查找文献中基因名称对应的基因号

有些文献中只有基因名称并未说明基因号,所以无法直接获得基因序列及基因信息,可以根据一下步骤找到对应的基因序列。

(1)一般在补充材料中有相关基因的定量引物或构建载体所使用的引物序列,在NCBI网站中进行Primer-BLAST;

 

(2)将正反引物序列输入引物框,扩增产物最长长度填写10000(一般基因CDS不会这么长) ,在物种里面选择对应的物种,然后BLAST; 

(3)运行结束后便可得到对应的基因号,并下载对应的基因序列进行验证;

### 使用 UniProt 数据库查找基因功能注释 UniProt 是一个综合性的蛋白质信息资源库,提供了丰富的蛋白质序列和功能注释数据[^3]。为了通过 UniProt 获取特定基因的功能信息,可以通过以下方式操作: 进入 UniProt 官方网站后,在搜索栏输入目标基因名称或者其对应的蛋白 ID 或者其他识别码。对于已知的基因询非常直观有效。 一旦定位到具体条目页面,这里会展示详尽的信息板块,包括但不限于: - **摘要概述**:提供关于所选蛋白质的一般描述。 - **功能区**:专门介绍该蛋白质执行的主要生物学作用及其参与的具体过程。 - **家族与域**:指出此蛋白质所属的家庭以及它内部存在的保守区域或结构域特征。 - **相互作用伙伴**:列举可能与此蛋白质发生物理接触或其他形式互动的对象列表。 - **文献链接**:连接至有关研究论文和其他外部参考资料以便进一步探索。 此外,还可以利用高级检索选项来细化搜索条件,比如限定物种范围、指定某些实验验证过的特性等,从而更精准地获得所需资料。 ```python import requests def fetch_uniprot_data(gene_name): url = f"https://www.uniprot.org/uniprot/?query={gene_name}&format=tab&columns=id,entry%20name,protein%20names" response = requests.get(url) if response.status_code == 200: data = response.text.strip().split("\n") headers = data[0].split("\t") entries = [] for line in data[1:]: entry = dict(zip(headers, line.split("\t"))) entries.append(entry) return entries else: print(f"Failed to retrieve data from Uniprot with status code {response.status_code}") return None # Example usage of the function defined above. example_gene = "BRCA1_HUMAN" uniprot_entries = fetch_uniprot_data(example_gene) if uniprot_entries is not None and len(uniprot_entries) > 0: first_entry = uniprot_entries[0] print(first_entry["Entry"], first_entry["Protein names"]) ```
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