关于RNA-seq 的那点事Count 数的标准化 （一) RPKM 和FPKM，TPM及C(R）PM

最新推荐文章于 2024-06-07 12:30:32 发布
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分类专栏： 生信技能树系列 R语言助力生信 转录组学流程
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RNA-seq数据分析中，标准化Count数以消除基因长度和测序深度影响至关重要。常用方法包括RPKM、FPKM、TPM和C(R)PM。C(R)PM通过10^6标准化测序深度，但未考虑长度影响。Deseq2和edgeR常涉及CPM归一化，使用size factor进一步处理。此外，低丰度数据过滤和方差稳定变换（如VST和rlog）也是关键步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在这里插入图片描述

图片来自网络 

我们都知道，在RNA seq 测序的过程中，我们测完序的最终目的是想根据测序的结果，最终分析得到差异基因以及潜在可能的功能分析，那么在进行差异分析以及对表达量进行分析的时候，对基因原始的Count 进行标准化，消除由于测序过程中单个基因自身的长度以及测序深度对数据的影响，是非常关键的一步。

RNAseq 测序，对于一个基因的Count 的计数呢，主要是基于匹配到该基因的外显子上的数目，那么按照这样理解的话，基因越长，比对到该基因(外显子)上的count 数就越多；而影响Count 的另一个因素就是测序深度，也就是该基因在测序的过程中每百万碱基检测到的数目，测序深度越大，那么本次RNA seq 中的所有read count都会增加，因在差异化以及探索表达量的过程中呢，需要对基因长度和测序深度进行标准化，消除这2个因素带来的影响，从而准确的确定基因在样本中是真实的差异表达。

那讲到了这里我们就需要来理解一下在RNA seq 的Count 数进行标准化的常用方法:

常用的方法，包括

1.C（R)PM究竟指什么呢?在常见的分析中，它出现在那里呢?

