查找文献中基因名称对应的基因号

已于 2024-04-15 15:05:30 修改
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分类专栏： 分子生物学 文章标签： 学习
于 2024-04-15 15:03:41 首次发布
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有些文献中只有基因名称并未说明基因号，所以无法直接获得基因序列及基因信息，可以根据一下步骤找到对应的基因序列。

（1）一般在补充材料中有相关基因的定量引物或构建载体所使用的引物序列，在NCBI网站中进行Primer-BLAST；

 

（2）将正反引物序列输入引物框，扩增产物最长长度填写10000（一般基因CDS不会这么长） ，在物种里面选择对应的物种，然后BLAST； 

（3）运行结束后便可得到对应的基因号，并下载对应的基因序列进行验证；

几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法
qq_23435961的博客
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几种在NCBI中查询获取目的基因序列的方法 在NCBI中，如何查询并下载获得某物种的某特定功能的基因序列，相信对于看到此篇的大部分同学来说都不陌生了。想到对于刚开始接触生信的同学们来说，也许尚不能很熟练地在NCBI中查询想要的基因序列，因此在这里简要作了一个总结，希望对初学生信的同学们有所帮助。 此篇博文源于此前有同学问我，提到他导师给他布置任务，查找相关的文献，看相关文献中都报道了哪些细菌物种能够产生聚羟基脂肪酸酯（polyhydroxyalkanoate ，PHA），参与合成该产物的基因都有哪些，然后在
基因名文件查序列 linux,已知基因序列，如何查基因名（包括中文名称）
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05-08 2788
已知基因序列为CCGCAGCCTTTCTCCTGTTCCATCGAAGACCCCACCAAGCAGACCAAGTTCAAAGGCATCAAGACGTACATCTCGTACCGCGTGACGCCGAGCCACACGGCTCGGCCCGTGTACAGGCGCTACAAGCACTTTGACTGGCTCTACAACCGCTTGTTGCACAAGTTCACCGTCATCTCCGTGCCTCACCTGCCGG...
基因ID
liufeichendi的专栏
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各类基因ID转换基因ID分类 Ensembl的目标是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息。 相似的数据库和浏览器还被发现在美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）(Entrez
ImageJ批量将大图分割为多个小图并分别保存
qq_42940869的博客
07-25 7594
有时候我们拍摄的图片太大了，想要把图片分割为多个标准的小图，便于观察。使用ImageJ的Process->Batch->Macro批处理方法即可做到，您只需要在Input一栏填入您的原始图像所在路径，Output一栏空着就行，然后在代码框中填入以下代码（您仅需修改最上面的五行参数即可），点击process即可一键完成。.............................................
根据基因名称查看基因详细信息的网址
watermel__的博客
05-20 1192
首推： https://www.genecards.org/ 其次： https://asia.ensembl.org/index.html
基因id
weixin_30879169的博客
07-23 304
每个物种都有一个对应的Taxonomy ID： 9606 :人类 10090 ：小鼠 转载于:https://www.cnblogs.com/wangshicheng/p/11232429.html
常用数据库的基因ID
watermel__的博客
05-18 1万+
1.Ensembl stable ID ： Ensembl stable ID 的结构是根据不同物种设置的前缀, 加上数据所指的类型, 如基因蛋白质, 再加上一系列的数字. 有的时候可以有不同的版本, 则在 Ensembl ID 后面加上小数点和版本号. 例如：ENS表示物种（human）,G表示基因（gene） 2.UniProt UniProt 中录入的数据都被分配了一个唯一的 entry name，叫做UniProtKB/Swiss-Prot entry name。它是最多有 11 位包含大写.
茄科四个参考基因组-文献精读41
weixin_44874487的博客
08-31 1880
东莨菪碱和莨菪碱（HS）是两种具有重要药用价值的莨菪烷生物碱，它们存在于茄科家族中多个关系较远的谱系中。在本研究中，我们测序了来自这些谱系的三种代表性HS产生物种的基因组，以及一种不产生HS的物种。我们的分析揭示了这三种HS产生物种中共同负责HS合成的生物合成途径。我们观察到在茄科家族中两类物种中与HS合成相关的基因高度共线性。通过在关键位点引入功能获得和功能丧失突变，我们分别验证了两类物种中与HS合成相关的关键基因功能的减少/丧失或重新激活。
ncbi查找目的基因序列_干货 | 如何查找目标基因序列？掌握这几招就够了！（NCBI篇）...
weixin_39885412的博客
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原标题：干货 | 如何查找目标基因序列？掌握这几招就够了！(NCBI篇)上周的干货软文为您介绍了如何在Ensembl数据库查找目标基因序列(Ensembl篇)，这周我们将进入NCBI篇，为您讲解如何在该数据库查找目标基因序列。搜索已被RefSeq收录的基因序列NCBI，是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)的英文缩写...
如何找到外文文献对应的中文文献?
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前话：使用pyensembl可对hg38进行本地查询，但发现若查询其他的数据库比如hg19,得重新下载对应的数据文件。 查看文献发现，UCSC提供了一个丰富的mysql数据库供我们在线查询各种生物的信息(其中就包括hg19和hg38). UCSC提供的mysql连接字符串(需安装mysql客服端,其中-A=不预加载数据库) mysql --user=genome --host=genome-mys...
查询和保存基因序列
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06-17 1422
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整理参考：ID转换不用慌，biomart帮你忙 由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。 Entrze ID:是美国NCBI数据库中的基因标识符，通常是由纯数字表示，比如人类TP53基因的Entrze ID是7157（注意，不同物种的基因ID是不同的）...
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基因id转换
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### 使用 UniProt 数据库查找基因功能注释 UniProt 是一个综合性的蛋白质信息资源库，提供了丰富的蛋白质序列和功能注释数据[^3]。为了通过 UniProt 获取特定基因的功能信息，可以通过以下方式操作： 进入 UniProt 官方网站后，在搜索栏输入目标基因名称或者其对应的蛋白 ID 或者其他识别码。对于已知的基因名查询非常直观有效。 一旦定位到具体条目页面，这里会展示详尽的信息板块，包括但不限于： - **摘要概述**：提供关于所选蛋白质的一般描述。 - **功能区**：专门介绍该蛋白质执行的主要生物学作用及其参与的具体过程。 - **家族与域**：指出此蛋白质所属的家庭以及它内部存在的保守区域或结构域特征。 - **相互作用伙伴**：列举可能与此蛋白质发生物理接触或其他形式互动的对象列表。 - **文献链接**：连接至有关研究论文和其他外部参考资料以便进一步探索。 此外，还可以利用高级检索选项来细化搜索条件，比如限定物种范围、指定某些实验验证过的特性等，从而更精准地获得所需资料。 ```python import requests def fetch_uniprot_data(gene_name): url = f"https://www.uniprot.org/uniprot/?query={gene_name}&format=tab&columns=id,entry%20name,protein%20names" response = requests.get(url) if response.status_code == 200: data = response.text.strip().split("\n") headers = data[0].split("\t") entries = [] for line in data[1:]: entry = dict(zip(headers, line.split("\t"))) entries.append(entry) return entries else: print(f"Failed to retrieve data from Uniprot with status code {response.status_code}") return None # Example usage of the function defined above. example_gene = "BRCA1_HUMAN" uniprot_entries = fetch_uniprot_data(example_gene) if uniprot_entries is not None and len(uniprot_entries) > 0: first_entry = uniprot_entries[0] print(first_entry["Entry"], first_entry["Protein names"]) ```
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