograms
relion_tomo_import_tomograms
--i input/tomograms_descr.star --o ImportTomo/job001/tomograms.star
--angpix 1.35 --voltage 300 --Cs 2.7 --Q0 0.07
--ol input/order_list.csv --flipZ --hand 1
--pipeline_control ImportTomo/job001/
对应源码:import_tomograms.cpp
2. 导入particles
relion_tomo_import_particles
--i input/coords_5tomos.star --o ImportTomo/job002/
--t ImportTomo/job001/tomograms.satr
--pipeline_control ImportTomo/job002/
对应源码:import_particles.cpp
3. 创建pseudo subtomo
relion_tomo_subtomo_mpi
--i ImportTomo/job002/optimisation_set.star --o PseudoSubtomo/job003/
--theme classic
--b 192 --crop 96 --bin 4 --float16 --j 24
--pipeline_control PseudoSubtomo/job003/
对应源码:subtomo_mpi.cpp
4. 创建 initial model
relion_refine
--i PseudoSubtomo/job003/particles.star
--o InitialModel/job004/run
--iter 100
--grad
--denovo_3dref
--ctf
--K 1
--sym C1
--flatten_solvent
--zero_mask
--dont_combine_weights_via_disc
--pool 16 --pad 1
--skip_gridding
--particle_diameter 230
--oversampling 1
--healpix_order 1
--offset_range 6 --offset_step 2
--auto_sampling
--tau2_fudge 4
--j 8 --gpu '0'
--pipeline_control InitialModel/job004/
# dont_combine_weights_via_disc: 通过MPI网络发送加权求和的大数组,而不是将大文件写入磁盘。
# skip_gridding: 跳过M步骤中的网格细分
# tau2_fudge: 正则化参数(大于1的值赋予数据更多权重)
# oversampling:自适应过采样顺序以加速计算(0:无过采样,1:2x,2:4x)
# healpix_order:3D球体上角度采样(过采样前)的Healpix顺序。
relion_align_symmetry
--i InitialModel/job004/run_it100_model.star --o InitialModel/job004/initial_model.mrc
--sym C6 --apply_sym --select_largest_class
--pipeline_control InitialModel/job004/
# apply_sym: 将对称性同样应用到 map
# select_largest_class: 从 model.star 中选择最大的类,默认情况下将选择对称最好的 map。
对应源码:ml_optimiser.cpp
, align_symmetry.cpp
5. Refine 3D
relion_refine_mpi
--o Refine3D/job005/run
--auto_refine
--split_random_halves
--ios PseudoSubtomo/job003/optimisation_set.star
--ref InitialModel/job004/initial_model.mrc
--ini_hign 50
--dont_combine_weights_via_disc
--pool 16 --pad 2
--skip_gridding
--auto_ignore_angles
--auto_resol_angles
--ctf
--particle_diameter 230
--flatten_solvant
--zero_mask
--oversampling 1
--healpix_order 2
--auto_local_healpix_order 4
--offset_range 5
--offset_step 2
--sym C6
--low_resol_join_halves 40
--norm --scale
--j 8 --gpu ""
--pipeline_control Refine3D/job005/
# auto_refine:在自动细化中,基于分辨率要求的采样更新角度采样,使得收敛速度更快。
对应源码:src/apps/refine(_mpi).cpp
, 主要算法实现位于src/ml_optimiser(_mpi).cpp
。
6. reconstruct particle
relion_tomo_reconstruct_particle_mpi
--i PseudoSubtomo/job003/optimisation_set.star
--p Refine3D/job005/run_data_z2.75/star
--theme classic
--o ReconstructParticleTomo/job006/
--b 256 --crop 128 --bin 2
--j 24 --j_out 24 --j_in 1 --sym C6
--pipeline_control ReconstructParticleTomo/job006/
对应源码:reconstruct_particle_mpi.cpp
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