Linux环境下Miniconda3的安装和使用

前记

Conda是一款在Linux中安装程序的软件，类似于Windows中的应用商店。在Linux系统中，使用conda可以方便的进行软件的安装和环境配置。具体详见以下链接：

Anaconda系列：conda是什么？conda与pip的区别是什么？_zhanghai4155的博客-CSDN博客https://blog.csdn.net/zhanghai4155/article/details/104215198本文主要讲述如何在Ubuntu系统中安装和使用Conda，以Miniconda3为例。

一、Miniconda3的下载和安装

 在用户主界面，运行以下代码。

#下载miniconda3
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#运行sh文件
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash之后，一直回车，最后选择yes，完成安装。

二、Conda的配置

安装后，会产生一个miniconda3文件夹，进入到其中的bin文件夹，可以看到可执行文件conda，具体的操作如下。

#切换到bin文件夹
(base) cxgg@ubuntu:~$ cd miniconda3/bin/

#获取当前文件路径
(base) cxgg@ubuntu:~/miniconda3/bin$ pwd
/home/cxgg/miniconda3/bin

#查看当前文件夹下的文件
(base) cxgg@ubuntu:~/miniconda3/bin$ ls
2to3                 jsonpointer       python3.11
2to3-3.11            k5srvutil         python3.11-config
acountry             kadmin            python3-config
activate             kdestroy          repo2solv
adig                 kinit             reset
ahost                klist             sclient
bsdcat               kpasswd           sim_client
bsdcpio              krb5-config       sqlite3
bsdtar               ksu               sqlite3_analyzer
bunzip2              kswitch           tabs
bzcat                ktutil            tclsh
bzcmp                kvno              tclsh8.6
bzdiff               lz4               testsolv
bzegrep              lz4c              tic
bzfgrep              lz4cat            toe
bzgrep               lzcat             tput
bzip2                lzcmp             tqdm
bzip2recover         lzdiff            tset
bzless               lzegrep           unlz4
bzmore               lzfgrep           unlzma
captoinfo            lzgrep            unxz
clear                lzless            unzstd
compile_et           lzma              uuclient
conda                lzmadec           wheel
conda2solv           lzmainfo          wish
conda-content-trust  lzmore            wish8.6
conda-env            makeconv          x86_64-conda_cos7-linux-gnu-ld
cph                  mamba-package     x86_64-conda-linux-gnu-ld
c_rehash             mergesolv         xml2-config
curl-config          ncursesw6-config  xmlcatalog
deactivate           nghttp            xmllint
derb                 nghttpd           xz
dumpsolv             nghttpx           xzcat
genbrk               normalizer        xzcmp
gencfu               openssl           xzdec
gencnval             pcre2-config      xzdiff
gendict              pcre2grep         xzegrep
genrb                pcre2_jit_test    xzfgrep
gss-client           pcre2test         xzgrep
icu-config           pip               xzless
icuinfo              pip3              xzmore
idle3                pkgdata           zstd
idle3.11             pydoc             zstdcat
infocmp              pydoc3            zstdgrep
infotocap            pydoc3.11         zstdless
installcheck         python            zstdmt
jsondiff             python3
jsonpatch            python3.1

接下来，需要将conda添加到用户的环境变量中。这里，由于vim没有安装，我们先进行vim的安装，代码如下。

sudo apt install vim

然后，一路回车，最后的提示输入Y，完成vim的安装。

前面已经获取了conda可执行文件所在的路径：/home/cxgg/miniconda3/bin，接下来就可以将该路径添加至用户环境变量了，操作如下：

#打开用户环境编辑页面
vim ~/.bashrc 

#点击键盘I键进入编辑模式，在最下方输入以下代码
export PATH="/home/cxgg/miniconda3/bin:$PATH"
#输入完成后，点击键盘ESC键，退出编辑模式，再使用快捷键shift+ZZ退出到主界面

#重新加载用户环境变量
source ~/.bashrc

三、Conda的基本命令

常用的conda命令如下：

#显示conda的版本号
conda --version

#查看环境
conda info --envs
#或 
conda env list

#配置bioconda，添加清华源镜像 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda 
conda config --set show_channel_urls yes 

#查看镜像源
conda config --show-sources

#安装软件到指定文件夹
conda install --prefix=<path> <package name>

四、后记

以上是conda的安装和基本使用，更多的命令可查看以下链接。

Miniconda3的安装、配置和使用 - 知乎 (zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/5368662882023.8.17

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