生物信息学
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沉香GG
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推荐两个植物miRNA数据库(miRbase和PNRD)
植物miRNA数据库是储存和整理植物微小RNA(miRNA)相关信息的数据库。miRNA是一类长度为21-24个核苷酸的非编码小分子RNA,能够通过与靶基因的mRNA结合,调控基因表达。植物miRNA数据库通常包含以下内容:miRNA序列信息:数据库中储存了已知的植物miRNA序列信息,可以通过搜索或浏览功能查找感兴趣的miRNA。靶基因预测:数据库通过预测和分析miRNA与靶基因的互作关系,提供了植物miRNA靶基因的预测结果。这些预测结果可以帮助研究者了解miRNA的功能和调控机制。原创 2024-04-13 20:20:42 · 969 阅读 · 1 评论 -
使用MG2C绘制基因染色体位置图
MG2C(MapGene2Chrom)是由中国农业科学院烟草研究所烟草功能基因组创新团队开发的一款遗传图谱在线画图工具。这个工具旨在简化遗传图谱的绘制过程,使得科研人员无需编程基础也能轻松创建展示分子标记在染色体或基因组上相对位置的图谱。MG2C提供了一个用户友好的界面,用户只需根据提供的EXCEL数据模板准备相关信息,如基因位置、染色体长度等,然后将这些数据复制到MG2C的文本框中,点击“DRAW”按钮即可生成结果。此外,MG2C支持多种文件格式下载,包括JPG、PNG、TIFF和SVG等。原创 2024-03-28 20:06:25 · 855 阅读 · 2 评论 -
植物miRNA数据库PmiREN2.0的使用
PmiREN(Plant miRNA ENcyclopedia)是一个全面的植物 miRNA 功能数据库。在 2.0 版中,它包含了从叶绿体到被子植物的 179 个物种的 38,186 个 miRNA 位点(MIR),隶属于 7,838 个科、1,668 个同源区块和 141,327 对预测的 miRNA-靶标。此外,2331 个深度测序的小 RNA 文库被用于量化 miRNA 表达模式,116 个 PARE-Seq 文库被用于验证预测的 miRNA 对。原创 2024-03-15 21:37:22 · 917 阅读 · 0 评论 -
玉米基因miRNA结合位点预测工具
打开官网后,如下所示:psRNATarget是一个在线工具,用于预测植物小RNA和宿主基因的互作关系。它基于植物小RNA和宿主基因的序列数据,使用一个准确的算法进行分析和预测。用户可以输入小RNA和宿主基因的序列,或者直接上传相应的FASTA文件。该页面会显示预测结果,包括小RNA的靶向位点,以及宿主基因的功能注释和调控网络。用户还可以进行进一步分析,例如查看小RNA和宿主基因的共表达网络,以及预测小RNA的调控效应。原创 2024-02-09 16:41:04 · 1151 阅读 · 0 评论 -
使用IGV软件可视化染色质可及性
染色质可及性(chromatin accessibility)是指DNA序列在植物细胞核中的可访问程度。染色质是由DNA和蛋白质组成的复杂结构,它紧密地包裹在细胞核中,并影响基因的表达和功能。染色质可及性研究着重于理解染色质是否容易被转录因子和其他调控蛋白访问,从而影响基因的表达。文献中,常常会有下面这种图片来表示基因组上的一些区域或基因的染色质开放性强弱。一般情况下,我们可以使用IGV软件或GSA-man软件进行可视化,两者的操作相似。这里,以IGV软件为例,演示如何对染色质可及性进行可视化。原创 2024-02-07 18:55:49 · 1317 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step9(共表达分析)
WGCNA(Weighted Correlation Network Analysis)是一种系统生物学中常用的数据分析方法,主要用于分析高通量基因表达数据。该方法通过构建基因共表达网络,将相似的基因组织到同一模块中,并用模块间的关联性进行分析,从而识别与生物学过程相关的模块和关键基因。WGCNA分析流程主要包括:数据预处理、构建共表达网络、模块检测、模块注释和功能分析等步骤。原创 2023-08-30 11:05:32 · 940 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step8(富集分析)
RNA-seq富集分析是一种用于分析基因表达数据中特定基因或通路是否富集的分析方法。其基本思想是比较不同基因对应的转录本/基因之间的表达差异及其对应的基因注释信息,通过统计学方法评估差异的显著性,从而确定是否存在某些特定的功能通路或基因集合富集的情况。常用的RNA-seq富集分析工具包括GOseq、KEGG(KEGG enrichment analysis)、DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)等。这原创 2023-08-28 18:06:06 · 1712 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step7(差异表达分析)
RNA-seq是一种高通量测序技术,可以对转录组进行全面、高灵敏度的分析。差异表达分析是RNA-seq数据分析中常用的方法之一,用于识别不同条件下基因表达水平的差异。差异表达分析一般包括数据预处理、基因表达计数、表达矩阵构建、差异分析、基因功能注释等步骤。在差异分析中会使用一些常见的统计方法,如DESeq2、edgeR等,通过比较不同样本之间的基因表达数目或含量,筛选出差异表达基因,并进行生物学功能注释和通路分析,以探究不同条件下基因表达的差异及其可能的生物学影响。原创 2023-08-26 17:47:47 · 1390 阅读 · 2 评论 -
RNAseq分析:Step6(计算表达丰度)
