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飞桨学习赛:眼底OCT层分割-2022年12月赛段第2名
眼底OCT层分割（GOALS挑战赛任务一）
赛题介绍
光学相干断层扫描（OCT）因其无接触、非侵入性的特点，已成为眼部疾病诊疗中的常规检查，可为医生提供视网膜结构图像。与只能提供视网膜表面信息的彩色眼底图像相比，OCT图像可以提供视网膜的横断面信息，因此可以更准确地分析视网膜结构。层的分割和厚度量化对许多视网膜和视神经疾病的诊断有帮助，例如青光眼、黄斑变性或糖尿病性视网膜病变。在青光眼的诊断中，使用OCT比使用眼底彩色图像更容易发现早期病例。本学习赛是环扫OCT图像的层分割任务，目的是确定视网膜神经纤维层、神经节细胞丛层和脉络膜层，这有助于青光眼的诊断和区分。
数据集与标签文件
训练集解压文件包含如下:
- Image 原始图片
- Layer_Masks 标签
- Layer_show 可视化图片（训练无需使用）
- License-GOALS-0606.pdf 使用证书
数据集是一个标准的医学影像数据集，医学影像的特点是数据少。很多时候许多图片还是来自于1个病人，并且附加的病人文本信息也作为1个输入，这样的多模态比赛在其他竞赛平台上很常见。另外1个特点是，医学影像多是灰度图。因为人体内是无法直接获取的。早期的机器学习时期就有在医学影像的应用，深度学习火热后，效果远远超越其他方法，已经被验证为一个有效的策略。
一.环境搭建
import numpy as np
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
# 切换到工作目录
%cd /home/aistudio/work
# 解压下载好的PaddleSeg
!unzip PaddleSeg.zip
!mv PaddleSeg /home/aistudio
# 安装PaddleSeg依赖
%cd PaddleSeg
!pip install -r requirements.txt
二.数据预处理
前面提到医学图像的特点，除了不同仪器产生的多模态，还有就是灰度图。对于OCT图像的像素其实还好，CT的图像分布非常大，没有足够经验的人，根本无法从原图像获取身体的各个部位。这个demo里除了PaddleSeg,主要就是额外曾加了应对这一问题的方法：windowing。同时还有噪声的问题，医学图常常伴有噪声（比如仪器造成的）。如果不做特殊处理，算法有时会把病变位置当作噪声处理掉。这也是为何使用windowing的原因。
windowing是图像常用的处理手段，其作用是通过线性变换调整图像的像素值，最终使得图像易于分辨。windowing有2个参数，分别是窗宽和窗位。
简单来说：
窗宽小，对比度高，界限清晰。
窗宽大，对比度低，界限模糊。
窗位低，亮度高
窗位高，亮度低
# 解压数据集
%cd /home/aistudio/data/data170514
!unzip -o GOALS2022-Train.zip
!unzip -o GOALS2022-Validation.zip
! mv Train/Image /home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/
! mv Train/Layer_Masks /home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/
! mv GOALS2022-Validation/Image /home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/Test
统计所有图像的像素值分布，进而获取原始数据集中的窗宽分布。
datapath='/home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/'
data=cv2.imread(datapath+'Image/0001.png',0)
for i in range(2,101):
name = str(i).zfill(4)
image = cv2.imread(datapath+'Image/'+name+'.png',0)
data=np.concatenate((data,image),axis=1)
print(data.shape)
plt.hist(data.reshape(-1,),bins=50)
plt.show()
(800, 110000)
#给定windowing自定义函数
def windowing(img, window_width, window_center):
#img： 需要增强的图片
#window_width:窗宽
#window_center:中心
minWindow = float(window_center)-0.5*float(window_width)
new_img = (img-minWindow)/float(window_width)
new_img[new_img<0] = 0
new_img[new_img>1] = 1
return (new_img*255).astype('uint8') #把数据整理成标准图像格式
data1=cv2.imread(datapath+'Image/0001.png',0)
img_ct = windowing(data1,200,100)
plt.imshow(img_ct,cmap='gray')
plt.show()
cv2.imwrite("/home/aistudio/test.png",img_ct)
True
#依次增大图像的位宽，图像对比度降低。
#如果窗宽过低，部分低的像素会直接区分不出背景。所以对比度不能过高，也不能过低。
j = 1
data1=cv2.imread(datapath+'Image/0001.png',0)
for i in range(1,10):
plt.subplot(3,3,j)
img_ct = windowing(data1,i*30,150)
plt.imshow(img_ct,cmap='gray')
