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RSS订阅原创 RNA-Seq 笔记 [3]
hisat2 可以快速准确地将测序得到的 RNA 片段（reads）比对到参考基因组，从而确定这些RNA 片段在基因组上的精确位置，进一步可以用于基因表达量定量，剪接位点的检测等多种 RNA-Seq分析任务。⑦ 有的序列无法一致地或不一致地比对，这些序列占所有没有成功比对的成对端序列的 1992944对，它们一共包含3985888 个“pairs”序列；⑥ 对于没有成功比对的成对端序列，有 64.74%的序列不一致地（非正确配对的）比对到了基因组上一个位置；4.52%的序列比对到了基因组上的多个位置。
2024-01-27 21:47:18
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原创 RNA-Seq 笔记 [2]
在这里我们能看到各个样本的概况或基本信息点击左侧的可以自定义展示列参数该部分对每个样本序列进行了计数，（和General Stats中的M seqs一致），蓝色和黑色下方有标记。③此部分为reads中每个位置（从0到150bp）的平均质量值，横坐标为位置。；纵坐标为质量分数，计算公式为所以当质量分数为40的时候，p就是0.0001。图中绿色表示合格（通过），黄色代表（警告红色则代表失败（不合格该部分为和之间的关系，可以理解为reads质量的分布情况。
2024-01-21 11:57:07
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原创 RNA-Seq 笔记 [1]
然后跑不出来报告，一直显示java报错，还把miniconda给卸了，bin环境也让我搞得乱七八糟......# 创造conda环境。
2024-01-13 15:51:15
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原创 生信技能树--R语言
1> 五种变量类型（class属性）：向量型（Vector）、矩阵型（Matrix）、数组型（Array）、数据框架型（Data Frame）、列表型（List）
2023-12-10 14:13:40
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原创 上周习题 作业
3.2 提取gene_type为"protein_coding"的gene，并输出其所属染色体，基因起始终止位置，基因ID。3.1 计算染色体对应的基因数目 gencode.gene.gtf。再没想到什么别的太好的方法。尝试用index()函数很麻烦。②运用pandas模块筛选(后续)
2023-08-25 15:08:44
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原创 3.上周习题
编写一个程序，用户输入关键字，查找当前文件夹内（如果当前文件夹内包含文件夹，则进入文件夹继续搜索），要求显示该文件所在的位置以及关键字在文件中的具体位置（第几行第几个字符）1 编写一个程序，统计当前目录下每个文件类型的文件数。4.用pathlib方法复现。
2023-08-18 10:19:26
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原创 2.根据目标基因名，从文件中输出基因名和序列
想到三个点：①运用字典的对应关系，找到所需要的序列（将原来的cds文件里的基因名和序列转为字典的key：value，然后编写代码）②下载并使用脚本（难点：怎么运行脚本）③运用列表的索引关系。思考：好像多读的是基因组库中的第一个。/(ㄒoㄒ)/~~存疑。① 字典：（前面都是正确对应的，多了一个不知道为啥。下载了不会用，以后再说。
2023-08-18 00:09:56
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原创 1 计算大肠杆菌基因组的GC含量 Ecoli.fa
GC含量为 （208+193）/ 60 * 12 = 401 / 720 ≈ 0.556944。打开Notepad++的编辑操作 → 文档格式转换 → 转为windows（CRLF）设置好之后，点击“全部替换”，即可将多行数据合并成一行。很明显是不符合我们生信要求的。(’\n’)，去除，打印的行自动输出CRLF。按Ctrl+F，弹出“替换”的窗口。3.计算 GC含量值 （找的代码）“查找目标”内容输入为：\r\n。“查找模式”选择为正则表达式。第三种：代码（找到一种），文件大可能会卡死。
2023-08-17 14:44:24
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原创 031 习题
答：将对象数据以二进制形式保存在文件中；对象数据以二进制形式从文件中读取，输入输出二进制流。答：可以,后缀名可以任意指定,只不过用文本编辑器打开时,是乱码。
2023-08-12 23:29:01
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原创 030 习题
4.编写一个程序，用户输入关键字，查找当前文件夹内（如果当前文件夹内包含文件夹，则进入文件夹继续搜索）所有含有该关键字的文本文件（.txt后缀），要求显示该文件所在的位置以及关键字在文件中的具体位置（第几行第几个字符）
2023-08-12 23:21:34
