14. Lammps入门in文件简介-2

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：Lammps入门in文件简介-2

书回正文

  Lammps了解Lammps输入脚本（in文件）结构，有助于快速定位bug和查阅相关资料，in文件主要结构包括四部分：初始化(Initialization)，系统定义(System definition)，模拟设置(Simulation settings)，运行模拟(Run a simulation)

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Lammps输入脚本的典型结构如上所述，接下来让我们逐个了解。注：本文涉及的命令后续文章会详解。
链接：https://docs.lammps.org/Commands_structure.html

01 初始化(Initialization)

设置在创建原子或从文件中读取原子之前需要定义的参数。相关命令包括：units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify

如果力场参数在将要读取的文件中，力场类型的指定涉及命令包括：pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improver_style

02 系统定义(System definition)

主要有三种方式定义模拟单元(simulation cell)：

1. 从data文件读取：read_data
2. 从restart文件读取：read_restart
3. 创建模拟单元然后填充原子，主要命令涉及：lattice, region, create_box, create_atoms, read_dump

03 模拟设置(Simulation settings)

一旦定义了原子/分子拓扑结构，就可以指定各种设置参数：包括力场系数、模拟参数和输出选项等等。

力场系数（也可以在读入文件中设置）设置涉及：pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff ,dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds

模拟参数设置涉及：neighbor， neigh_modify， group， timestep， reset_timestep， run_style， min_style， min_modify

输出选项设置涉及：thermo, dump, restart

04 运行模拟(Run a simulation)

退火模拟：temper
能量最小化：minimize
分子动力学模拟：run

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本文介绍了in文件结构和主要涉及的命令，从下节开始基于之前建模的PE热解实例，进行Lammps命令的逐一讲解。今天就到这里啦，拜了个拜~

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