plt.axis('off')
j += 1
plt.show()
#依次增大图像的窗中心（窗位的另外一个叫法），亮度降低
j = 1
data1=cv2.imread(datapath+'Image/0001.png',0)
for i in range(1,10):
plt.subplot(3,3,j)
img_ct = windowing(data1,150,i*30)
plt.imshow(img_ct,cmap='gray')
plt.axis('off')
j += 1
plt.show()
!mkdir /home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/image
class windowImg(object):
def __init__(self,mode='train'):
self.dataPath = '/home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/'
self.mode=mode
def run(self):
if self.mode=='train':
for i in range(1,101):
name = str(i).zfill(4)
image = cv2.imread(self.dataPath+'Image/'+name+'.png',0)
image = windowing(image,200,100)
cv2.imwrite(self.dataPath+'image/'+name+'.png', image)
elif self.mode=='test':
for i in range(101,201):
name = str(i).zfill(4)
image = cv2.imread(self.dataPath+'Test/'+name+'.png',0)
image = windowing(image,200,100)
cv2.imwrite(self.dataPath+'test/'+name+'.png', image)
win = windowImg('train')
win.run()
!mkdir /home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/Image_Label
class Pre(object):
def __init__(self):
self.dataPath = '/home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/'
def run(self):
# 生成train.txt和valid.txt
trainFile = open(self.dataPath + 'train.txt', 'w')
vaildFile = open(self.dataPath + 'valid.txt', 'w')
for i in range(1,101):
name = str(i).zfill(4)
if i <= 90:
trainFile.write('image/'+name+'.png Image_Label/'+name+'.png')
trainFile.write('\n')
else:
vaildFile.write('image/'+name+'.png Image_Label/'+name+'.png')
vaildFile.write('\n')
# 将标签图片转为标准标准图片
image = cv2.imread(self.dataPath+'Layer_Masks/'+name+'.png')
# 像素值为0的是RNFL(类别 0)
# 像素值为80的是GCIPL(类别 1)
# 像素值为160的是脉络膜(类别 2)
# 像素值为255的是其他（类别3）。
image[image == 80] = 1
image[image == 160] = 2
image[image == 255] = 3
image = image[:,:,1]
cv2.imwrite(self.dataPath+'Image_Label/'+name+'.png', image)
pre = Pre()
pre.run()
三.训练
模型
模型使用了早期的网络U-net。刚刚发现了官方baseline用的也是U net。这另一方面说明了图像类任务主要是预处理和后处理，比赛而言模型大部分时候不会改。
- 医学图像的语义较为简单，每一个部分都是人的很小一部分。不同的器官也会用不同的器械。器官本身结构固定，所以对于一个语义分割任务只有那么几类，不像是自动驾驶，室外场景会碰到各种不同的类别。进而高级语义信息和底层特征都很重要。这样就是U net的特点，高层特征和底层特征融合，这样网络兼顾两者。
- 数据量少。本数据只有100张图片，模型参数不宜多。
U net的结构如下图，是一个U型的结果。左右是encoder，包含若干的卷积、降采样层。右方是decoder上采样，同时会把左面的特征进行拼接。右侧反卷集，最后恢复到图像原始形状。
配置文件我已放到家目录下面，后面直接复制到对应路径，覆盖掉原始的配置文件。
首先是改了cityscapes,用于读取数据。
batch_size: 4
iters: 2000
train_dataset:
type: Dataset
dataset_root: data/mine
train_path: data/mine/train.txt
transforms:
- type: ResizeStepScaling
min_scale_factor: 0.5
max_scale_factor: 2.0
scale_step_size: 0.25
- type: RandomPaddingCrop
crop_size: [1024, 512]
- type: RandomHorizontalFlip
- type: RandomDistort
brightness_range: 0.4
contrast_range: 0.4
saturation_range: 0.4
- type: Normalize
num_classes: 4
