19. Lammps命令学习-5之atom_style

已于 2024-08-12 21:08:54 修改
阅读量1.8k 收藏 19
点赞数 18
分类专栏： ReaxFF MD 文章标签： ReaxFF MD 分子动力学模拟
于 2024-08-07 20:50:09 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46352610/article/details/141000406
版权

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：Lammps命令学习-5之atom_style

atom_style style args

  使用read data或create box命令定义模拟框之前定义模拟过程中的原子类型
  https://docs.lammps.org/atom_style.html

Syntax

atom_style style args

Description
atom_style命令选择哪些原子属性与LAMMPS模拟中的原子关联，从而与这些原子进行存储和通信，以及从data和restart文件中读取和存储。不同的模型需要访问特定的原子属性，因此需要特定的原子类型。例如，要计算库仑相互作用，原子必须具有电荷（q）属性。

注意此命令需要在使用read data或create box命令定义模拟框之前使用。

一旦选择了原子类型并定义了模拟框，就不能对其进行更改，而只能使用fix property/atom命令进行增强。因此，应该选择一个足够通用的原子类型以包含所需的所有属性，需要注意的是，尽管使用更通用的类型是可以的&#x

最低0.47元/天 解锁文章
【LAMMPS学习】八、基础知识(5.3)Body particles体粒子
荷塘阅色
04-30 1583
​ 在 LAMMPS 中，体粒子是广义的有限尺寸粒子。单个体粒子可以表示复杂的实体，例如离散点的表面网格、子粒子的集合、可变形物体等。请注意，LAMMPS 还支持其他类型的有限尺寸球形和非球面粒子，例如球体、椭球体、线段和三角形，但它们是比体粒子更简单的实体。有关所有这些粒子类型的一般概述，请参阅Howto spherical页面。
lammps教程：compute chunk/atom分块命令使用方法介绍
lammps_jiayou的博客
05-13 6755
在lammps热导模拟中，需要计算温度梯度，采用的方法是沿着传热方向把材料划分为若干等份，分别计算每一份内原子的平均温度。 划分等份的过程也称为“分块”，对应的命令为“compute chunk/atom”，语法规则为： compute ID group-ID chunk/atom style args keyword values compute chunk/atom命令的作用是按照规定的样式将材料划分为若干小块，可沿着某一方向划分，也可沿着多个方向划分。 形状可为长方块，也可沿着轴向划分为“壳层”块。
Atom-atom-style-tweaks,Atom文本编辑器的参数数据库。对李的贡献.zip
09-18
Atom-atom-style-tweaks.zip,atom文本编辑器的参数数据库原子调整,atom是一个用web技术构建的开源文本编辑器。
【Lammps】lammps常用入门建模命令（一）
haoweixl的博客
05-09 5883
本文中，采用对 Ar 原子体系运动的模拟。
lammps命令atom_style
qq_51754979的博客
02-16 700
本博客致力于分享知识与信息，部分内容可能引用了网络资源。我会尽力注明作者或来源。如果您认为本博客的内容存在侵权现象（包括但不限于版权、商标权等），请立即与我联系。命令用于指定原子的类型（样式），决定了每个原子将存储哪些属性（如位置、速度、质量、分子 ID 等）。不同的模拟场景可能需要不同的。某些 atom styles（如 mdpd 或其他复杂粒子模型）需要特定的软件包支持，未启用相关包时无法使用。需要在 read_data 或 create_box 命令之前定义。，根据需求来选择合适的样式。
lammps基础命令及教程
热门推荐
m0_60787307的博客
10-23 2万+
原创YJ学长LAMMPS交流站javascript:void(0); 01 lammp常用命令 1.units命令 2.dimension命令 3.boundary命令 3.atom_style命令 4.neighbor命令 5.neigh_modify命令 6.atom_style命令 7.pair_style命令 8.bond_style命令 9.angle_style命令 10.dihedral_style命令 11.improper_style命令 12.spe..
c语言写lammps的data文件,关于Lammps中data文件的修改 - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...
weixin_39787792的博客
05-25 1274
alundilongAtomic只允许 x y z 和type  不支持topology，比如成键你需要改变in文件中的atom_style, 试一下full胜利笑哈哈引用回帖:alundilong at 2016-03-31 21:39:52Atomic只允许 x y z 和type  不支持topology，比如成键你需要改变in文件中的atom_style, 试一下full感谢您的赐教，确实...
lammps教程：delete_atoms删除原子后原子ID不连续的两种解决方案
lammps_jiayou的博客
07-01 4839
大家好，我是小马老师。 使用lammps自带命令建模时，有时候会用delete_atoms命令删除部分原子，但是在删除原子后，lammps并不一定会重新分配原子的ID，造成data文件中的原子ID序号不连续。 使用velocity命令进行温度初始化时，会提示“Atom IDs must be consecutive for velocity create …”错误。 错误的主要原因就是因为删除原子后，原子ID序号不连续。 针对这个问题，官网给出两种解决方案。 对于纯原子体系，保持compress属性为ye
TS报错大全
Zeng的博客
09-13 1万+
ts报错大全
LAMMPS新手入门 - in 文件 示例及具体含义
