Linux系统下配制R和R包

安装R

这一步省略，因为之前已经通过conda安装上了

安装R包

which R
#进入R的路径，或者直接加入环境变量

##查看镜像
options()$repos
#    CRAN
#"@CRAN@"
##打开文件
file.edit(file.path("~",".Rprofile"))
##“a”进入编辑状态，写入代码，Esc结束编辑，“:wq”退出
#options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/","http://mirrors.aliyun.com/CRAN","https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))
print("已设置北大阿里云镜像")
##退出再重新进入R，查看镜像是否设置好
q()
##进入R
R
##查看镜像
options()$repos
#保证镜像源设置好，装包才能顺利

##安装BiocManager：https://www.bioconductor.org/install/
#The current release of Bioconductor is version 3.18; it works with R version 4.3.0.
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
#BiocManager安装完成

参考：

• 在linux系统、conda环境下配置R软件及R包（内含fatal error: glpk.h: No such file or directory不完全解决办法
• conda安装R包（拒绝BiocManager更新）
• conda中配置R环境及安装R包-常见报错解决
• Linux 下安装R包的几种方式
• 如何在linux系统中用conda安装R环境及R包