RNA_seq:DESeq2差异表达分析

 RStudio，安装DEseq2

# 1.判断是否有BiocManager包，若不存在则安装
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) #设置清华镜像，加速下载

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("DESeq2", quietly = TRUE))
  BiocManager::install('DESeq2')  #通过BiocManager安装DESeq2 
library(DESeq2) #加载library

1、数据导入处理

#导入原始数据
count <- read.delim("C:/Users/Gong/Desktop/G/TRPA1b/bulk RNA-seq/R/RNA_seq .count")
#修改列名
rownames(count)=count[,1]
#删除第一列
count <- count[,-1] 
count<-count[,-7]
View(count)
#过滤在所有重复样本中小于1的基因，表达量太低也没研究意义
count <- count[rowMeans(count)>1,]

2、载入样本信息

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