安装R&Rstudio&Rtool

安装软件很简单，需要注意的就是安装的顺序，一定是R>Rstudio，安装的路径不要有中文，且安装在同一目录下；

install.packages("BiocManager",destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip")
install.packages("ggplot2",destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip")
install.packages("Seurat",destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip")
BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats','limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment','SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils'),destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip")
install.packages("devtools",destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip")
install.packages("tidyverse",destdir="F:/Bio_software/software_file/R-4.4.1/library/package_zip")

包被下载后会默认将二进制zip文件保存在本地C盘的临时会话的downloaded_packages目录下，不希望保存在该目录下，想手动修改保存路径，通过destdir函数指定

参考

• R语言修改下载安装包install.package的默认存储位置
• R语言—Rstudio配置镜像