RStudio,安装DEseq2
# 1.判断是否有BiocManager包,若不存在则安装
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) #设置清华镜像,加速下载
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("DESeq2", quietly = TRUE))
BiocManager::install('DESeq2') #通过BiocManager安装DESeq2
library(DESeq2) #加载library
1、数据导入处理
#导入原始数据
count <- read.delim("C:/Users/Gong/Desktop/G/TRPA1b/bulk RNA-seq/R/RNA_seq .count")
#修改列名
rownames(count)=count[,1]
#删除第一列
count <- count[,-1]
count<-count[,-7]
View(count)
#过滤在所有重复样本中小于1的基因,表达量太低也没研究意义
count <- count[rowMeans(count)>1,]
2、载入样本信息
<