水稻重要品种与参考基因组存在广泛差异

这篇博客中,作者作为一名生物信息学专业的研究者,分享了在研究小麦基因组时遇到的挑战,如基因组的复杂性和数据不完整。讨论了水稻两个重要品种与参考基因组之间的广泛差异,只有42%的基因是完全保守的,揭示了品种间差异的惊人程度。这引发了对小麦基因组可能存在类似差异的思考,并强调了解析更多基因组的重要性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

  我是生物信息学专业,研究对象是小麦,小麦是异源六倍体作物,基因组多达17Gb,是水稻基因组的40倍,大约85%是重复序列。至今,小麦基因组仍然没有一个较好的参考基因组,好在,国际小麦测序组织已经公布了一个相对较好的reference,但是对应的基因组注释没有公布。我实在仍不住吐槽,很多工作放到水稻上1个月可以解决的东西,放到小麦上需要至少1年多,当然还不一定解决。我们没有自己测序的数据,加上小麦基因组信息的不完整,对生物信息专业来讲实在蛋疼啊。只能利用公共数据做分析,分析中用到啥都要自己做,有时候感觉寸步难行。不过,回头想想,除了基因组组装没接触过之外,像基因组注释,转录组分析,小RNA分析倒也是都做过,基因功能注释也多少接触过。看着同学发测序文章,真是羡慕嫉妒额。
  吐槽完这些,接着说说汇报的事情,我们每周都要工作汇报,整个实验室分成两个组汇报,几乎每个组都需要一个下午,坐整整一个下午也挺累,汇报完干啥都觉着没劲,好像被掏空了,只好来这里撒撒野;说到这里,还是很佩服老板,每周要花两个下午听汇报,而且这些汇报多数时候可能不是好消息。花了一个下午汇报,其实要准备的充分点,基本上也需要花一个上午的时间,大约3个半小时,再加上周日的seminar,一周大约就有一天半不能工作,细细算起来,一年大约有70天(只少不多),再除掉15天年假,还有每周可能还会偷懒半天,一年算下来也只有2/3的时间在从事研究。如果在算上工作时注意力不集中,偶尔出去接个电话,找战友(实验室

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