用ggplot2美化临床决策曲线

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前言

今天小伙伴要我帮他改一个临床决策曲线图，我一看，这图好像有点不那么好看，画图函数是rmda包的plot_decision_curve()，我一看帮助文档，可以传入plot()函数的参数，但是我对plot函数又不太熟悉，倒腾了半天也没美化好（菜是原罪），本着不懂就放弃的原则，我决定用ggplot2去画。
下图一张数原函数化的，一张是ggplot2画的，仔细看，区别还是有的。
先看一下原函数

再看下ggplot2

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一、观察数据

本着有坐标就能画图的大胆想法，我决定去看看模型中包含的数据。咦，这thresholds是从0到1的不就是横坐标吗？这NB不就是纵坐标吗？数据都有了说办就办。

二、步骤

1.从模型中提取模型的数据

ggplot2画图需要长数据类型，从一开始就构建好。里面设置的NBL，NBu，CBR没用到。一开始以为有用，害。。。
**提示：**这里面的Nomogram，age，AJCC_8th_edition，SII，CONUT，chemothreapy，是经过decision_curve函数得到的结果。例如：AJCC_8th_edition<- decision_curve（…）。需要生面这部分代码的请使用浏览器。

library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
List<-list(Nomogram,age,AJCC_8th_edition,SII,CONUT,chemothreapy)
#为模型命名
names(List) <- c('Nomogram','age','AJCC_8th_edition','SII','CONUT','chemothreapy')
#经观察（踩坑）发现每个模型的303个数据数据分为3部分，只有前1/3是模型本身的，其余分别是All和None。
#因此设置一个长度，别让它读多了
l <- length(List[[1]][["derived.data"]][["NB"]])/3
#设置一个NA数据框用来循环取数据
dc <- data.frame('NBl'=rep(NA,l),
                 'NB'=rep(NA,l),
                 'NBu'=rep(NA,l),
                 'HRT'=rep(NA,l),
                 'CBR'=rep(NA,l),
                 'Model'=rep(NA,l))
#建立空数据框用来合并数据
dat <- data.frame()
for (i in names(List)) {
   
  dc$NBl <- List[[i]][["derived.data"]][["NB_lower"]][1:l]
  dc$NB<- List[[i]][["derived.data"]][["NB"]][1:l]
  dc$NBu <- List[[i]][["derived.data"]][["NB_upper"]][1:l]
  dc$HRT <- List[[i]][["derived.data"]][["thresholds"]][1:l]
  dc$CBR <- List[[i]][["derived.data"]][["cost.benefit.ratio"]][1:l]
  dc$Model <- rep(i,l)
  #按行合并
  dat <- rbind(dat,dc)
}   

2.提取All和None数据

自己的模型数据取完了，但别忘了临床决策曲线中还有All和None两个，对同一数据建的模型All和None是一样的，所以这里就取第一个模型的All和None数据

#正经模型的数据取完了，现在取All和None的
dc$NBl <- List[[1]][["derived.data"]][["NB_lower"]][(2*l+1):(3*l)]
dc$NB<- List[[1]][["derived.data"]][["NB"]][(2*l+1):(3*l)]
dc$NBu <- List[[1]][["derived.data"]][["NB_upper"]][(2*l+1):(3*l)]
dc$HRT <- List[[1]][["derived.data"]][["thresholds"]][(2*l+1):(3*l)]
dc$