植物中的uORF简述

沉香GG

已于 2023-09-24 23:17:11 修改

阅读量1.4k

点赞数 2

分类专栏：分子生物学实验文章标签：学习方法

于 2023-09-24 23:11:27 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53915752/article/details/132998021

版权

分子生物学实验专栏收录该内容

3 篇文章 1 订阅

订阅专栏

前记

uORF在植物中具有广泛的功能，包括对基因表达的调控、应对各种胁迫、参与发育过程等。uORF通常位于基因组的起始编码子（ATG）上游区域。uORF指的是"upstream open reading frame"，它是指与主要翻译产物一起由同一个mRNA分子编码的另一条ORF。uORF的存在可能会影响主要ORF的翻译起始位点和速率，从而影响基因表达。

以下是对植物中uORF功能的简述。

调控基因表达：植物中的uORF可以通过抑制CDS的翻译来调节基因表达。uORF在真核生物中广泛存在，并被认为是调节基因表达的重要因素。在植物中，uORF可以通过三种机制调控基因表达：i）uORF抑制CDS的翻译：一些研究表明，含有uORF的mRNA可以通过抑制CDS的翻译来调控基因表达；ii）uORF影响CDS的转录：在一些植物基因中，uORF可以影响CDS的转录，从而对基因表达产生影响；iii）uORF调节CDS的稳定性：一些研究表明，uORF可以调节CDS的稳定性，从而影响基因表达。
应对各种胁迫：植物生长发育过程中，会遭受不同的胁迫，如干旱、高盐、低温等。uORF在这些胁迫下发挥了重要的生理作用。研究表明，一些含有uORF的mRNA可以在环境压力下迅速合成，从而使植物在应对胁迫时能够更快地响应。例如，一些研究表明，一些uORF可以在高盐胁迫下抑制CDS的翻译，从而减少蛋白质的合成，节省能量。
参与发育过程：uORF在植物的发育过程中也发挥着重要的作用。一些研究表明，含有uORF的基因在植物生长发育过程中发挥了调节作用。例如，一些uORF可以影响植物的生长速度、植株开花时间等。

总之，uORF在植物中具有广泛的功能，包括对基因表达的调控、应对各种胁迫、参与发育过程等。未来的研究将有助于更好地理解uORF在植物中的功能，以及它们在植物生长发育和应对胁迫中的作用。

一、基本知识

1、CDS、cDNA、mRNA、ORF、uORF之间的区别与联系

CDS（Coding sequence）是指基因组DNA或转录本中的编码区域，从起始密码子（ATG）到终止密码子（TAA，TAG，TGA）之间的一段序列，可以被转录成mRNA并且在翻译过程中被翻译成蛋白质。

cDNA（complementary DNA）是通过反转录过程在mRNA模板上合成的DNA，是基于已经存在的mRNA序列合成的一种DNA，其中不包含非编码RNA翻译后不参与蛋白质合成的序列，可以反映出基因表达水平。

mRNA（messenger RNA）是从DNA进行转录过程生成的一种单链RNA，它携带着从基因组中的DNA序列中生物学信息，将其传递到蛋白质的合成中。

ORF（open reading frame）是指从起始密码子到终止密码子之间的一段序列，这段序列是可以被翻译成蛋白质的，而且其中不包括起始和终止密码子。

uORF（upstream open reading frame）指的是存在于mRNA 5’端的uORF，也是一段可以被翻译成蛋白质的ORF，是在mRNA翻译过程中常见的一种调控机制，可以影响下游主要ORF的翻译效率。

这些概念之间有如下联系和区别：

CDS、cDNA和mRNA之间的关系很密切，它们都与基因表达和蛋白质合成有关；
CDS是基因组DNA或转录本中编码区域，而cDNA是从mRNA反转录得到的DNA，mRNA是从DNA转录生成的；
ORF和uORF是与具体序列的结构和功能有关，其中ORF是可以被翻译成蛋白质的序列，而uORF则通常被认为是可以影响下游主要ORF翻译效率的序列；
要区分它们，可以从它们的定义、作用、位置等方面入手。CDS、cDNA和mRNA之间的区别可以从它们的来源和结构入手，ORF和uORF之间的区别可以从它们在mRNA序列中的位置和作用入手。

2、uORF与ORF的区别

ORF是开放阅读框，指在DNA或RNA序列中存在的且能够被翻译成蛋白质的连续序列。而uORF是在mRNA 5'非翻译区域（5' UTR）中的小型ORF，通常与主要的ORF相对面，它在翻译时会在主ORF之前被翻译成蛋白质。因此，uORF可以通过调控主ORF的翻译来影响基因表达。简单来说，uORF是ORF的一种特殊形式，它通常发挥着不同于主ORF的生物学功能。

二、植物中uORF的预测工具

1、uORFlight

uORFlight是一个数据库，主要研究真核生物mRNA中上游开放阅读框（uORFs）的变异与翻译调控。该数据库提供了拟南芥和水稻基因在不同剪接模式下uORF变异的探索途径，并且用户可以在群体范围内评估不同基因型中uORF的频率，从而在数据库或简单实验中找出与表型变异相关的SNP或INDEL。这些信息有助于基于同源mORF功能构建植物发育或适应环境的uORF功能假设，并且该数据库还收集了植物uORF相关文献。此外，uORFlight还将uORF注释扩展到更多物种，包括真菌、植物、动物和脊椎动物，从而更广泛地研究uORF基因变异如何决定表型多样性，并推进我们对真核生物翻译调控机制的理解。

uORF database,uORFlight,translational control,uORF review,uORF variat (rnairport.com)http://www.rnairport.com:443/home.html#uORFlight网站首页界面如下所示：

