RNA-Seq 笔记 [1]

RNA-seq:5-sratoolkit 下载数据

#下载 sratoolkit
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
#解压安装包
tar xvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
#检查安装成功
cd /home/yinwen/biosoft/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin #看看能不能打开bin
#配置
vim ~/.bashrc#编辑
export PATH="/home/yinwen/biosoft/sratoolkit.3.0.7-linux64/bin:$PATH" 
source ~/.bashrc#重启

drwxrwxr-x  5 yinwen yinwen        156 Aug 22 10:49 sratoolkit.3.0.7-centos_linux64
-rw-rw-r--  1 yinwen yinwen   93172877 Aug 22 10:49 sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz

#创造新的文件夹project/写入id
mkdir project
cd project
mkdir airway
cd airway
cat > id
SRR1039508
SRR1039509
SRR1039510
SRR1039511
SRR1039512
SRR1039513
SRR1039514
SRR1039515
SRR1039516
SRR1039517
SRR1039518
SRR1039519
SRR1039520
SRR1039521
SRR1039522
SRR1039523
cat id

#构建循环下载样本；prefetch + 样本 ；挂后台
cat id |while read id ;do (prefetch $id &);done
#下载的慢，但是安全
#下载的内容为sra版本，将后缀为.sra转移到其他文件夹中
#数据大小都正常，但是SRR1039513下载失败了

#下载fastqc将sra转为fastq
#一般主要是处理fastq文件，很少转化，手里没有数据除外wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.12.1.zip
unzip fastqc_v0.12.1.zip
#配置环境变量
echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc
source ~/.bashrc

#直接转为fastq格式
fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ /home/yinwen/project/sra/SRR1039508.sra

#解压一下.gz
gzip -d SRR1039508_1.fastq.gz
head SRR1039508_1.fastq

RNA-seq:6-qc-1

#用于分析高通量测序数据的质量，包括质量分数、测序错误、测序片段的长度分度等
#其中[options]代表选项参数，filename代表是要处理文件的名称
#分析完成后，会生成一个质量报告文件，以.HTML储存
fastqc + [options] +filename

#示例
fastqc SRR1039508_2.fastq.gz

# 创造conda环境

conda info --envs #查看环境
conda create -n 环境名称 #创造环境
conda activate 环境名称 #激活环境
conda deactivate #关闭环境
conda list #查看下载的软件

#检查是否安装java版本
which java 
java -version

#利用conda安装fastqc
conda install -c bioconda fastqc

#文件异常关闭，编辑器出不去
rm -f .bashrc.swp

# 然后跑不出来报告，一直显示java报错，还把miniconda给卸了，bin环境也让我搞得乱七八糟......

#解决方法如下

#建立python2.7的环境，大部分的转录组信息都需要在Python2的环境下进行
conda create -n py2env python=2.7
source activate py2env

#查看一下我下载的fastqc的版本号以及帮助信息栏，看看fastqc是不是下载好的
fastqc --version
fastqc -h

(py2env) [yinwen@node ~]$ fastqc --version
FastQC v0.12.1

#然后开始跑报告就ok，先跑了一个，成功
fastqc -t 15 /home/yinwen/biosoft/DNG_part/DG5_1_R1.fq.gz -o ~/

#然后批量跑
fastqc -t 15 /home/yinwen/biosoft/DNG_part/*fq.gz -o /home/yinwen/RNA-seq_report/

#打包报告
tar -cvf html_files.tar *.html