前言
这几天打算开始学习一下富集分析,发现这个R中的包:clusterProfiler,遂打算下载安装,开始学习。关于安装的经验也记录一下,以后可能用得上,也可以给需要的人提供下参考。
1.下载安装方法
首先,这个包不能够通过常规的install.packages()安装,需要通过Bioconductor,这个是很多生物分析相关的包的管理器,我暂时还不是很懂,也不好瞎介绍。
在官网就有下载的介绍:
Bioconductor-packages-clusterProfiler
也有很多关于这个包的介绍。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")
下载的代码。
2.服务器上尝试安装
我一开始想着,在服务器上下载看看,发现并不成功,报错:
尝试了用biomanage安装那些报错的包,不行,用install.packages()也不行,网上搜索了许多,我没有搞懂。
我就想着本地安装一下。
3.本地Windows安装。
在本地的R中运行安装的代码,发现没有那些报错,可能是各种依赖库更全面,当然也安装了很多很多相关的包,以及一些包的更新。好消息就是能安装上。
> library(clusterProfiler)
clusterProfiler v3.18.1 For help: https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler
If you use clusterProfiler in published research, please cite:
Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han, Qing-Yu He. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287.
载入程辑包:‘clusterProfiler’
The following object is masked from ‘package:stats’:
filter
有一个函数的覆盖,小问题,至此安装好啦!