R语言手动绘制分类Logistic回归模型的校准曲线（Calibration curve）（3）

校准曲线图表示的是预测值和实际值的差距，作为预测模型的重要部分，目前很多函数能绘制校准曲线。
一般分为两种，一种是通过Hosmer-Lemeshow检验，把P值分为10等分，求出每等分的预测值和实际值的差距


另外一种是calibration函数重抽样绘制连续的校准图

我们既往文章《手动绘制R语言Logistic回归模型的外部验证校准曲线（Calibration curve）（2）》已经介绍了如何绘制外部验证模型的校准曲线，今天我们来介绍一下如何绘制分类的校准曲线，如下面的图

其实如果我们了解了绘图原理就会明白，这4个曲线就是4个概率，只要求出概率，绘制这样的图形非常轻松，我们今天来演示一下
我们先导入数据，继续使用我们的早产数据，

bc<-read.csv("E:/r/test/zaochan.csv",sep=',',header=TRUE)
library(ggplot2)
library(rms)
library(tidyverse)

这是一个关于早产低体重儿的数据（公众号回复：早产数据，可以获得该数据），低于2500g被认为是低体重儿。数据解释如下：low 是否是小于2500g早产低体重儿，age 母亲的年龄，lwt 末次月经体重，race 种族，smoke 孕期抽烟，ptl 早产史（计数），ht 有高血压病史，ui 子宫过敏，ftv 早孕时看医生的次数，bwt 新生儿体重数值。
我们先把分类变量转成因子

bc$race<-ifelse(bc$race=="black",1,ifelse(bc$race=="white",2,3))
bc$smoke<-ifelse(bc$smoke=="nonsmoker",0,1)
bc$race<-factor(bc$race)
bc$ht<-factor(bc$ht)
bc$ui<-factor(bc$ui)
bc$smoke<-factor(bc$smoke)

假设我们想了解吸烟人群和不吸烟人群比较，模型的预测能力有什么不同，可以把原数据分成2个模型，分别做成校准曲线，然后进行比较，
先分成吸烟组和不吸烟组两个数据

dat0<-subset(bc,bc$smoke==0)
dat00<-dat0[,-6]
dat1<-subset(bc,bc$smoke==1)
dat11<-dat1[,-6]

建立两个回归方程

fit0<-glm(low ~ age + lwt + race + ptl + ht + ui + ftv,
         family = binomial("logit"),
         data = dat00)
fit1<-glm(low ~ age + lwt + race + ptl + ht + ui + ftv,
          family = binomial("logit"),
          data = dat11)

我们做校准曲线还需求出方程的概率和Y值，两个方程都要求，

pr0<- predict(fit0,type = c("response"))#得出预测概率
y0<-dat00[, "low"]
pr1<- predict(fit1,type = c("response"))#得出预测概率
y1<-dat11[, "low"]

得出了数据，概率和Y值后就可以按我们上一篇的方法做出校准曲线了，我这里为了节省时间直接用我自己编写的gg2程序代替了，就是就是把原来的步骤整合在一起，gg2程序可以做出单独和分类的校准曲线，

smoke0<-gg2(dat00,pr0,y0,group = 2,leb = "nosmoke")

做分类的时候有5个参数，前面3个是数据，概率和Y值，group = 2是固定的，leb = "nosmoke"是你想给这个分类变量取的名字，生成如下数据

接下来做吸烟组的数据

smoke1<-gg2(dat11,pr1,y1,group = 2,leb = "smoke")

把两个数据合并最后生成绘图数据

plotdat<-rbind(smoke0,smoke1)

生成了绘图数据后就可以绘图了，只需把plotdat放进去其他不用改，当然你想自己调整也是可以的

ggplot(plotdat, aes(x=meanpred, y=meanobs, color=gro,fill=gro,shape=gro)) + 
  geom_line() +
  geom_point(size=4)+
  annotate(geom = "segment", x = 0, y = 0, xend =1, yend = 1)+
  expand_limits(x = 0, y = 0)

美化一下图形，这样一个用于发表的图就做好了

ggplot(plotdat, aes(x=meanpred, y=meanobs, color=gro,fill=gro,shape=gro)) + 
  geom_line() +
  geom_point(size=4)+
  annotate(geom = "segment", x = 0, y = 0, xend =1, yend = 1)+
  expand_limits(x = 0, y = 0)+
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) + 
  scale_y_continuous(expand = c(0, 0))+
  xlab("predicted probability")+
  ylab("actual probability")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank())+
  theme(legend.justification=c(1,0), 
        legend.position=c(1,0))  

我们还可以做出带可信区间的分类校准曲线，我们把概率区间调小一点，10个太多了，画图不够美观，我看很多函数都是做成5个。（当然你不调也是可以的）

smoke0<-gg2(dat00,pr0,y0,group = 2,leb = "nosmoke",g=5)
smoke1<-gg2(dat11,pr1,y1,group = 2,leb = "smoke",g=5)
plotdat<-rbind(smoke0,smoke1)

得出数据后就可以继续绘图了

ggplot(plotdat, aes(x=meanpred, y=meanobs, color=gro,fill=gro)) + 
  geom_errorbar(aes(ymin=meanobs-1.96*se, ymax=meanobs+1.96*se,), width=.02)+
  geom_point(size=4)+
  annotate(geom = "segment", x = 0, y = 0, xend =1, yend = 1)+
  expand_limits(x = 0, y = 0)+
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) + 
  scale_y_continuous(expand = c(0, 0))+
  xlab("predicted probability")+
  ylab("actual probability")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank())+
  theme(legend.justification=c(1,0),legend.position=c(1,0))

也可以加入连线，不过我这个数据加入连线感觉不是很美观

ggplot(plotdat, aes(x=meanpred, y=meanobs, color=gro,fill=gro)) + 
  geom_errorbar(aes(ymin=meanobs-1.96*se, ymax=meanobs+1.96*se,), width=.02)+
  geom_point(size=4)+
  annotate(geom = "segment", x = 0, y = 0, xend =1, yend = 1)+
  expand_limits(x = 0, y = 0)+
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) + 
  scale_y_continuous(expand = c(0, 0))+
  xlab("predicted probability")+
  ylab("actual probability")+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank())+
  theme(legend.justification=c(1,0), 
        legend.position=c(1,0)) +
  geom_line()

OK，本期文章结束，觉得有用的话多多分享哟。