c语言写lammps的data文件,关于Lammps中data文件的修改 - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...

alundilong

Atomic只允许 x y z 和type  不支持topology，比如成键

你需要改变in文件中的atom_style, 试一下full

胜利笑哈哈

引用回帖:

alundilong at 2016-03-31 21:39:52

Atomic只允许 x y z 和type  不支持topology，比如成键

你需要改变in文件中的atom_style, 试一下full

感谢您的赐教，确实将atom_style设置成full形式，这个error就不出现了，但现在出现的是Bonds defined but no bond types这个错误，手册上解释说The data file header lists bonds but no bond types，但怎样在data文件中加入bond type呢？

alundilong

引用回帖:

胜利笑哈哈 at 2016-03-31 20:14:55

感谢您的赐教，确实将atom_style设置成full形式，这个error就不出现了，但现在出现的是Bonds defined but no bond types这个错误，手册上解释说The data file header lists bonds but no bond types，但怎样在data ...

贴出data文件的前20几行吧

胜利笑哈哈

引用回帖:

alundilong at 2016-04-01 11:17:52

贴出data文件的前20几行吧...

LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.6 / 11 Sep 2014 / CGCMM for SiC

64 atoms

128 bonds

384 angles

1152 dihedrals

0 impropers

2 atom types

1 bond types

2 angle types

1 dihedral types

-1.923748764     4.232251236 xlo xhi

-0.666404407     4.664847979 ylo yhi

-0.306905000    19.785095000 zlo zhi

-3.078000000     0.000000000     0.000000000 xy xz yz

Masses

1  12.011150 # c

2  28.086000 # si

Pair Coeffs # lj/cut/coul/long

1   0.1599999990   3.4745050026 # c

2   0.0400184175   4.0534337049 # si

Bond Coeffs # harmonic

1   238.0000     1.8090 # c-si

Angle Coeffs # harmonic

1    42.2000   122.5000 # si-c-si

2    44.4000   113.5000 # c-si-c

Dihedral Coeffs # harmonic

1    -1.7000   1   3 # si-c-si-c

Atoms # full

1      1   1  0.000000    -0.000001897     0.000002569     1.883098418   0   0   0 # c

2      1   2  0.000000    -0.000000001     0.000002162     0.013500746   0   0   0 # si

3      1   1  0.000000     0.000002771    -0.000003451     6.906102138   0   0   0 # c

4      1   2  0.000000    -0.00000