lammps建模技巧，read_data读入模型后新增其它类型原子2种方法

大家好，我是小马老师。
在lammps模拟中，常用的建模方法有两种，一种是完全使用lammps自带命令建模，另一种是使用read_data命令读入其它软件模型。
在lammps模拟中，有时候也会同时使用以上两种方法：使用read_data读入模型文件后，再用lammps自带命令添加其它类型的原子。
如本例中，使用Atomsk建立了一个Cu基底模型，保存为Cu.lmp文件。

在in文件中read_data读入Cu.lmp文件后，增加一个金刚石刀具。

如果使用下面的建模代码：

read_data   Cu.lmp
change_box all z delta 0 50 units box
region     tool sphere 17 17 50 12 units box
lattice     diamond 3.52
create_atoms 2 region tool
mass 1 64
mass 2 12 
write_data all.data

则会提示以下错误：原子2为非法原子类型

主要原因是lammps模拟过程是在一个box内进行，read_data命令会根据data文件中的原子总数创建一个box，与下面的命令类似：

create_box 1 box

box内原子的总数目已经确定为1，再添加一种新的原子2就会提示错误。
解决方法也比较简单，只要想办法把box内原子总数设置为2，并且设定两种原子的摩尔质量即可。
下面给出2种解决方案：
1. 设置read_data命令，额外增加一种原子类型
read_data命令允许在读入data文件时设定是否还需要增加新的原子，如本例需要新增一种原子类型，命令可写为：

read_data   Cu.lmp extra/atom/types 1

这样就可以正常运行了。
对应的in文件为：

read_data   Cu.lmp extra/atom/types 1
change_box all z delta 0 50 units box
region     tool sphere 17 17 50 12 units box
lattice     diamond 3.52
create_atoms 2 region tool
mass 1 64
mass 2 12 
write_data all.data

2.修改Cu.lmp文件，把原子类型总数改为2
原始Cu.lmp文件为：

修改后Cu.lmp为：

对应的in文件为：

read_data   Cu.lmp
change_box all z delta 0 50 units box
region     tool sphere 17 17 50 12 units box
lattice     diamond 3.52
create_atoms 2 region tool
write_data all.data

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