点击菜单栏uORF view的Other species选项，可以根据目的物种的基因ID号搜寻是否含有uORF序列，输入对应物种的基因ID号并选择相应的物种进行搜索。

Searching uORFs by Gene ID in Selected Species

也可以根据序列进行搜索，点击菜单栏Tool的uORF finder选项，输入目的序列进行搜索。

2、PsORF

PsORF网站是一个基因组学数据库，提供了大量的短开放阅读框（short open reading frames, sORFs）的信息。这些sORFs是指长度在5到100个氨基酸的蛋白质编码序列，它们往往被忽视或被误认为是RNA编码区域。然而，近年来的研究表明，这些sORFs可能具有重要的生物学功能，如参与基因表达调控等。

PsORF网站收集了来自多个物种的sORFs的序列信息，并提供了详细的注释，包括基因名称、起始和终止密码子、氨基酸序列、启动子元件以及翻译起始位点等信息。用户可以通过搜索关键词或浏览物种分类来查找感兴趣的sORFs。此外，网站还提供了一些工具，如序列比对、同源性搜索和基因表达数据的查询等，方便用户进行更深入的研究。

PsORF网站为生物学家和基因组学研究人员提供了一个重要的资源，可以帮助他们发现新的生物学功能和提高对基因组编码区域的理解。

PsORF Database (whu.edu.cn)http://psorf.whu.edu.cn/#/网站的界面如下所示，在网站首页直接键入查找的基因ID号uORF名称，即可完成搜索。

此外，也可以根据物种进行查找，点击SEARCH选项，选择对应的物种，输入基因ID号，可查询该基因是否有对应的uORF。

三、植物中uORF的研究方法

1、利用CRISPR-Cas9系统编辑uORF来操纵基因翻译

1.1、uORF的预测的原则

（1）具有起始和终止密码子；起始密码子包括：AUG、ACG、CUG、 UUG，终止密码子包括：

UAA、UGA、UAG。

（2）

1.2、uORF的种类

依据所处位置和数目，uORF的种类可分为以下几种：

1.3、uORF的功能验证

主要分为以下两个过程：

（1）使用LUC实验验证uORF序列的活性，是否影响LUC基因的表达；

（2）若LUC实验结果为影响LUC基因表达，则使用CRISPR-Cas9系统编辑uORF序列，产生突变体，研究其翻译和表型是否受到了影响。

2、引入uORF影响下游基因翻译

Introduced uORFs repress protein expression in protoplasts and
plants

3、通过碱基编辑来扩展原始的uorf

Extending original uORFs by base editing reduces protein expression
in protoplasts and plants

通过以上方法，可以实现：

（1）产生具有不同活性的uORFs

Producing uORFs with diverse inhibitory activities to downregulate
protein expression in a graded fashion

（2）获得具有预期数量性状的突变体

Obtaining mutants with the expected quantitative traits

四、参考文献

1、2020-Database (Oxford)-uORFlight: a vehicle toward uORF-mediated translational regulation mechanisms in eukaryotes

uORFlight: a vehicle toward uORF-mediated translational regulation mechanisms in eukaryotes | Database | Oxford Academic (oup.com)https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/baaa007/5788724?login=true2、2020-PBJ-PsORF: a database of small ORFs in plants

PsORF: a database of small ORFs in plants - Chen - 2020 - Plant Biotechnology Journal - Wiley Online Libraryhttps://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/pbi.133893、2023-NAR-A novel active transposon creates allelic variation through altered translation rate to influence protein abundance

A novel active transposon creates allelic variation through altered translation rate to influence protein abundance - PubMed (nih.gov)https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36629271/4、2022-PNAS-Variation in upstream open reading frames contributes to allelic diversity in maize protein abundance

Variation in upstream open reading frames contributes to allelic diversity in maize protein abundance - PubMed (nih.gov)https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35349347/

5、2020-NP-Manipulating gene translation in plants by CRISPR–Cas9-mediated genome editing of upstream open reading frames

Manipulating gene translation in plants by CRISPR–Cas9-mediated genome editing of upstream open reading frames | Nature Protocolshttps://www.nature.com/articles/s41596-019-0238-36、2023-NBT-Tuning plant phenotypes by precise, graded downregulation of gene expression

Tuning plant phenotypes by precise, graded downregulation of gene expression | Nature Biotechnologyhttps://www.nature.com/articles/s41587-023-01707-w

后记

植物中uORF序列是调控基因表达的重要区域，研究表明，大部分的物种都含有或多或少的uORF序列，它们通过调控下游基因的翻译从而影响植物的性状。目前关于uORF的研究，中国科学院遗传发育所高彩霞研究员做出了很前沿的工作，本文主要参考了他们的研究结果。

2023.9.24

----CXGG

沉香GG

关注

2
点赞
踩
7

收藏

觉得还不错? 一键收藏
打赏
0
评论
植物中的uORF简述

uORF在植物中具有广泛的功能，包括对基因表达的调控、应对各种胁迫、参与发育过程等。uORF通常位于基因组的起始编码子（ATG）上游区域。uORF指的是"upstream open reading frame"，它是指与主要翻译产物一起由同一个mRNA分子编码的另一条ORF。uORF的存在可能会影响主要ORF的翻译起始位点和速率，从而影响基因表达。以下是对植物中uORF功能的简述。调控基因表达：植物中的uORF可以通过抑制CDS的翻译来调节基因表达。
复制链接

扫一扫