weixin_50519490的博客
11-04 2635
介绍lammps的输入文件in文件
【分子动力学】lammps模拟碳纳米管的弹性模量
woshifirst的博客
11-18 1337
--------------------------应力应变----------------------------------#-------------------------应力应变保存到文件---------------------------#-------------设置压缩，压缩速率为-0.01-------------------------#--------------系综设置----------------------------4、 在python中作出应力应变图，计算弹性模量。
【LAMMPS学习】八、基础知识(4.2)AMOEBA 和 HIPPO 力场
荷塘阅色
04-23 2260
​ AMOEBA 和 HIPPO 极化力场是由华盛顿大学圣路易斯分校的 Jay Ponder 团队开发的。 LAMMPS 实现基于 Ponder 小组在其Tinker MD software软件中提供的 Fortran 90 代码。 LAMMPS 中 AMOEBA 的当前实现（2022 年 7 月）与(Ponder),(Ren), and(Shi)中讨论的版本匹配。同样，LAMMPS 中 HIPPO 的当前实现与(Rackers)中讨论的版本相匹配。
【LAMMPS学习】八、基础知识(5.8)LAMMPS 中热化 Drude 振荡器教程
荷塘阅色
05-06 1296
本教程介绍如何在 LAMMPS 中使用 Drude 振荡器，通过 DRUDE 包模拟可极化系统。作为说明，记录了 250 个苯酚分子模拟的输入文件。首先，必须在激活 DRUDE 包的情况下编译 LAMMPS。然后，必须修改数据文件和输入脚本以包含德鲁德偶极子以及如何处理它们。
lammps学习（三）聚烯烃反应力场(reaxff)热分解
weixin_51982763的博客
10-22 9525
事情是这样的，师妹问了我这样一道期末试题：（封面图）。 我一看，这还不简单，反应力场下升温看下什么时候开始断键不就行了。说干就干，结果就做上头了。
分子动力学模拟软件_LAMMPS从研一到延毕：Reax反应力场下的分子动力学模拟
weixin_39628247的博客
12-03 2758
先引用lammps(2018版)中example文件夹下的反应力场的输入脚本(in.CHO)：# REAX potential for CHO system # ..... units real atom_style charge read_data data.CHO pair_style reax/c lmp_control pair_coeff * * ffield.reax.cho H...
LAMMPS—create_atoms详细命令解析
hdpai2018的博客
11-09 4582
来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/P7TpjiZhJi1wq4DG8zG9fQ create_atoms命令用来在晶格阵点上创建原子，或创建一个单独的原子，或创建一些列随机原子。 使用语法 create_atoms type style args keyword values … create_atoms 1 box create_atoms 3 region regsphere basis 2 3 create_atoms 3 single 0 0 5
Lammps 问题集锦
ditigao0965的博客
04-14 1121
1、Results of time averaging in a variable? Hi - I’d like to run an equilibration NPT, take the average box shape, and then use it to run an NVE, in a single lammps input file. Is there any way ...
lammps建模_基于LAMMPS软件的晶体材料建模方法
weixin_39685459的博客
01-05 1872
本文首发于<计算模拟之道>公众号（ID：jsmnzd），更多的学习资料请关注公众号！本文内容由中国科学院过程工程研究所的陈卫老师撰写，他的个人网址如下：http://emms.mpcs.cn/members/2932.php。本文中，我们以NaCl晶体为例，介绍如何通过LAMMPS分子动力学模拟软件来计算晶体材料。我们首先要构建LAMMPS的原子构型文件，这里我们用到了LAMMPS的辅...
ERROR: Illegal displace_atoms command (../displace_atoms.cpp:87) Last command: displace_atoms inner scale 1.05
最新发布
03-13
<think>嗯，用户在使用LAMMPS构建富勒烯双层结构时遇到了错误：“ERROR: Illegal displace_atoms command (../displace_atoms.cpp:87)”。这个错误提示说明`displace_atoms`命令的语法或参数有问题。我需要先回顾LAMMPS中`displace_atoms`的用法，确认用户脚本中的错误点。 用户提供的脚本中，相关命令是`displace_atoms inner scale 1.05`。根据LAMMPS文档，`displace_atoms`的基本语法是`displace_atoms group-ID style args`。其中，`scale`是移动方式的一种，但正确的参数应该包括缩放的中心点，例如原点。正确的命令可能需要指定`origin`，例如`displace_atoms inner scale 1.0 1.0 1.0 origin 0.0 0.0 0.0`，或者用户可能漏掉了必要的参数。 另外，用户可能错误地将组名指定为`inner`，但根据前面的脚本，组是通过`group inner_group type 2`定义的，所以正确的组名应该是`inner_group`，而不是`inner`。这会导致LAMMPS无法识别该组，从而报错。 此外，检查LAMMPS版本是否有变化，某些版本可能需要不同的语法。例如，旧版本可能不需要`origin`参数，而新版本可能需要明确指定。