21. Lammps命令学习-6之read_data

码农不会写诗

已于 2024-09-01 21:05:30 修改

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分类专栏： ReaxFF MD 文章标签： ReaxFF MD 分子动力学模拟

于 2024-08-22 22:28:58 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46352610/article/details/141439245

版权

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：Lammps命令学习-6之read_data

read_data file keyword args …

读取包含LAMMPS运行模拟所需信息的data文件
https://docs.lammps.org/read_data.html

Syntax

read_data file keyword args ...

Description
读取包含LAMMPS运行模拟所需信息的data文件，该文件可以是ASCII文本文件或gzip压缩文本文件（.gz后缀，编译安装LAMMPS时需添加-DLAMMPS_GZIP以支持）。

read_data file keyword args ...

file = name of data file to read in

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lammps建模技巧，read_data读入模型后新增其它类型原子2种方法

lammps_jiayou的博客

10-04

1万+

大家好，我是小马老师。在lammps模拟中，常用的建模方法有两种，一种是完全使用lammps自带命令建模，另一种是使用read_data命令读入其它软件模型。在lammps模拟中，有时候也会同时使用以上两种方法：使用read_data读入模型文件后，再用lammps自带命令添加其它类型的原子。如本例中，使用Atomsk建立了一个Cu基底模型，保存为Cu.lmp文件。在in文件中read_data读入Cu.lmp文件后，增加一个金刚石刀具。如果使用下面的建模代码： read_data Cu.

lammps命令之read_data复合模型建模方法

lammps_jiayou的博客

02-04

1万+

在前面的教程中，我们已经知道，lammps建模方法有两种，可以使用lammps自带的建模命令建模，也可以使用第三方软件建模。如果使用第三方软件建模，必须将模型文件转换为lammps可以识别的data文件，不同的建模方式转换方法有所不同。 Material studio软件建模完成导出car文件，可通过msi2lmp软件转化为data文件，Atomsk软件建模完成可以直接导出data文件。假设现在已经有了data文件，我们就可以使用read_data命令将模型读入到lammps中，read_data命令的

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read data

08-25

3464

将82078置于读数据模式需要一组九（9）个字节。发出READ DATA命令后，82078加载磁头（如果它处于卸载状态），等待指定的磁头稳定时间（在SPECIFY命令中定义），并开始读取ID地址标记和ID字段。当读取软盘的扇区地址与命令中指定的扇区地址匹配时，82078读取扇区的数据字段并将数据传输到FIFO。在完成从当前扇区的读操作之后，扇区地址递增1，并且来自下一逻辑扇区的数据被读...

lammps read_data读入的模型如何准确分组？

lammps_jiayou的博客

05-21

757

在一对一咨询过程中，发现有不少同学对于其它软件建好并通过read_data读入的模型，就不会分组了，也有同学知道分组方法，但是不会确定分组的region坐标范围，从而导致模拟结果出错。通过第三方软件建的模型，原子坐标不一定就是从0开始的，所以，在设置region命令的时候不能想当然的认为原子坐标就是从0开始，需要准确地确定坐标范围。各组大体比例如图所示，当然，用上面的代码分组后并不能改变原子的类型，也不能改变在ovito中显示的颜色，如需改变颜色，还需要用set命令更改原子类型。大家好，我是小马老师。

fopen函数matlab_Lammps经验谈之基于matlab的数据前处理

weixin_39756696的博客

11-25

425

使用lammps做模拟前，往往要先建立data文件(read_data命令)。data文件的形式又由atom_style命令确定。依据建模方法的不同，可能需要先对data文件进行前处理，使其满足atom_style命令的要求。本文以SPC/E水分子data文件的生成为例，介绍作者工作时使用matlab做数据前处理工作。该方法可能只限于作者的技术路线。但是作者希望能够在一定程度上帮...

lammps教程：读取文件提示“Did not assign all atoms correctly”的解决办法

lammps_jiayou的博客

06-14

2574

lammps读取data文件时常见的一个错误：Did not assign all atoms correctly。出现这种提示，基本就一个原因：建模方法不当造成部分原子位于box外面。检验方法也比较简单，直接用ovito打开data文件，会发现有一些原子位于白色框的外面。在lammps中，read_data命令只读取box内部的原子坐标，如果有原子位于box外面，read_data命令读取的原子数量与data文件中的总原子数不一致，因此给出错误提示： Did not assi...