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原创 029 习题
3.呃，不得不说我们的用户变得越来越刁钻了。要求在上一题的基础上扩展，用户可以随意输入需要显示的行数。（如输入13:21打印第13行到第21行，输入:21打印前21行，输入21:则打印从第21行开始到文件结尾所有内容）1. 编写一个程序，比较用户输入的两个文件，如果不同，显示出所有不同处的行号与第一个不同字符的位置。2. 编写一个程序，当用户输入文件名和行数（N）后，将该文件的前N行内容打印到屏幕上。4. 编写一个程序，实现“全部替换”功能。
2023-08-12 23:08:52
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原创 028 习题
答：因为使用f.seek()定位的文件指针是按字节为单位进行计算的，演示文件（record.txt）是以GBK进行编码的，按照规则，一个汉字需要占用两个字节，f.seek(45)的位置位于字符“小”的开始位置，因此可以正常打印，而f.seek(46)的位置刚好位于字符“小”的中间位置，因此按照GBK编码的形式无法将其解码！答：python拥有垃圾收集机制，会对文件对象的引用计数将至0的时候自动关闭文件，所以在python编辑里，不会造成内存泄露的危险。答：f.tell()
2023-08-12 22:58:55
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原创 [课后作业] 第022讲：函数：递归是神马 | 课后测试题
答：例如汉诺塔，目录索引（因为你永远不知道这个目录里边是否还有目录），快速排序（二十世纪十大算法之一），树结构的定义等如事半功倍，否则会导致程序无法实现或相当难以理解。答：逻辑上容易接受，把大规模问题化简成容易解决的小问题。答：不停的压栈直到第一次遇到递归返回条件，开销巨大。答：在编程上，递归表现为函数调用本身这么一个行为。（2）设置了正确的返回条件。
2023-08-07 10:29:07
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原创 [课后作业] 第020讲：函数：内嵌函数和闭包 | 课后测试题
print('宾果！答：报错原因：代码B的inside( )函数对未定义对象var进行读取。答：inside 在内置函数中未输出，即未被定义。答：直接调用funOut()函数。答：调用funOut()()字符串文档下载不了。答：nonlocal。
2023-08-07 10:05:49
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原创 [课后作业] 第018讲：函数：灵活即强大 | 课后测试题
在file=sys.stdout的例子中，f = open(r'a.txt', 'w') print('python is good', file=f, flush=True)如果设置：end=' ' print('python', end=' ') print('is good') 则输出为： python is good 一行。print('python') print('is good') 输出为： python is good 默认换行，答：默认参数是给关键字赋了值，关键字参数没有赋值。
2023-07-15 11:55:40
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原创 [课后作业] 第017讲：函数 - Python的乐高积木 | 课后测试题
因为语法错误，函数的参数需要的是变量，而元组里面的数值是不可变的。答：DRY是程序员工人的指导原则：Don't Repeat Youself。2. 编写一个将十进制转换为二进制的函数，要求采用“除2取余”（① 可以降低代码量；②可以降低维护成本；只不过参数越多，出现错误的几率就越多。）的方式，结果与调用bin()一样返回字符串形式。答：我自己想是2个错了hhhh。
2023-07-15 11:03:08
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原创 [课后作业] 第027讲：集合：在我的世界里，你就是唯一 | 课后测试题
答：① add() 添加元素；② remove();discard();clear() 删除\清除元素。答：集合具有唯一性，可以确保集合中的元素是唯一且互异的。答 : frozenset() 函数。答：不一样，前者会报错。答：len() 函数。答：报错，集合是无序性。
2023-07-14 19:51:44
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原创 # 附加作业备忘及运行
（2023.7.12 附加作业）: 给定一个列表，如 a = [1,2,3,1,2,4,6]，用至少一种方法分别输出 里面的重复元素[1,2] 、去重后的元素[1, 2, 3, 4, 6]、非重复元素[3,4,6]三类。
2023-07-12 10:59:15
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原创 [课后作业] 第021讲：函数：lambda表达式 | 课后测试题
答：不需要专门定义一个函数，直接使用匿名函数即可，尤其是只需要调用一两次的函数，可以简化代码的可读性。
2023-07-08 19:03:52
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原创 [课后作业] 第026讲：字典：当索引不好用时2 | 课后测试题