用户可能参考了旧教程，而当前使用的LAMMPS版本已更新语法。 接下来，需要验证这些可能性。首先，检查组名是否正确。用户之前使用`group inner_group type 2`定义组，所以在`displace_atoms`中应该使用`inner_group`作为组ID。其次，确认`scale`参数是否需要额外的坐标原点。查阅最新LAMMPS文档，发现`displace_atoms`的`scale`方法确实需要三个缩放因子和原点坐标，例如`displace_atoms inner_group scale 1.05 1.05 1.05 origin 0.0 0.0 0.0`，否则会报错。 另外，用户可能在创建原子后没有正确设置组的属性，或者组的定义有误。需要确保在`displace_atoms`之前已经正确定义了组，并且组中包含的原子存在。比如，如果内层原子没有被正确创建或删除，可能导致组为空，从而引发错误。 总结可能的错误点：1. 组名错误，应为`inner_group`而非`inner`；2. `scale`参数缺少缩放因子和原点坐标；3. 组内没有原子，可能由于之前的删除步骤出错。 解决方案包括更正组名，补充`scale`参数，并检查原子是否正确创建。此外，建议用户使用`write_data`或`dump`命令确认原子存在，并确保组的定义正确。测试修改后的命令，如`displace_atoms inner_group scale 1.05 1.05 1.05 origin 0 0 0`，并检查是否仍然报错。</think>在LAMMPS中遇到`ERROR: Illegal displace_atoms command`错误时，通常由以下原因导致。以下是具体分析和解决方案： --- ### **错误原因分析** #### 1. **语法格式错误**（主要问题） `displace_atoms`命令的`scale`模式需要**显式指定三个方向的缩放因子和原点坐标**。原命令`displace_atoms inner scale 1.05`存在以下问题： - 缺少$xyz$三个方向的缩放因子（需完整指定`x_scale y_scale z_scale`） - 缺少`origin`关键字定义缩放中心 #### 2. **组名定义错误** 若`group inner`未被正确定义（例如组名为`inner_group`），会导致LAMMPS无法识别该原子组。 #### 3. **空组操作** 如果`inner`组内没有原子（例如内层原子未被正确创建或误删），操作空组会触发错误。 --- ### **解决方案** #### **步骤1：修正命令语法** 将原命令改为： ```lammps displace_atoms inner_group scale 1.05 1.05 1.05 origin 0.0 0.0 0.0 ``` - **`scale`后必须跟三个缩放因子**（即使各向同性缩放） - **`origin`指定缩放中心**（通常取原点`0 0 0`） #### **步骤2：检查组定义** 确认之前是否正确定义了原子组： ```lammps group inner_group type 2 # 正确组名应与实际操作一致 ``` #### **步骤3：验证原子存在** 通过`dump`命令检查内层原子是否成功创建： ```lammps dump 1 inner_group custom 100 inner_atoms.lammpstrj id type x y z run 0 ``` --- ### **修正后的完整代码片段** ```lammps # 创建内层原子并定义组 region inner_sphere sphere 0 0 0 6 units box create_atoms 2 region inner_sphere group inner_group type 2 # 关键：确保组名与操作一致 # 调整层间距（修正后的命令） displace_atoms inner_group scale 1.05 1.05 1.05 origin 0.0 0.0 0.0 ``` --- ### **常见问题排查表** | 现象 | 检查点 | 修复方法 | |-----------------------|--------------------------------|---------------------------------------------| | "Unknown group"错误 | `group`定义与使用名称是否一致 | 统一组名（如`inner_group`） | | 缩放后结构异常 | 缩放中心是否匹配几何中心 | 使用`origin 0 0 0`或计算实际质心坐标 | | 原子未移动 | 确认是否对正确组操作 | 用`dump`可视化验证组内原子坐标变化 | --- ### **扩展说明** #### 1. **缩放模式选择** - **各向同性缩放**：`scale 1.05 1.05 1.05`（适用于球对称结构） - **非均匀缩放**：`scale 1.1 1.0 1.0`（仅在特定方向拉伸） #### 2. **坐标系验证** 通过以下命令获取原子组质心坐标： ```lammps compute com inner_group com variable xcom equal c_com[1] variable ycom equal c_com[2] variable zcom equal c_com[3] print "质心坐标：(${xcom}, ${ycom}, ${zcom})" ``` #### 3. **替代操作方案** 若需避免缩放操作，可直接移动内层原子： ```lammps displace_atoms inner_group move 0 0 0.5 # z方向平移0.5 Å ``` --- ### **验证流程** 1. 运行修正后的脚本 2. 使用OVITO/VMD检查`dump`文件： - 确认内外层原子间距合理（建议层间距$>3.0$ Å） - 检查原子类型分配是否正确（类型1和2是否分层） 通过上述修正和验证，即可解决`displace_atoms`命令的非法操作错误。
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

码农不会写诗

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值