mode: train
val_dataset:
type: Dataset
dataset_root: data/mine
val_path: data/mine/valid.txt
transforms:
- type: Normalize
num_classes: 4
mode: val
optimizer:
type: sgd
momentum: 0.9
weight_decay: 4.0e-5
lr_scheduler:
type: PolynomialDecay
learning_rate: 0.01
end_lr: 0
power: 0.9
loss:
types:
- type: CrossEntropyLoss
coef: [1]
然后是修改了适配的模型yml
_base_: '../_base_/cityscapes.yml'
batch_size: 4
iters: 2000
model:
type: UNet
num_classes: 4
use_deconv: False
pretrained: Null
!cp /home/aistudio/unet_cityscapes_1024x512_160k.yml /home/aistudio/PaddleSeg/configs/unet
!cp /home/aistudio/cityscapes.yml /home/aistudio/PaddleSeg/configs/_base_
%cd /home/aistudio/PaddleSeg/
!export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 # 设置1张可用的卡
!python train.py \
--config configs/unet/unet_cityscapes_1024x512_160k.yml \
--save_interval 500 \
--do_eval \
--use_vdl \
--save_dir output
# !python train.py \
# --config configs/unet_3plus/unet_3plus_cityscapes_1024x512_160k.yml \
# --save_interval 500 \
# --do_eval \
# --use_vdl \
# --save_dir output
# !python train.py \
# --config configs/unet_plusplus/unet_plusplus_cityscapes_1024x512_160k.yml \
# --save_interval 500 \
# --do_eval \
# --use_vdl \
# --save_dir output
四.评估
!python val.py \
--config configs/unet/unet_cityscapes_1024x512_160k.yml \
--model_path output/best_model/model.pdparams
2023-01-06 01:06:30 [INFO]
---------------Config Information---------------
batch_size: 4
iters: 2000
loss:
coef:
- 1
types:
- type: CrossEntropyLoss
lr_scheduler:
end_lr: 0
learning_rate: 0.01
power: 0.9
type: PolynomialDecay
model:
num_classes: 4
pretrained: null
type: UNet
use_deconv: false
optimizer:
momentum: 0.9
type: sgd
weight_decay: 4.0e-05
train_dataset:
dataset_root: data/mine
mode: train
num_classes: 4
train_path: data/mine/train.txt
transforms:
- max_scale_factor: 2.0
min_scale_factor: 0.5
scale_step_size: 0.25
type: ResizeStepScaling
- crop_size:
- 1024
- 512
type: RandomPaddingCrop
- type: RandomHorizontalFlip
- brightness_range: 0.4
contrast_range: 0.4
saturation_range: 0.4
type: RandomDistort
- type: Normalize
type: Dataset
val_dataset:
dataset_root: data/mine
mode: val
num_classes: 4
transforms:
- type: Normalize
type: Dataset
val_path: data/mine/valid.txt
------------------------------------------------
W0106 01:06:30.194481 9162 gpu_resources.cc:61] Please NOTE: device: 0, GPU Compute Capability: 8.0, Driver API Version: 11.2, Runtime API Version: 11.2
W0106 01:06:30.194511 9162 gpu_resources.cc:91] device: 0, cuDNN Version: 8.2.
2023-01-06 01:06:31 [INFO] Loading pretrained model from output/best_model/model.pdparams
2023-01-06 01:06:31 [INFO] There are 112/112 variables loaded into UNet.