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专栏目录
关于Count，FPKM，TPM，RPKM等表达量的计算及转换 | 干货
BioinfoDu
03-22 1883
今天使用count值转化TPM，或是使用FPKM转换成TPM。这样的教程，我们在前面已经出国一起相对比较详细的教程了，一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化，在这个教程中，我们也归纳了各个数值的含义。自己也是这样的，一个人的时间和精力是有限的，我们不可能有那么多的精力。因此，做学习笔记就有很大的帮助，当自己使用的时候有地方找寻。本教程涉及的数据、代码和文件等在社群中可获得！！
RNA-seq、FPKM和Cuffdiff
weixin_44164182的博客
02-20 1205
RNA-seq RNA-seq即转录组测序技术，是将细胞内mRNA，nonconding-RNA等RNA或其中一些提取出来利用高通量测序技术进行测序和分析的技术，RNA-seq分析的主要目的是分析RNA对应基因的表达量。 RNA-seq的主要步骤如下：分离RNA——将RNA打断成小片段——RNA反转录为DNA，此后测序手段同DNA测序。 更详细步骤可参考： https://www.jianshu....
RNA-seq 原始counts数据进行标准化
twistti的博客
09-06 7666
RNA-seq的counts数据一般要进行标准化才能进行下游分析，常见的有FPKM与TPM两种方式，现在已知counts数据与基因的长度，求FPKM与TPM，代码如下： rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) rawcount <- read.csv("./ALL_sample_gene_count.csv", header = T, row.names = 1) rawcount$gene_name <- rownames(rawcou.
RNA-seq标准化
最新发布
weixin_53737233的博客
06-07 868
因此下游分析由counts计算RPKM、 FPKM这两者的公式完全一致。
【RNA-seq】表达矩阵的归一化处理（RPKM,TPM,FPKM,RPM（CPM））
Christina_Clbert的博客
01-08 1万+
在RNA-seq上游的流程中，所得到的产物为表达矩阵，一般指通过RSEM、HTseq等量化工具统计得到的，各个样本比对到参考基因组中各个基因的reads数，一般成为raw read count，这也是最简单的表达定量形式。 但是在分析不同样本中基因的表达量时，使用raw read count是不够严谨的，往往还需要进行表达矩阵的归一化处理
RNA-seq 详细教程：搞定count归一化（5）
冷冻工厂
12-04 3507
学习目标 了解如何在归一化过程中列出不同的 uninteresting factors(无关因素)了解常用的归一化方法，已经如何使用了解如何创建 DESeqDataSet 对象及其结构了解如何使用 DESeq2 进行归一化 1. 归一化 差异表达分析工作流程的第一步是计数归一化，这是对样本之间的基因表达进行准确比较所必需的。 Normalization 每个基因的映射读数计数是 RNA 表达以及许多其他因素的结果。归一化是调整原始计数值以解决“无关”因素的过程。以这种方式，表达水平在样本之间或样本内更具可
转录本counts，FPKM，TPM相互转化
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qq_27390023的博客
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FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments(每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments) FPKM：Fragments per Kilobase Million，FPKM意义与RPKM极为相近。二者区别仅在于，Fragment 与 Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确​Reads 和 Fragments的区别，RPKM和FPKM的概念便易于
使用DESeq2进行转录组原始count标准化和差异分析
微生信
11-14 4859
转录组测序完成后，一般我们会获得一个原始 readcount表达矩阵，其中行是基因，列是样品。常用的差异分析工具包括limma、edgeR和DESeq2。DESeq2在测序领域使用最为广泛（google scholar引用高达43284次，edgeR为28076次）。小编今天给大家介绍下我们的在线DESeq2差异分析模块，小伙伴们可以零代码进行GEO数据库表达矩阵的挖掘，后续再利用我们平台的各种绘图模块出图，大大加速了我们的科学研究。
多组学-转录组RNA-seq 中Counts值,RPM,RPKM,FPKM,TPM
GeekFocus
08-28 1万+
一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。 基因长度影响：同一样本，基因越长，随机打断得到的片段越多，该基因被测到概率越大，比对到该基因的reads越多。 测序深度影响：不同样本，样本的测序深度越高，同一基因被测到次数越多，比对到该基因的reads越多。 Counts 比对到每个基因的reads有多少条，在转录组测序中，称为Count数。每个测序样品的起始RNA量不同，文库量不同，测序数据量不同。 RPM(Reads per million mapped reads) 10^6
RNA-seq 详细教程：count 数据探索（4）
冷冻工厂
12-01 1579
学习目标 了解 RNA-seq count 数据的特征比较 count 数据的不同数学模型确定最适合 RNA-seq count 数据的模型了解设置生物学重复对于鉴定样本间差异的好处 1. 计数矩阵 当开始差异表达基因分析时，先从一个矩阵开始，该矩阵总结了数据集每个样本中的基因水平表达。矩阵中的行对应基因，列对应样本。在矩阵的每个位置，有一个整数值，表示源自样本中特定基因的序列读取总数（如下图）。 count 计数越高表明与该基因相关的读数越多，表明该基因的表达水平越高。然而，这不一定是真的，我们将在本课
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weixin_47195452的博客
08-20 6172
RNA-Seq早已替代了微阵列技术成为转录组研究最常用的技术，数据处理的流程一般是fastq→SAM/BAM→gene count→gene expression。其间的每一步都涉及到很多的算法与工具，而它们的正确使用便是大家探寻生物学意义的关键，本文的主要研究内容便是"gene count→gene expression"这步。在这之前，我们需要先思考为什么gene count不能与基因的表达量划等号。
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RNA-seq和小RNA-seq（small RNA-seq）是现代生物信息学中两种重要的高通量测序技术。RNA-seq主要用于全面分析细胞或组织中的转录本表达水平，揭示基因表达谱；而小RNA-seq则专注于研究20-30个核苷酸长度的非编码小...
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06-03
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我们通过在转录组水平上开发多态性分子标记，将mRNA测序（RNA-Seq）与大量分离子分析（BSA）结合起来，精细绘制重要的农艺性状基因。 在这项研究中，对银杏半同胞家族的高生长（GD）和低生长（BD）样品进行了转录组...
太愁了！这个分析需要哪种数据？原始count？标准化？抽平？FPKM？TPM？
悟道西方
11-03 5613
哪一步分析用哪种格式的数据？用什么方法处理过的数据？做PCA是不是要用原始Count？抽平的数据和原始Count什么区别？....选择什么数据，好像比选美都难...我们自己学的时候总会有这...
零基础入门转录组分析——数据处理（自测序数据）
weixin_49878699的博客
02-11 2302
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09-20
R语言可以用于进行RNA-Seq数据分析。首先，我们需要加载单细胞RNA-seq数据，并进行必要的预处理步骤，包括质量控制、过滤和归一化。然后，根据基因表达的变异性选择变异基因，并对数据进行缩放和PCA分析。可选的步骤包括降维可视化和聚类分析。此外，还可以使用一些常用的R包如edgeR和limma来进行RNA-Seq数据分析。

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