使用BioMercator v.4.2软件进行Meta-QTL分析

一、前言

目前，关于Meta-QTL分析的教程网上很少，而对于做正向遗传定位的研究人员来说，使用该方法可以对前人的研究成果加以汇总，同时为其他研究者提供一个方便查询的资源。

BioMercator v.4.2软件是进行Meta-QTL分析的常用软件，目前已被多个研究中使用。本文主要叙述如何利用该软件进行Meta-QTL分析。

二、BioMercator v.4.2软件的下载与介绍

注：使用该软件需事先在电脑上完成Java环境的配置，以使软件能正常运行。

1、软件下载

BioMercator v.4.2下载地址：kernel (1) - URGI

（Java环境的配置与BioMercator v.4.2软件的安装步骤略过）

安装好的界面如下所示：

软件的界面还是挺简洁的！简单介绍如下：

2、内置文件介绍

BioMercator v.4.2软件的example文件包含两个：

1.1、Genetic Files文件内容

Genetic Map文件主要包括两部分，遗传图谱文件和QTL文件。

1.1.1、遗传图谱文件内容

（1）首行是物种的属名；

（2）第二行是物种的名称；

（3）第三和第四行是群体的亲本名称；

（4）第五行是群体的类型，包括以下几种：

（5）第六行是群体的大小；

（6）第七行是作图杂交组合类型，类似第五行内容；

（7）第八行是作图函数的类型，包含haldane和kosambi两个选择；

（8）第九行是图谱名称；

（9）第十行是遗传图谱单位，通常是cM；

（10）第十一行是图谱扩展，通常是0；

（11）第十二行是图谱质量，0-5之间的数字；

（12）第十三行是位点的位置，0表示相对值，1表示绝对值。

其他： Chromosomes and linkage groups: The markers of genetic maps should belong to a chromosome and a linkage group (even if chromosome has only one linkage group). A chromosome map must start with “chr=your_chromosome_name”, and a linkage group with “lkg=your_linkage_group_name”; a linkage group must be included in a chromosome. For the next chromosome, just repeat the steps above.

注：除第三和第四行，其他信息为必填项。

1.1.2、QTL 文件内容