RNA-Seq 笔记 [2]

RNA-seq：6-qc-2

#先跑一个综合的 Multiqc 报告
#将fastqc生成的多个报告整合成一个报告，方便查看所有测序数据的质量。
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
cd /home/yinwen/RNA-seq_report/
multiqc .

用我们自己的DG数据分析一下:

① General Statistics:

 在这里我们能看到各个样本的概况或基本信息

解读：

• %Dups：Duplicate Reads Percent，重复reads的比例
• %GC：Average %GC Content，平均GC含量百分比
• M Seqs：Total Sequences，总测序量
• Length：Average Sequence Length，平均序列长度
• %Failed：Percentage of modules failed in FastQC report，报告中不合格数据的百分比

点击左侧的 Configure Columns 可以自定义展示列参数

② Sequence Counts

该部分对每个样本序列进行了计数，横坐标为总的reads数（和General Stats中的M seqs一致），纵坐标为不同样本。蓝色和黑色下方有标记。

③ Sequence Quality Histograms

此部分为reads中每个位置（从0到150bp）的平均质量值，横坐标为位置。X轴并不是均匀的；纵坐标为质量分数，计算公式为

所以当质量分数为40的时候，p就是0.0001。

图中绿色表示合格（通过），黄色代表（警告），红色则代表失败（不合格</