植物中的uORF简述

沉香GG

已于 2023-09-24 23:17:11 修改

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分类专栏：分子生物学实验文章标签：学习方法

于 2023-09-24 23:11:27 首次发布

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前记

uORF在植物中具有广泛的功能，包括对基因表达的调控、应对各种胁迫、参与发育过程等。uORF通常位于基因组的起始编码子（ATG）上游区域。uORF指的是"upstream open reading frame"，它是指与主要翻译产物一起由同一个mRNA分子编码的另一条ORF。uORF的存在可能会影响主要ORF的翻译起始位点和速率，从而影响基因表达。

以下是对植物中uORF功能的简述。

调控基因表达：植物中的uORF可以通过抑制CDS的翻译来调节基因表达。uORF在真核生物中广泛存在，并被认为是调节基因表达的重要因素。在植物中，uORF可以通过三种机制调控基因表达：i）uORF抑制CDS的翻译：一些研究表明，含有uORF的mRNA可以通过抑制CDS的翻译来调控基因表达；ii）uORF影响CDS的转录：在一些植物基因中，uORF可以影响CDS的转录，从而对基因表达产生影响；iii）uORF调节CDS的稳定性：一些研究表明，uORF可以调节CDS的稳定性，从而影响基因表达。
应对各种胁迫：植物生长发育过程中，会遭受不同的胁迫，如干旱、高盐、低温等。uORF在这些胁迫下发挥了重要的生理作用。研究表明，一些含有uORF的mRNA可以在环境压力下迅速合成，从而使植物在应对胁迫时能够更快地响应。例如，一些研究表明，一些uORF可以在高盐胁迫下抑制CDS的翻译，从而减少蛋白质的合成，节省能量。
参与发育过程：uORF在植物的发育过程中也发挥着重要的作用。一些研究表明，含有uORF的基因在植物生长发育过程中发挥了调节作用。例如，一些uORF可以影响植物的生长速度、植株开花时间等。

总之，uORF在植物中具有广泛的功能，包括对基因表达的调控、应对各种胁迫、参与发育过程等。未来的研究将有助于更好地理解uORF在植物中的功能，以及它们在植物生长发育和应对胁迫中的作用。

一、基本知识

1、CDS、cDNA、mRNA、ORF、uORF之间的区别与联系

CDS（Coding sequence）是指基因组DNA或转录本中的编码区域，从起始密码子（ATG）到终止密码子（TAA，TAG，TGA）之间的一段序列，可以被转录成mRNA并且在翻译过程中被翻译成蛋白质。

cDNA（complementary DNA）是通过反转录过程在mRNA模板上合成的DNA，是基于已经存在的mRNA序列合成的一种DNA，其中不包含非编码RNA翻译后不参与蛋白质合成的序列，可以反映出基因表达水平。

mRNA（messenger RNA）是从DNA进行转录过程生成的一种单链RNA，它携带着从基因组中的DNA序列中生物学信息，将其传递到蛋白质的合成中。

ORF（open reading frame）是指从起始密码子到终止密码子之间的一段序列，这段序列是可以被翻译成蛋白质的，而且其中不包括起始和终止密码子。

uORF（upstream open reading frame）指的是存在于mRNA 5’端的uORF，也是一段可以被翻译成蛋白质的ORF，是在mRNA翻译过程中常见的一种调控机制，可以影响下游主要ORF的翻译效率。

这些概念之间有如下联系和区别：

CDS、cDNA和mRNA之间的关系很密切，它们都与基因表达和蛋白质合成有关；
CDS是基因组DNA或转录本中编码区域，而cDNA是从mRNA反转录得到的DNA，mRNA是从DNA转录生成的；
ORF和uORF是与具体序列的结构和功能有关，其中ORF是可以被翻译成蛋白质的序列，而uORF则通常被认为是可以影响下游主要ORF翻译效率的序列；
要区分它们，可以从它们的定义、作用、位置等方面入手。CDS、cDNA和mRNA之间的区别可以从它们的来源和结构入手，ORF和uORF之间的区别可以从它们在mRNA序列中的位置和作用入手。

2、uORF与ORF的区别

ORF是开放阅读框，指在DNA或RNA序列中存在的且能够被翻译成蛋白质的连续序列。而uORF是在mRNA 5'非翻译区域（5' UTR）中的小型ORF，通常与主要的ORF相对面，它在翻译时会在主ORF之前被翻译成蛋白质。因此，uORF可以通过调控主ORF的翻译来影响基因表达。简单来说，uORF是ORF的一种特殊形式，它通常发挥着不同于主ORF的生物学功能。

二、植物中uORF的预测工具

1、uORFlight

uORFlight是一个数据库，主要研究真核生物mRNA中上游开放阅读框（uORFs）的变异与翻译调控。该数据库提供了拟南芥和水稻基因在不同剪接模式下uORF变异的探索途径，并且用户可以在群体范围内评估不同基因型中uORF的频率，从而在数据库或简单实验中找出与表型变异相关的SNP或INDEL。这些信息有助于基于同源mORF功能构建植物发育或适应环境的uORF功能假设，并且该数据库还收集了植物uORF相关文献。此外，uORFlight还将uORF注释扩展到更多物种，包括真菌、植物、动物和脊椎动物，从而更广泛地研究uORF基因变异如何决定表型多样性，并推进我们对真核生物翻译调控机制的理解。

uORF database,uORFlight,translational control,uORF review,uORF variat (rnairport.com)http://www.rnairport.com:443/home.html#uORFlight网站首页界面如下所示：

点击菜单栏uORF view的Other species选项，可以根据目的物种的基因ID号搜寻是否含有uORF序列，输入对应物种的基因ID号并选择相应的物种进行搜索。

Searching uORFs by Gene ID in Selected Species

也可以根据序列进行搜索，点击菜单栏Tool的uORF finder选项，输入目的序列进行搜索。

2、PsORF

PsORF网站是一个基因组学数据库，提供了大量的短开放阅读框（short open reading frames, sORFs）的信息。这些sORFs是指长度在5到100个氨基酸的蛋白质编码序列，它们往往被忽视或被误认为是RNA编码区域。然而，近年来的研究表明，这些sORFs可能具有重要的生物学功能，如参与基因表达调控等。

PsORF网站收集了来自多个物种的sORFs的序列信息，并提供了详细的注释，包括基因名称、起始和终止密码子、氨基酸序列、启动子元件以及翻译起始位点等信息。用户可以通过搜索关键词或浏览物种分类来查找感兴趣的sORFs。此外，网站还提供了一些工具，如序列比对、同源性搜索和基因表达数据的查询等，方便用户进行更深入的研究。

PsORF网站为生物学家和基因组学研究人员提供了一个重要的资源，可以帮助他们发现新的生物学功能和提高对基因组编码区域的理解。

PsORF Database (whu.edu.cn)http://psorf.whu.edu.cn/#/网站的界面如下所示，在网站首页直接键入查找的基因ID号uORF名称，即可完成搜索。