plink中case/control关联分析细节解析

最新推荐文章于 2023-11-15 22:23:49 发布
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本文介绍了Plink在case/control关联分析中的allele和genotype两个层次的测试。allele association test通过统计minor和major allele频数，采用卡方和费舍尔精确检验；genotype association test涉及GENO, DOM, REC三种模型。Plink支持Cochran-Armitage趋势检验和多重假设检验校正，并提供置信区间选项。" 99460120,8523823,使用一维DP优化求最长公共子串,"['动态规划', '数组', '字符串处理']
摘要由CSDN通过智能技术生成

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作为关联分析最常用的工具，plink支持多种关联分析的算法。对于经典的case/control关联分析，该软件支持allele和genotype两个层次的关联分析，具体做法如下

1. allele association test

对于每个snp位点. 统计case/control两组中minor和major allele的频数，得到如下所示的表格

Allele A a
Case a b
Control c d

对于上述的2 X 2数据，使用卡方和费舍尔精确检验来进行关联分析，通过-assoc参数可以轻松实现，基本用法如下

输出结果保存在后缀为assoc和assoc.fisher两个文件中，卡方分析结果如下所示

费舍尔精确检验分析结果如下所示

A1代表minor

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