R语言--Cox模型校准曲线原理（一）数据来源

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前言

关于cox模型的校准曲线绘制，大家可以在浏览器中搜索，关于参数设置大部分都已经讲的很明白（这里不过多赘述），但是关于校准曲线的原理，关于校准曲线图上每个点、误差线所代表的意义以及如何计算得来的，相信大部分人不是很明白。通过阅读源码，将我学习到的记录在此，也可以让部分人更加了解自己的数据和模型。

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一、校准曲线是什么？

校准曲线就是实际发生率和预测发生率的散点图。
此文会介绍图中各个点、线背后的数据。这里先看一下一个普通的校准曲线（未更改参数）。

二、校准曲线

1.怎么画？

（发文助手说内容太少，我用参数水点长度）
主要是画图参数：

• x：通过calibrate函数得到的object
• xlab：x轴标题
• ylab：y轴标题
• subtitles = TRUE：次标题，这里指图下方的注释（小文字），默认是TRUE，发文章的时候可能需要设置FALSE以去除。
• conf.int = TRUE：是否需要绘制误差线，默认是TRUE，绘制
• cex.subtitles = 0.75：次标题的文字大小
• riskdist = TRUE：是否绘制图上方的轴须图，就是那一条像长毛的东西
• add = FALSE，是否新建一个图还是添加在别的图之上。
• scat1d.opts：这个参数是设置轴须图的，不用过多关注，详情参考scat1d函数的参数。
• par.corrected：参数类型为list，用于设置误差点的参数。默认是NULL，函数内部会自动赋值为list(col = "blue", lty = 1, lwd = 1, pch = 4)，你的新参数会覆盖重复的参数。比如编辑可能会有奇怪的要求，不要那个校准的小x点，你就可以设置par.corrected=list(col='white)。

dd=datadist(data)   
options(datadist="dd")
f<-cph(Surv(DMFS新,DMFS结局类型)~组织学细分+T亚分级+S100,time.inc=60,data = data,x=TRUE,y=TRUE,surv=TRUE