RankProd秩序乘积算法

RankProd秩序乘积算法

内容主要引用自文章《RankProd: a bioconductor package for detecting differentially expressed genes in meta-analysis》

 

简单来讲就是指不同的数据集在找差异基因的时候，会有实验室效应，批次效应，所以需要单独放在各个数据集里分析，主要原理算法截取自文章

 

第一步准确的意思应该是假设只有一个数据集dataset1，拥有10000个基因，假设6个样本，实验组T1、T2、T3，对照组C1、C2、C3，那么针对于某个基因来讲，FC就等于

T1/C1、

T1/C2、

T1/C3、

T2/C1、

T2/C2、

T2/C3、

T3/C1、

T3/C2、

T3/C3

一共是得到了nTxnC=3x3=9

第二步

其实是按照每一次比较来排序的，比如第一次比较是T1/C1，那么gene1-gene10000都会有一个ratio，按照这个ratio进行排序，得到rank1-rank10000

第三步

按照上述的数据，一共比较了9次，那么比如TP53基因，就会得到9个rank值，相乘这9个rank，再取9次方根就得到了TP53这个基因的最终rank

相当于gene1-gene10000，就有了最终的rank排名。

 

假如多一个dataset2，原理也是一样，只不过前两步是在数据集内比较，第三步才汇总在一起取根号