Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。
1，Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对
Standard protein BLAST is designed for protein searches.
Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。
2，PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对
PSI-BLAST is designed for more sensitive protein-protein similarity searches.
Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。当你使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypothetical protein" or "similar to..."），你可以选择PSI-BLAST重新试试。
3，PHI-BLAST : 模式发现迭代BLAST
PHI-BLAST can do a restricted protein pattern search.
PHI-BLAST, 模式发现迭代BLAST, 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。
PHI的语法详细介绍看这里：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/html/PHIsyntax.html （不过，不是太明白）
Lc.注：翻译得不好，请多多见谅。
本地blast的详细使用方法
blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10
解释如下：
blastall: 这是本地化/命令行执行blast时的程序名字！(Tips:blastall直接回车就会给出你所有的参数帮助，但是英文的)
-p: p 是program的简写,program在计算机领域中是程序的意思。此参数是指定要使用何种子程序，所谓子程序，就是针对不同的需要，如核酸序列和核酸序列进行比对、蛋白质序列和蛋白质序列进行比对、假设翻译后核酸序列于蛋白质序列进行比对，选择相应的子程序: blastn 是用于核酸对核酸 blastp 是蛋白质对蛋白质序列 等等，一共5个自程序。
-i: i 是input的简写，意思是输入文件，就是你自己的要进行比对的序列文件(fasta格式）
-d: d是database的简写,意思是要比对的目标数据库,在例子中就是humanRNA.fasta (别忘了要formatdb)
-o: o是output的简写，意思是结果文件名字，这个根据你自己的习惯起名字，可以带路径，(上边两个参数-i -d 也都可以带路径)
*注意以上4个参数是必须的，缺一不可，下面的参数是为了得到更好的结果自己可调的参数，如果你不加也没有关系，blastall程序本身会给一个默认值！
-a: 是指计算时要用的CPU个数，我的机器有两个CPU，所以用-a 2，这样可以并行化进行计算，提高速度，当然你的计算机就一个CPU,可以不用这个参数，系统默认值为1,就是一个CPU
-F: 是filter的简写，blastall程序中有对简单的重复序列和低复杂度的一些repeats过滤调，默认是T (注意以后的有几种参数就两个选项，T/F T就是ture,真，你可以理解为打开该功能; F就是false，假，理解为关闭该功能)
-T: 是HTML的简写，是指blast结果文件是否用HTML格式，默认是F!如果你想用IE看，我建议用-T T
-e: 是Expectation value，期望值，默认是10，我用的10-10！
BLASTALL 用法
a.格式化序列数据库
格式化序列数据库— —formatdb
formatdb简单介绍:
formatdb处理的都是格式为 ASN.1和 FASTA，而且不论是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库；不论是使用Blastall ，还是Blastpgp，Mega Blast应用程序，这一步都是不可少的。
formatdb命令行参数:
formatdb - 得到formatdb 所有的参数显示（见附录二）和介绍，
主要参数的说明:
-i 输入需要格式化的源数据库名称 Optional
-p 文件类型，是核苷酸序列数据库，还是蛋白质序列数据库
T – protein F - nucleotide [T/F] Optional default = T
-a 输入数据库的格式是ASN.1（否 则是FASTA）
T - True, F - False. [T/F] Optional default = F
-o 解析选项
T - True: 解析序列标识并且建立目录
F - False: 与上相反
[T/F] Optional default = F
命令示例:
formatdb -i ecoli.nt -p F -o T
运行此命令就会在当前目录下产生用于BLAST搜索的7个文件，一旦如上的formatdb命令执行完毕，就不 再需要ecoli.nt，可以移除。此时，blastall可以直接使用。
b.Blastall常用参数简析
-p Program Name [String]
所用程序名称[String]，用 户可以根据需要从blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx中任选一程序。
-d Database [String] default = nr
所用序列数据库的名称 [String]，默认为：nr
-i Query File [File In] default = stdin
所用查询序列文件[File In]， 默认为：stdin，本文例为 test.txt
-e Expectation value (E) [Real] default = 10.0
期望值[Real] 默认为10.0 描述搜索某一特定数据 库时，随机出现的匹配序列数目。
-m alignment view options: 比对显 示选项，其具体的说明可以用以下的比对实例说明
0 = pairwise,显示具体匹配信息（缺省）
1 = query-anchored showing identities,查询-比上区域，显示一致性
2 = query-anchored no identities,查询-比上区域，不显示一致性
