Plink分析执行记录

最新推荐文章于 2024-09-05 08:01:31 发布

天堂夜雨

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分类专栏： Gene 文章标签：基因

本文链接：https://blog.csdn.net/larygry/article/details/100977025

版权

这篇博客详细介绍了如何使用Plink进行基因分析，包括生成二进制PED文件、缺失率和等位基因频率的概要统计、基本的关联分析、基因型模型以及哈迪温伯格平衡检验。内容涵盖了Plink 1.9和2.0的区别，并提供了处理结果文件的指导。

摘要由CSDN通过智能技术生成

持续打鱼

基础说明
基本分析
Plink2.0目前已知区别
处理结果文件

基础说明

使用Plink1.9版本，样例数据为hapmap1
运行环境为windows
一下内容是基于1.07版的教程，在1.9版本上进行相应的测试，教程地址

基本分析

所有命令均是进入plink目录下执行，数据文件存放在data目录下，输出为out目录

生成二进制PED

plink.exe --noweb --file data/hapmap1 --make-bed --out out/1.bed/hapmap

PLINK v1.90b6.10 64-bit (17 Jun 2019)          www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2019 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to out/1.bed/hapmap.log.
Options in effect:
  --file data/hapmap1
  --make-bed
  --noweb
  --out out/1.bed/hapmap

Note: --noweb has no effect since no web check is implemented yet.
10125 MB RAM detected; reserving 5062 MB for main workspace.
.ped scan complete (for binary autoconversion).
Performing single-pass .bed write (83534 variants, 89 people).
--file: out/1.bed/hapmap-temporary.bed + out/1.bed/hapmap-temporary.bim +
out/1.bed/hapmap-temporary.fam written.
83534 variants loaded from .bim file.
89 people (89 males, 0 females) loaded from .fam.
89 phenotype values loaded from .fam.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked).
Before main variant filters, 89 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.99441.
83534 variants and 89 people pass filters and QC.
Among remaining phenotypes, 44 are cases and 45 are controls.
--make-bed to out/1.bed/hapmap.bed + out/1.bed/hapmap.bim +
out/1.bed/hapmap.fam ... done.

--noweb的作用是跳过网络版本检查，不检测是否最新版本。
如果要筛选基因分型个体完成度达到一定程度的数据，需要增加--mind {小数形式的缺失度}，例如--mind 0.05表示完成度在95%以上的高基因分型个体

plink.exe --noweb --file data/hapmap1 --make-bed --mind 0.05 --out out/1.bed/hapmap95

以上两条命令执行完成后，得到的文件如下
执行后得到的文件
具体内容暂时不展示，后面会将处理完成文件上传。

概要统计:缺失率

plink.exe --noweb --bfile out/1.bed/hapmap --missing --out out/2.miss/hapmap_miss_sta

PLINK v1.90b6.10 64-bit (17 Jun 2019)          www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2019 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to out/2.miss/hapmap_miss_sta.log.
Options in effect:
  --bfile out/1.bed/hapmap
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