2.根据目标基因名，从文件中输出基因名和序列

想到三个点：①运用字典的对应关系，找到所需要的序列（将原来的cds文件里的基因名和序列转为字典的key：value，然后编写代码）②下载并使用脚本（难点：怎么运行脚本）③运用列表的索引关系

① 字典：（前面都是正确对应的，多了一个不知道为啥。。。）

import os
os.chdir('D:\生信题')

f0 = open('yinwen.txt','w')
f1 = open('Pdan_new.cds','r')
f2 = open('gene_name.txt','r')

dict1 = {}
list2 = list(f2)
for line in f1:
    if line.startswith('>'):
        name = line
        dict1[name] = ''
    else:
        dict1[name] += line.replace('\r\n','')

for each in list2:
    for key in dict1.keys():
        if each in key:
            f0.write(key)
            f0.write(dict1[key] + '\n')
            break
f0.close()

 

 思考：好像多读的是基因组库中的第一个。。。/(ㄒoㄒ)/~~存疑。

import os
os.chdir('D:\生信题')

f1 = open('Pdan_new.cds')
f2 = open('gene_name.txt')
list1 = []
list2 =list(f2)
for line in f1:
    if line.startswith('>'):
        name = line[1:]
        list1.append(name)
    else:
        value = line
        list1.append(value)

for each1 in list1:
    for each2 in list2:
        if each1 == each2:
            address =list1.index(each1)
            print(list1[address])
            print(list1[address+1])

③ 脚本

下载了不会用，以后再说。。。