3 = flat query-anchored, show identities,查询-比上区域的屏文形式，显示一致性
4 = flat query-anchored, no identities,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性
5 = query-anchored no identities and blunt ends,查询-比上区域，不显示一致性，无突然的结束
6 = flat query-anchored, no identities and blunt ends,查询-比上区域的屏文形式，不显示一致性
7 = XML Blast output,XML格式的输出
8 = tabular,TAB格式的输出
9 =tabular with comment lines,带注释行的TAB格式的输出
10 =ASN, text,文本方式的ASN格式输出
11 =ASN, binary [Integer] default = 0,二进制方式的ASN格式输出
-m 8 用法举例说明如下：
A_query B_Sbjct 97.61 585 3 3 309 886 94498 95078 0.0 1017
A_query B_Sbjct 100.00 303 0 0 913 1215 95092 95394 2e-172 601
A_query B_Sbjct 100.00 209 0 0 1 209 94196 94404 3e-116 414
A_query B_Sbjct 100.00 123 0 0 1234 1356 95413 95535 6e-65 244
A_query B_Sbjct 100.00 41 0 0 210 250 94096 94136 5e-16 81.8
A_query B_Sbjct 100.00 35 0 0 251 285 94440 94474 2e-12 69.9
A_query B_Sbjct 100.00 29 0 0 885 913 95747 95775 7e-09 58.0
A_query A_query 97.61 585 3 3 309 886 403 983 0.0 1017
A_query A_query 100.00 303 0 0 913 1215 997 1299 2e-172 601
A_query A_query 100.00 209 0 0 1 209 101 309 3e-116 414
A_query A_query 100.00 123 0 0 1234 1356 1318 1440 6e-65 244
A_query A_query 100.00 41 0 0 210 250 1 41 5e-16 81.8
A_query A_query 100.00 35 0 0 251 285 345 379 2e-12 69.9
A_query A_query 100.00 29 0 0 885 913 1652 1680 7e-09 58.0
结果12列
Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-o BLAST report Output File [File Out] Optional default = stdout,BLAST报告的输出文件[File Out] 默认为：stdout
-F Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String] default = T
查询序列过滤，将那些 给出影响比对结果的低复杂度区域过滤掉。用blastn进行查询的序列用DUST程序过滤，其他的用SEG过滤 。对DUST和SEG的详细情况，用户可以自己查询资料。
-G Cost to open a gap (zero invokes default behavior) [Integer] default = 0
空位开放罚分[Integer] (设为0则调用默认行为) 默认为0分
-E Cost to extend a gap (zero invokes default behavior) [Integer] default = 0
空位扩展罚分[Integer] (设为0则调用默认行为) 默认为0分
-T Produce HTML output [T/F] default = F
以网页形式打印
-X X dropoff value for gapped alignment (in bits) (zero invokes default behavior)
blastn 30, megablast 20, tblastx 0, all others 15 [Integer]，default = 0
-I Show GI's in deflines [T/F] default = F
提示行显示GI number 默认不显示
-q Penalty for a nucleotide mismatch (blastn only) [Integer] default = -3
核酸序列基对不匹配所罚分数(blastn only) [Integer] 默认罚3分
-r Reward for a nucleotide match (blastn only) [Integer] default = 1
核苷酸序列基对匹配所加分数(blastn only) [Integer] 默认加1分
-g Perfom gapped alignment (not available with tblastx) [T/F] default = T
是否执行带缺口的比对(not available with tblastx) 默认为是
-a Number of processors to use [Integer] default = 1
使用处理器的数目[Integer] 默认为单机
-B Number of concatenated queries, for blastn and tblastn [Integer] Optional default = 0
需要联配查询的序列数目 for blastn and tblastn [Integer] 默认为单序列
-M Matrix [String],default = BLOSUM62 打分矩阵，默认BLOSUM62
-W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [Integer] default = 0
所开窗口
-w Frame shift penalty (OOF algorithm for blastx) [Integer] default = 0
窗口罚分
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