9. ReaxFF MD力场简介及其确定

来源: “码农不会写诗”公众号
链接:ReaxFF MD力场简介及其确定

ReaxFF MD

  通俗来讲,模拟是对真实事物或者过程的虚拟。计算模拟可以理解为基于一定理论和事实基础通过数学计算进行虚拟化的过程。ReaxFF作为新一代的分子力场,其参数是一种用于描述原子间相互作用和化学反应的经验力场。


01 ReaxFF简介

  ReaxFF 是基于经典力学方程、借鉴其它经验力场提出的基于键级(Bond Order, BO)的反应力场。在ReaxFF中,通过键级的概念来确定原子间的连接性以描述键的断裂和生成,键级定义的一个最基本的假设是键级与原子间的距离存在一定的数学关系,通过原子间的距离,可以直接得到任意两个原子间的键级。原子间的相互作用被描述为势能函数,原子状态的更新依赖于ReaxFF势能文件函数也就是力场文件参数,因此,力场是否适用研究体系决定了模拟成功与否。可谓是方向决定成败。

02 ReaxFF力场参数文件获取

  力场文件基本均出自SCM(Software for Chemistry & Materials)的收录

About SCM
Scientists at SCM are passionate about Making Computational Chemistry Work For You, to help your research and development. We feel strongly about developing user-friendly and powerful software, to make your research life easier. We always value feedback on how to further improve our software in terms of capabilities, speed and usability!

磨刀不误砍柴工,先学会下载力场

2.1 SCM官网→Supoort→Included force fields

点击进入 Included_Forcefields

2.2 下载力场文件

点击 文章链接 进入论文页面

2.3 力场文件基本格式

  下载的文件大多都为pdf格式,可手动(Ctrl+c→Ctrl+v)转换为普通文本文件以供后续使用。

温馨提示:以上所述为最快捷获取方式,其他方式朋友们可以评论区交流哦!

03 确定力场参数是否适用于研究体系

  做学问一定要踏踏实实多看论文,以下仅代表个人观点,没任何引导性,不喜勿喷。

3.1 已有被证明适用的力场参数文件

  最方便快速可靠的方式是站在巨人的肩膀上,通过关键词筛选论文找同类型文章确定是否有相关研究已经证明过某力场参数可用于某研究
  比如要做废塑料(PE/PP/PS)的热解模拟,而你又恰巧看过【典型聚乙烯,聚丙烯,聚苯乙烯废塑料共热解初期反应特性的ReaxFF分子模拟研究】这篇文章,那恭喜啦~

3.2 没有可以直接确定力场的证据

  走到这步那就让我们再次回到SCM力场文件论文收录页面(参考2.1),下滑看到很多条收录信息(希望不会觉得少哈哈哈),接下来就逐个筛选了,当然也可以适当采用科学手段。

a. 先确定力场包含的原子是否适用,过滤掉很多条目
b. 阅读文章摘要->浏览文章图表->阅读文章结论->细读文章,将文章相关性划分为多个等级,以备不时之需啊朋友们
c. 按照相关性排序 ,提取力场参数,进行模拟,根据模拟结果跟预期以及实验结果对比分析确定是否适用。这部分内容后续文章会细讲。

3.3 世上本没有路,走的人多了,也就成了路

  走到这儿要么放弃,要么力场拟合。但作为年轻人,咋能说放弃就放弃呢,你们顶着,我先跑啦(以后有机会有时间再分享相关内容吧)

04 结论

  没有结论的文章不完整啊,非要说一句的话就是:特别感谢在这个领域孜孜不倦耕耘的朋友们,让ReaxFF发挥越来越大的价值!


  确定力场的内容基本讲完了,至于3.2:b中提到的结果对比以确定力场是否适用相关的内容,会在结果分析的文章中细讲。下篇开始建模了,记得动动小手点个关注点个赞哦。拜了个拜~

上一篇:基于Lammps的ReaxFF MD模拟简介
下一篇:利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1

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