答：python对键有要求，要求他们必须是可哈希的对象，不能是可变类型（包括变量，列表，字典本身等）；对于值就没有任何限制，可以是Python里的任何类型。答：字典更高效一些，因为字典的原理是使用哈希算法存储，一步到位，不需要使用其他算法进行匹配，因此效率比较高。答：会自动创建该键，并添加相应的值进去。答：不支持，相同的键再次赋值直接覆盖。答：.copy()拷贝。
2023-07-08 18:29:51
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原创 [课后作业] 第025讲：字典：当索引不好用时 | 课后测试题
答: 我们通过列表达到元素之间的一一对应关系，是通过两者索引值联系起来。而字典内置自带映射关系的键值对，相较于列表而言效率高。使用大括号（“{}”）括起来的可能是集合set。答：运行的结果都是字典，但是运行的方法不同。
2023-07-08 15:55:12
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原创 [课后作业] 第016讲：序列！序列！ | 课后测试题
4. 哎呀呀，现在的小屁孩太调皮了，邻居家的孩子淘气，把小甲鱼刚写好的代码画了个图案，麻烦各位鱼油恢复下啊，另外这家伙画的是神马吗？答：① ‘v’ ② 因为字符串在计算机中是以ASCII码的形式存储，参数中ASCII码值最大的是’v’对应的118。答：所谓迭代，是重复反馈过程的活动，其目的通常是为了接近并到达所需的目标或结果。每一次对过程的重复被称为一次“迭代”，而。答：所用BIF为：① list() ② tuple() ③ str()每一次迭代得到的结果会被用来作为下一次迭代的初始值。
2023-07-01 13:46:21
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原创 格式化字符串的方法总结
format字符串格式化方法相比%更加强大，使用场景也更多。F字符串是Python 3.6推出的新特性，功能极其强大，简洁明了、解析效率非常高，推荐使用。中 / 在字符串中解析Python表达式 / 对字符串进行格式化显示。① format字符串格式化。将变量（对象）的值填充到。
2023-06-27 18:33:17
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原创 [课后作业] 第014讲：字符串：各种奇葩的内置方法 | 课后测试题
答：① 使用三引号('''或""")可以实现；② 使用转义字符反斜杠字符(\)可以实现。②修改方法：加上原始字符串操作符 r 即可。5. 还是第三题那个字符串，请问下边语句会显示什么内容？答：三引号字符串不赋值的情况下,通常当作跨行注释使用。答： ① r' 表示按照原有字符串进行查找，故报错。
2023-06-15 18:19:52
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原创 小甲鱼-列表知识点总结
Python中的列表是有序数据的集合，包含的每个信息称为元素，可以容纳各种数据。① 浅拷贝 ： 运用.copy()和列表切片的方法得到的是浅拷贝。三 、列表的诸多方法（增 / 删 / 改 / 查 ）.append() 函数 : 每次只能添加一个元素。① 列表切片原理：将原先的单个索引值换成一个范围。***is运算符****：用于代码的“亲子鉴定”***换取元素新思路*** 作业012。.extend() 函数：可以添加多个元素。②深拷贝 ： 嵌套列表需要深拷贝！.clear() 函数。
2023-06-14 14:05:38
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原创 小甲鱼作业013
sort() →→→→按特定的顺序排序(从小到大)extend()→→→→扩展列表(用另一个列表)count()→→→→计算并返回指定元素的数量。insert()→→→→在指定位置插入一个元素。pop() →→→→删除并返回最后一个元素。reverse()→→→→原地翻转所有的数据。index()→→→→寻找并返回参数的索引值。答：append() →→→→ 在最后增加一个元素。remove()→→→→删除一个元素。clear() →→→→清空所有元素。copy() →→→→拷贝一个副本。
2023-06-10 11:59:51
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原创 [课后作业] 第012讲：列表：一个打了激素的数组3 | 课后测试题
4. 列表还有两个内置方法没给大家介绍，不过聪明的你应该可以自己摸索使用的门道吧：copy() 和 clear()答：使用sort()方法对列表永久排序；使用函数sorted()对列表临时排序。6. 活学活用：请使用列表推导式补充被小甲鱼不小心涂掉的部分。1. 请问如何将下边这个列表的'小甲鱼'修改为'小鱿鱼'？答：反向排列列表元素，可以使用reverse()方法。2. 要对一个列表进行顺序排序，请问使用什么方法？3. 要对一个列表进行逆序排序，请问使用什么方法？5. 你有听说过列表推导式或列表解析吗？
2023-06-04 10:21:53
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空空如也
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