plink.assoc.linear 输出文件详解

Plink 输出文件plink.assoc.linear包含的内容及其含义

CHRChromosome
SNPSNP ID
BPPhysical position (base-pair)
A1Minor allele name (based on whole sample)
TESTType of test
NMISSNumber of non-missing genotypes
BETARegression coefficient
SEStandard error
L95Lower bound of 95% confidence interval for odds ratio
U95Upper bound of 95% confidence interval for odds ratio
STATCoefficient t-statistic
PAsymptotic p-value for t-statistic

使用下行命令可提取显著位点信息:

awk '{if( $12<5*10^-8) print  $0}'  plink.assoc.linear > d212.sig.snp

更多其它参数可参见:

https://zzz.bwh.harvard.edu/plink/anal.shtml

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