RNA-seq技术是研究基因表达的常用方法之一,其表达丰度计算是RNA-seq数据分析的重要步骤之一。RNA-seq表达丰度计算的基本流程如下:序列比对:将测序数据比对到参考基因组,得到每个基因的计数。转录本重构:使用转录本拼接软件,如Cufflinks或StringTie,将比对后的 Bam/Sam 文件转换为每个转录本的表达值。这里的转录本可能是已知的基因、未知的基因或转录本。表达值的归一化:考虑样本间的技术差异和表达量大小的影响,对表达值进行归一化。原创 2023-08-24 11:16:55 · 1149 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step5(拼接)
转录本拼接是指将同一个基因产生的不同转录本进行合并,形成一个完整的基因序列。转录本拼接主要应用于RNA-Seq数据分析中,对基因组注释的完善以及发现未知的基因和转录本具有重要意义。在进行转录本拼接时,首先需要将原始的RNA-Seq数据进行清洗和过滤,去除低质量的序列和污染物。接着,利用特定的拼接软件对清洗后的序列进行处理,根据同源性、跨越剪切和外显子连接等特征,将不同的转录本进行合并。常用的拼接软件包括Cufflinks、StringTie和Trinity等。原创 2023-08-23 10:24:08 · 756 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step4(比对)
预处理之后的fastq文件,可以使用HISAT2软件将reads比对至参考基因组上。HISAT2软件将reads比对至参考基因组上的步骤如下:1. 对参考基因组进行建索引。对参考基因组进行预处理,生成索引文件,包括基因组序列的FM索引和SA索引。2. 将原始的reads进行预处理。包括去除接头序列、去除低质量的碱基,以及进行过滤,得到质量较高的、可靠的reads。3. 利用建立的FM索引和SA索引,将处理后的reads与参考基因组进行比对。首先,通过FM索引,快速找到与reads匹配的可能位置;原创 2023-08-22 22:48:09 · 1051 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step3(数据预处理)
RNA-seq是一种高通量基因表达分析技术,常用于研究生物体内基因表达的变化。在进行RNA-seq之前,需要进行预处理工作以优化实验结果。预处理包括:1)样本质量控制,包括检验RNA完整性和纯度;2)RNA文库制备,包括选择RNA样本、RNA转录成cDNA、文库构建等;3)测序平台选择,包括Illumina、IonTorrent等;4)数据质量控制,包括去除低质量序列、去除接头序列、过滤低复杂度序列等;5)比对和定量,包括将测序序列映射到参考基因组、计算基因表达量等。预处理的好坏直接影响后续分析结果的可靠性原创 2023-08-21 16:30:18 · 1800 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step2(数据的下载)
转录组测序原始文件和基因组数据的下载是进行转录组分析的重要步骤,本文中,以拟南芥的RNA-seq数据为例子,进行RNA原始测序数据的下载和基因组文件的下载。原创 2023-08-20 20:20:09 · 2298 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析:Step1(软件的安装及配置)
好几个月没有跑RNA-seq分析了,为防止遗忘,特整理分析流程于转录组分析专栏。RNA-seq分析是生信分析流程比较入门的操作,常规的分析主要包括差异基因表达分析、GO和KEGG分析和WGCNA分析。一般来说,前两个分析是最为常见的,第三个主要存在于纯转录组分析文章中。本文主要讲述转录组分析的第一步,软件的安装和配置。原创 2023-08-19 20:26:41 · 1679 阅读 · 2 评论 -
Linux环境下Miniconda3的安装和使用
Conda是一款在Linux中安装程序的软件,类似于Windows中的应用商店。在Linux系统中,使用conda可以方便的进行软件的安装和环境配置。具体详见以下链接:Anaconda系列:conda是什么?conda与pip的区别是什么?_zhanghai4155的博客-CSDN博客本文主要讲述如何在Ubuntu系统中安装和使用Conda,以Miniconda3为例。原创 2023-08-17 15:05:21 · 8556 阅读 · 0 评论 -
Windows10下安装VMware16虚拟机
由于本人系统为Windows 10 家庭中文版,无法安装Linux子系统WSL,虽然网上也有强制安装的方法,但为保险起见,还是把之前的VMware虚拟机重新进行安装,并浅浅记录一下安装过程。原创 2023-08-16 18:32:52 · 325 阅读 · 0 评论 -
《使用R包ggtree进行进化树的绘制与美化》
都2023年了,才去使用Y叔早在2018年发表的进化树构建利器——ggtree。刚好最近在做基因家族分析,进化树的构建与美化确实有点麻烦,先前使用MEGA11进行了绘制,但图像简陋,于是导出了nwk文件,准备使用其他软件进行美化。这里,我使用ggtree包进行操作。原创 2023-08-14 18:31:45 · 3800 阅读 · 0 评论 -
生物信息学专业期刊介绍
Journal of Integrative Bioinformatics 影响因子0.000分,是几区,2021-2022年期刊投稿经验分享,Journal of Integrative Bioinformatics主页,推荐审稿人、编辑,审稿周期/时间,版面费多少,中国作者发表文章,修改意见 (letpub.com.cn)生物信息学是现今热门的研究发现,现介绍几个专门的期刊,供大家参考。原创 2023-06-11 13:39:06 · 353 阅读 · 0 评论