RNA-seq:6-qc-2
#先跑一个综合的 Multiqc 报告
#将fastqc生成的多个报告整合成一个报告,方便查看所有测序数据的质量。
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
cd /home/yinwen/RNA-seq_report/
multiqc .
用我们自己的DG数据分析一下:
① General Statistics:
在这里我们能看到各个样本的概况或基本信息
解读:
- %Dups:Duplicate Reads Percent,重复reads的比例
- %GC:Average %GC Content,平均GC含量百分比
- M Seqs:Total Sequences,总测序量
- Length:Average Sequence Length,平均序列长度
- %Failed:Percentage of modules failed in FastQC report,报告中不合格数据的百分比
点击左侧的 Configure Columns 可以自定义展示列参数
② Sequence Counts
该部分对每个样本序列进行了计数,横坐标为总的reads数(和General Stats中的M seqs一致),纵坐标为不同样本。蓝色和黑色下方有标记。
③ Sequence Quality Histograms
此部分为reads中每个位置(从0到150bp)的平均质量值,横坐标为位置。X轴并不是均匀的;纵坐标为质量分数,计算公式为
所以当质量分数为40的时候,p就是0.0001。
图中绿色表示合格(通过),黄色代表(警告),红色则代表失败(不合格</