Minimap2简介

最新推荐文章于 2024-10-10 07:09:08 发布
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Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具，它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上，使用场景有下面几种：

  • 将PacBio或OXford Nanopore的read和已有参考基因组（如人类）进行比对
  • 寻找高错误率read(15%)之间的overlap
  • 将PacBio Iso-Seq 或Nanopore cDNA或RNA序列比对到参考基因组
  • 将illumina 单端或者双端序列比对到参考基因组
  • 组装之间的比对
  • 临近物种的全基因组比对

最近用Canu的不同参数装了几个版本的基因组，希望比较不同组装之间是否连续，要是在组装结果A里面的是ABCD的排布，在结果B里面却出现了倒置变成了ACBD，那么我就要怀疑人生了。

我仔细看了一下PAF的输出格式，发现输出结果非常友好，但是不可能直接用 read.table或者 data.table::fread读取，所以我就自己写了一个解析函数。同时为了提高我对R语言中grid系统的理解，我又写了一个专门的画图代码
在这里插入图片描述

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minimap2论文算法详解(主要针对RNA-seq)
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Heng Li, Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences,Bioinformatics, Volume 34, Issue 18, 15 September 2018, Pages 3094–3100, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty191 Minimap2：pairwise alignment for nucleotide sequences前言1. 引言2. 方法2.1 计算mi.
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Minimap2 是一个快速序列映射和校准程序
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Minimap2是一个快速的序列映射和比对程序，能够找到长噪声读段之间的重叠，或者将长读段或它们的组装映射到参考基因组上，并且可以选择性地进行详细比对（即CIGAR）。目前，它能够高效地处理从几千碱基到约100兆碱基长度的查询序列，错误率约为15%。Minimap2以PAF或SAM格式输出。
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入门 git clone https://github.com/lh3/minimap2 cd minimap2 && make # long sequences against a reference genome ./minimap2 -a test/MT-human.fa test/MT-orang.fa > test.sam # create an index first and then map ./minimap2 -x map-ont -d MT-human-ont.mmi test/MT-human.fa ./minimap2 -a MT-human-ont.mmi test/MT-orang.fa > test.sam # use presets (no test data) ./minimap2 -ax map-pb ref.fa pacbio.fq.gz > aln.
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07-17 2960
Minimap2 是一个多功能的序列比对程序，可以将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。对于约 10kb 的噪声读长序列，minimap2 比主流长读长比对程序（如 BLASR、BWA-MEM、NGMLR 和 GMAP）快几十倍。对于大于 100bp 的 Illumina 短读长，minimap2 的速度是 BWA-MEM 和 Bowtie2 的三倍，并在模拟数据上同样准确。映射长的噪声基因组读长。如果你为不同的数据类型运行 minimap2，可能需要保留使用不同参数生成的多个索引。
minimap2 长reads比对工具
wangprince2017
11-04 2835
minimap2 长reads比对工具 minimap2 github 官网 https://github.com/lh3/minimap2 安装 git clone https://github.com/lh3/minimap2 cd minimap2 && make
miniMap-开源
06-29
用于微型设备或模拟器的简单可导航地图。 给定一个图像和一个与图像上对象的 x/y 坐标对应的 XML 文件，地图就变成了交互式的。 该项目正在开发为 Loyol 的高级项目
minimap2和yacrd 去16S nanopore的嵌合体 【学习笔记】
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minimap2和yacrd 去除nanopore 16S的嵌合体 Chimeric
长读长序列快速比对工具Minimap2实战之cs tag
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04-10 1295
但需要注意的是，由于Minimap2针对的是长读长的三代测序数据，其产生的比对结果可能会比较复杂，体现在CIGAR上就是操作符可能超过了65535个，这显然超过了bam文件能够接受的上限，比如使用Picard或Samtools将sam文件转为bam文件时，就会报错。cs标签是CIGAR的细化，打头的字符代表相应的CIGAR操作，紧随其后的就是相应的序列，cs标签需要"--cs"参数来打开，默认为"--cs=short"。当使用"--cs=long"参数时，cs标签会将完全匹配的碱基也显示出来，如。
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