22. Lammps命令学习-7之read_restart

m0_46352610的博客

09-01

1379

Lammps命令之read_restart file从restart文件中读取先前保存的系统配置从而可以继续先前的模拟。

19. Lammps命令学习-5之atom_style

m0_46352610的博客

08-07

1766

Lammps命令之atom_style style args用于定义模拟过程中的原子类型

24. Lammps命令学习-系统定义部分总结

m0_46352610的博客

10-26

839

定义模拟系统，主要包括创建模拟盒子然后填充原子等操作，一般(尤其初学)采用MS建模，然后直接生成data文件的方式。

18. Lammps命令学习-4之units

m0_46352610的博客

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845

Lammps命令之units style设置用于模拟的单位样式

Python数据化运营之读取数据一

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03-14

730

1.从文本文件读取运营数据 1.1使用read、readline、readlines读取数据 file_name = 'text.txt' file_object = open(file_name) read_data = file_object.read() print(read_data) file_object = open(file_name) readline_data = file...

python小点dian儿读取特殊存储数据

shuihupo的博客

10-05

306

def read_data(path): y = [] row = [] col = [] values = [] r = 0 # 首行第一列为y,其他为x for d in open(path): d = d.strip().split() # 以空格分开 y.append(int(d[0])...

【LAMMPS学习】四、运行 LAMMPS(2)命令行选项

荷塘阅色

03-23

4608

本部分解释了在安装可执行文件或下载源代码并构建可执行文件后如何运行 LAMMPS。命令文档页面描述了输入脚本的结构以及它们可以包含的命令。

lammps教程：ovito转换data文件格式的方法

lammps_jiayou的博客

07-10

3481

其中，data文件是lammps中最常用的输入文件之一，用于描述模拟系统的原子类型、坐标、力场参数等信息。atomsk建的模型默认的为atomic类型，如果atomic类型的data文件和full类型的data文件进行合并，需要把atomic类型转换为full类型。无论是将data文件转换为其他格式，还是使用转换后的文件进行进一步的模拟或分析，都需要谨慎处理数据，确保结果的准确性和可靠性。如果data文件不大，可以直接把data文件中的原子坐标部分复制到excel中，添加分子id和电荷信息两列即可。

Python uiautormator2 APP自动化操作说明

qq_36283274的博客

11-04

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uiautormator2的操作整合环境：python3.8.5，adb1.0.41，uiautomator2 2.11.3，weditor 0.6.1 整合环境下载：创建一个 requirements.txt 文件，格式为：包名==版本通过pip instll -r ./requirements.txt 命令来安装 # requirements.txt uiautomator2==2.11.3 weditor==0.6.1 单个环境下载安装方式：pip install --pre uiautom

Lammps初学：准备文件与任务提交

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原创YJ学长LAMMPS交流站javascript:void(0); 01 lammp常用命令 1.units命令 2.dimension命令 3.boundary命令 3.atom_style命令 4.neighbor命令 5.neigh_modify命令 6.atom_style命令 7.pair_style命令 8.bond_style命令 9.angle_style命令 10.dihedral_style命令 11.improper_style命令 12.spe..

lammps教程：如何从dump文件导出带键角的data文件

lammps_jiayou的博客

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如果模拟的体系没有键角，用这种方式是可以的，但如果模拟的是聚合物体系，用这种方法导出的data文件只有原子坐标，没有键角等信息。python ovito模块不仅可以一次性的读入dump文件，也可以分别读入包含键角信息的拓扑文件和包含模拟结果的轨迹文件。平常用的最多的方法是用ovito打开dump文件，点击“file”-“export file”的方式导出data文件。在本例中，包含键角的拓扑文件可以用初始结构文件pp.data，轨迹文件就是模拟产生的dump.xyz文件。公众号：lammps加油站。

#in文件模板 #初始模拟系统设置 units metal atom_style atomic boundary p p p neighbor 0.3 bin timestep 0.001 #-----------------建模------------ #read_data final.lmp lattice fcc 3.615 create_atoms 1 box set type 1 type/ratio 3 1 87393 # Ni原子比例调节 #输出原子初始结构 #----------3 力场的设置------- lammps pair_style eam/alloy pair_coeff * * Cu_zhou.eam.alloy Cu #----------4 能量最小化------- # Define settings thermo 100 thermo_style custom step temp pxx pyy pzz thermo_modify flush yes dump 1 all atom 200 mini.xyz min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 #-----------5 温度初始化-------- velocity all create 300 321456 rot yes dist gaussian #-----------6 弛豫------------- lammps fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1 min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 lammps fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1 min_style cg minimize 1e-15 1e-15 5000 5000 lammps dump 2 all custom 500 tension.xyz id type x y z v_stressxatom 请根据以上代码，模拟Cu-Ni合金不同元素含量下固溶强化机制的分子动力学模拟研究确保准确无误，严格lmp格式，cu含量占70%，ni含量占30%，要求势函数正确