宏基因组测序实验分析方法

最新推荐文章于 2024-04-26 11:19:17 发布
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宏基因组测序实验分析方法-功能分析基于reads

1 使用ctab法或相应试剂盒提取样本中的总 DNA；

2 DNA样品检测合格后，使用Covaris超声波破碎仪随机打断，再经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备工作；

3 利用 Illumina NovaSeq 高通量测序平台进行宏基因组测序，获得样品中细菌、真菌和病毒等的宏基因组序列；

4 数据质控和去宿主序列：采用KneadData软件对原始数据进行质控(基于Trimmomatic)和去宿主(基于Bowtie2)，KneadData前和KneadData后，用FastQC来检测质控合理性和效果。

5 物种注释：使用Kraken2和自建的微生物核酸数据库(筛选NCBI NT核酸数据库和RefSeq全基因组数据库中属于细菌，真菌，古菌，病毒的序列)比对来计算样本中所含有物种的序列数，再用Bracken来对样本中物种的实际丰度进行估计。

6 功能数据库注释：从质控以及去除宿主基因的re

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NeSSM利用现有的基因组数据库和初步的宏基因组测序信息，生成接近真实情况的模拟测序数据，这对于优化数据分析方法、测试新算法以及理解复杂微生物群落的结构和功能具有重要意义。 在处理速度方面，NeSSM引入了GPU...
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使用Diamond将宏基因组测序数据比对到Nr数据库
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一、介绍 宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。 宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。 下面我们介绍基于组装的分析方法。 二、分析流程介绍 数据分析从下机原始序列开始，首先对原始序列进行去接头、 质量剪切以及去除污染等优化处理。然后使用优质序列进行拼接组装和基
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Kraken2 物种序列比对 注释
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宏基因组分析实战教程1. 背景知识
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宏基因组测序
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微基生物提供宏基因组测序分析服务。 宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，不需对微生物进行分离培养，而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制，在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度，探索微生物与环境及宿主之间的关系。 目前，第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点，加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落，挖掘更多基因资源方
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很多亲人感觉宏基因组的分析结果内容种类太多，根本学不过来。其实本质上并不复杂，只分为两类：物种组成和功能组成两大类，这是核心结果；再加上开头系统描述和结尾的讨论比较。通常会出现固定套路的4部分结构。 今天就从之前解决的1篇nature, 2篇science, 入手来总结宏基因组分析的基本思路。只有分析思路清楚，结果才更容易説清楚。 文章思路和结果 文章分析思路：整体概述——物种组成——功...
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一、介绍 宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。 宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。 下面我们介绍基于bin的分析方法。 二、分析流程介绍 宏基因组分箱（Binning）是将序列组装得到的Contigs按物种分开归类的过程。宏基因组分箱技术有助于获得不可培养
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