lammps教程：Ovito分析并绘制单原子应变方法

最新推荐文章于 2024-04-24 15:40:20 发布
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分类专栏： lammps教程 文章标签： lammps 分子动力学模拟 ovito 原子应变
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大家好，我是小马老师。

Ovito不仅仅显示原子图像，还能做一些数据分析。

本文以单晶Cu的拉伸为例，介绍如何使用Ovito分析单原子应变，并绘制原子应变云图。
单晶Cu在z方向的应变分量

具体操作步骤如下：

  1. 在Ovito中导入轨迹文件Cu.xyz

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  1. 点击“Add modification”，选择“Atomic strain”
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  2. 在Atomic strain被选中状态下，选择“Output strain tensors”。
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这个选项被选中后，可输出6个应变分量。

其他选项可保持默认选项。

  1. 点击“Add modification”，选择“Color coding”。
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在“Input property”框下选择“Strain Tensor.zz",这个选项可根据需要显示的内容自行选择。
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此时，窗口内原子已经按原子应变进行了着色显示。

  1. 点击右上角相机右侧按钮，点击“Add layer”，选择“Color legend”，可添加应变-颜色对比状态条。
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右下角窗口可调节状态条参数，如大小、位置等信息。
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大功告成！

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lammps是一款基于分子动力学方法的开源软件，它主要用于模拟原子尺度下的物质行为。为了使lammps能够在计算机集群中高效地运行，并能充分利用多核处理器的优势，我们需要进行单机并行安装。 以下是lammps最新稳定版单机并行安装成功的教程： 1. 首先，确保你的计算机满足lammps的系统要求。lammps支持Linux、Windows和macOS操作系统。同时，需要安装一些必要的软件和库，例如C++编译器、MPI和OpenMP。 2. 下载最新稳定版的lammps源代码。你可以通过lammps官方网站或者GitHub获取到lammps的源代码压缩包。 3. 解压源代码压缩包，并进入解压后的lammps目录。 4. 在终端中执行以下命令，进行编译配置： $ mkdir build $ cd build $ cmake ../cmake 5. 编译配置命令执行完毕后，在build目录中会生成Makefile文件。执行以下命令进行编译： $ make -j <核心数> 注意：这里的"<核心数>"是你计算机的CPU核心数，通过使用多线程编译可以更快地完成编译过程。 6. 编译成功后，在build目录中会生成可执行文件lmp，即lammps的运行文件。 7. 验证安装是否成功，可以执行以下命令运行lammps： $ ./lmp -in <输入脚本文件> 注意："<输入脚本文件>"是你要运行的lammps输入脚本文件名。 通过以上步骤，你就可以成功地在单机上安装并行版本的lammps了。记得根据你的计算机环境和需求进行相应的配置，以获得最佳的性能和效果。希望这个教程对你有所帮助！

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