19. Lammps命令学习-5之atom_style

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：Lammps命令学习-5之atom_style

atom_style style args

  使用read data或create box命令定义模拟框之前定义模拟过程中的原子类型
  https://docs.lammps.org/atom_style.html

---

Syntax

atom_style style args

Description
atom_style命令选择哪些原子属性与LAMMPS模拟中的原子关联，从而与这些原子进行存储和通信，以及从data和restart文件中读取和存储。不同的模型需要访问特定的原子属性，因此需要特定的原子类型。例如，要计算库仑相互作用，原子必须具有电荷（q）属性。

注意此命令需要在使用read data或create box命令定义模拟框之前使用。

一旦选择了原子类型并定义了模拟框，就不能对其进行更改，而只能使用fix property/atom命令进行增强。因此，应该选择一个足够通用的原子类型以包含所需的所有属性，需要注意的是，尽管使用更通用的类型是可以的，但这将分配和传递其它未使用的数据，很可能极大地降低计算效率（速度）。

atom_style style args

style = amoeba or angle or atomic or body or bond or charge or dielectric or dipole or dpd or edpd or electron or ellipsoid or full or line or mdpd or molecular or oxdna or peri or smd or sph or sphere or bpm/sphere or spin or tdpd or tri or template or wavepacket or hybrid

args = none 除以下列举类型外

• body args = bstyle bstyle-args
  • bstyle = style of body particles
  • bstyle-args = additional arguments specific to the bstyle
• sphere arg = 0/1 (optional) for static/dynamic particle radii
• bpm/sphere arg = 0/1 (optional) for static/dynamic particle radii
• tdpd arg = Nspecies
  • Nspecies = # of chemical species
• template arg = template-ID
  • template-ID = ID of molecule template specified in a separate molecule command
• hybrid args = list of one or more sub-styles, each with their args

Additional information
所有原子类型都是最原子（基本）的原子样式的超集，它们都包含以下属性属性：

• atom-ID(tag)
• type(type)
• position(x)
• velocities (v)
• forces(f)
• image flags(image)
• group membership(mask)

https://docs.lammps.org/atom_style.html#atom-style-attributes 列出了所有原子类型以及所提供的属性、使用它们所需的包以及使用它们的典型应用。

所有原子类型都定义为点粒子，除非它们（1）通过“半径”属性定义有限大小的球形粒子，或（2）定义有限大小的非球面粒子（例如实体、椭球体、直线和tri样式）。

需要注意，半径特性可能需要以直径方式提供（例如，在分子文件或data文件中）。
除非原子类型定义了原子“rmass”属性，否则将使用mass命令以每种原子类型为基础定义粒子质量，也就是粒子的质量是由其原子类型索引的。

Example

atom_style atomic
atom_style bond
atom_style full
atom_style body nparticle 2 10
atom_style hybrid charge bond
atom_style hybrid charge body nparticle 2 5
atom_style spin
atom_style template myMols
atom_style hybrid template twomols charge
atom_style tdpd 2

Default

atom_style atomic

注意：若atom_style是sphere或bpm/sphere，默认参数值为0

---

书山有路勤为径，学海无涯苦作舟。今天就到这里啦，拜了个拜~

上一篇：Lammps命令学习-4之units