宏基因组测序结果中UniRef90什么意思?

UniRef参考资料库

资料库介绍

Uniprot,参考资料库,是全球蛋白资源数据库UniProt的组成部分。

UniProt参考资料库可以通过序列同一性对最相近的序列进行回并,加快搜索速度。

UniRef对来自UniProtKB的各种数据包括各种剪接变异体进行了分类汇总,还从UniParc中选取了一些数据以求能完整的、没有遗漏的收录所有数据,同时也保证没有冗余数据,该数据库的同一性(identity)分为三个级别:100%、90%和50%。

分类

UniRef里的数据是按照级别来分类的,在UniRef数据库的每一个同一性级别中,每一条序列只会属于其中的一个聚类,这条序列在其它的同一性级别中也只会有一条父集(parent cluster)序列和子集(child cluster)序列。UniRef100数据库将相同的序列数据和亚片断数据整合在一起,使用一个检索进口进行检索。

建立基础

UniRef90数据库建立在UniRef100数据库的基础之上,而UniRef50数据库又是以UniRef90为基础。UniRef100、UniRef90和UniRef50这三个数据库的数据量分别减少10%、40%和70%。每一个聚类记录都包含下列信息:数据来源、蛋白质名称、分类学信息(但只会举一个蛋白质为代表)、聚类下条目数等。UniRef100是目前最全面的非冗余蛋白质序列数据库。UniRef90和UniRef50数据量有所减少是为了能更快地进行序列相似性搜索以减少结果的误差。UniRef现在已广泛用于自动基因组注释、蛋白质家族分类、系统生物学结构基因组学、系统发生分析、质谱分析等各个研究领域。UniRef中的聚类信息是会随着UniProtKB的更新而同步更新的。

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01-19 1100
### 回答1: 基因组,6mA和5mC是两种常见的DNA甲基化修饰。6mA是在腺嘌呤(A)上形成的甲基化修饰,而5mC则是在胞嘧啶(C)上形成的甲基化修饰。这些甲基化修饰可以对基因表达和细胞分化等过程产生影响。 ### 回答2: 在基因组,6MA指的是6-甲基腺嘌呤(6-methyladenine),而5MC指的是5-甲基腺嘌呤(5-methylcytosine)。 6-甲基腺嘌呤是一种被甲基化修饰的腺嘌呤(A)碱基。甲基化是一种常见的DNA化学修饰形式,它通过在DNA链上添加一个甲基基团来改变DNA的结构和功能。6-甲基腺嘌呤的存在对基因表达和DNA复制等过程具有重要影响,因此在基因组研究对6MA的检和定量具有重要意义。 5-甲基腺嘌呤是一种被甲基化修饰的胞嘧啶(C)碱基。与6MA一样,5MC的甲基化也能够影响DNA的活性和稳定性,进而调控基因表达和细胞功能。在基因组研究,对5MC的检和分析能够提供重要的生物信息。 通过对6MA和5MC的检和定量,研究人员可以了解DNA的甲基化状态,从而进一步探究基因组的遗传调控机制和表观遗传现象。这对于理解基因组生物体的功能和进化具有重要意义,也为研究人员提供了更多关于基因组基因表达和遗传遗传传动的线索。 ### 回答3: 在基因组,6mA 和 5mC 是指两种不同的DNA甲基化修饰方式。 6mA(6-甲基腺嘌呤)是指DNA的腺嘌呤(A)碱基的6号位上添加了一个甲基基团。这种甲基化修饰方式在一些细菌和真核生物普遍存在,并且被认为与基因表达和细胞分化等生物过程密切相关。6mA的检可以提供关于基因调控和生物进化的信息。 5mC(5-甲基胞嘧啶)是指DNA的胞嘧啶(C)碱基的5号位上添加了一个甲基基团。这种甲基化修饰方式是最常见的DNA甲基化形式,也是真核生物广泛存在的一种表观遗传修饰。5mC的程度和模式可以影响基因表达的调控,特别是在基因沿染色体的转录起始位点附近。 借助基因组技术,科学家可以定量分析6mA和5mC在整个基因组的分布和定位,从而了解它们对基因表达、细胞分化、基因组稳定性以及环境适应等方面的影响。这些研究可以为我们进一步理解生物的遗传与表观遗传调控提供重要线索。

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