比较基因组经典案例：产胶蒲公英和普通蒲公英参考基因组比较

基本信息

文章标题

Extensive sequence divergence between the reference genomes of Taraxacum kok-saghyz and Taraxacum mongolicum

发表期刊

Science China Life Sciences (一区，IF=10.372 )

作者

 Lin Tao et al.

文章图【文末有总结的思路】

总结(重点，也是整个文章的思路)

1. TK1151(橡胶草)和TM5(向日葵)的植物和细胞形态

• 蒲公英相同时间生物量大
• 两个都是第二年开花
• 橡胶草产NR(天然橡胶)多，乳汁细胞大而密集
• 蒲公英产NR(天然橡胶)少，乳汁细胞小而分散，液泡大

2. 构建了蒲公英和香蕉草的基因组

• 用SMRT、Bionano、二代、hi-c测序完成基因组组装，都各自组装成了8套假染色体
• 用FISH验证，发现了橡胶草是发生二倍扩增(16条染色体)，向日葵是三倍扩增(24条染色体)
• 三种方法(从头预测、同源蛋白预测、转录组预测)，maker完成了基因组的注释
• 比较基因组发现易位
• WGD分析找到基因组扩增时间

3. 转座子分析

• LTR爆发插入时间分析
• Gypsy和Copia型LTR最近具有最近的插入爆发
• Gypsy和Copia型LTR的爆发是蒲公英基因组扩增的主要驱动力

4. TK1151和TM5基因组之间的结构变异

• 将TM5与TK1151的假染色体进行了比对，以鉴定SNPs、indel和SV
• 共线性好表明基因组的大多数区域在蒲公英物种中是稳定的
• PAV分析：PAV序列中的TE含量低于全基因组等大量结果

5.TK1151和TM5的基因组进化

• 进化树、分歧时间、收缩扩张分析
• 共有基因和私有基因分析
• 共有基因和私有基因表达量分析：同源基因表达相似，特异基因橡胶草多

6. TK1151和TM5基因组之间的同源基因对

• 我们比较了TK1151和TM5基因组之间的一对一同基因块。
• 同源基因对之间的ks:密度有两个峰值
• 同源基因对之间Ka\Ks分析:发现3993个基因对（Ka/Ks<0.09）经历了强纯化选择

7. TK1151与TM5天然橡胶生物合成途径的比较

• 参与MVA途径的基因在根和胶乳中的表达也更高
• TM5中的低橡胶含量不是由于IPP/DMAPP不足
• taraxasterol 生物合成途径具有高度保守性。

思路总结