2023-01-06 01:06:31 [INFO] Loaded trained params of model successfully
2023-01-06 01:06:31 [INFO] Start evaluating (total_samples: 10, total_iters: 10)...
10/10 [==============================] - 3s 323ms/step - batch_cost: 0.3226 - reader cost: 0.1258
2023-01-06 01:06:34 [INFO] [EVAL] #Images: 10 mIoU: 0.8762 Acc: 0.9874 Kappa: 0.9258 Dice: 0.9323
2023-01-06 01:06:34 [INFO] [EVAL] Class IoU:
[0.8823 0.7811 0.8526 0.9888]
2023-01-06 01:06:34 [INFO] [EVAL] Class Precision:
[0.9181 0.9032 0.9203 0.9945]
2023-01-06 01:06:34 [INFO] [EVAL] Class Recall:
[0.9576 0.8524 0.9206 0.9943]
五.A榜图片
需要注意的是，我们在前面数据增强使用了windowing方案，则推理时必须做同样的处理
!mkdir /home/aistudio/PaddleSeg/data/mine/test
testWin = windowImg('test')
testWin.run()
!python predict.py \
--config configs/unet/unet_cityscapes_1024x512_160k.yml \
--model_path output/best_model/model.pdparams \
--image_path data/mine/test \
--save_dir output/result \
--custom_color 0 0 0 80 80 80 160 160 160 255 255 255
2023-01-06 01:07:02 [INFO]
---------------Config Information---------------
batch_size: 4
iters: 2000
loss:
coef:
- 1
types:
- type: CrossEntropyLoss
lr_scheduler:
end_lr: 0
learning_rate: 0.01
power: 0.9
type: PolynomialDecay
model:
num_classes: 4
pretrained: null
type: UNet
use_deconv: false
optimizer:
momentum: 0.9
type: sgd
weight_decay: 4.0e-05
train_dataset:
dataset_root: data/mine
mode: train
num_classes: 4
train_path: data/mine/train.txt
transforms:
- max_scale_factor: 2.0
min_scale_factor: 0.5
scale_step_size: 0.25
type: ResizeStepScaling
- crop_size:
- 1024
- 512
type: RandomPaddingCrop
- type: RandomHorizontalFlip
- brightness_range: 0.4
contrast_range: 0.4
saturation_range: 0.4
type: RandomDistort
- type: Normalize
type: Dataset
val_dataset:
dataset_root: data/mine
mode: val
num_classes: 4
transforms:
- type: Normalize
type: Dataset
val_path: data/mine/valid.txt
------------------------------------------------
W0106 01:07:02.329128 9342 gpu_resources.cc:61] Please NOTE: device: 0, GPU Compute Capability: 8.0, Driver API Version: 11.2, Runtime API Version: 11.2
W0106 01:07:02.329154 9342 gpu_resources.cc:91] device: 0, cuDNN Version: 8.2.
2023-01-06 01:07:03 [INFO] Number of predict images = 100
2023-01-06 01:07:03 [INFO] Loading pretrained model from output/best_model/model.pdparams
2023-01-06 01:07:03 [INFO] There are 112/112 variables loaded into UNet.
2023-01-06 01:07:03 [INFO] Start to predict...
100/100 [==============================] - 14s 140ms/step
d into UNet.
2023-01-06 01:07:03 [INFO] Start to predict…
100/100 [==============================] - 14s 140ms/step
六.提交比赛结果
!mv Layer_Segmentations output/result
!rm -rf /home/aistudio/PaddleSeg/output/result/added_prediction
!mv /home/aistudio/PaddleSeg/output/result/pseudo_color_prediction /home/aistudio/PaddleSeg/output/result/Layer_Segmentations
!zip -r result.zip /home/aistudio/PaddleSeg/output/result/
#最后提交文件即可。
七.总结
分数其实并没有超过前几个月的选手，主要是多了一个数据增强的方案。OCT是一个很热门的技术，作者在做脑部OCT的一些工作，主要是数据处理以及器械。OCT的图像采集是一个很重要的工作，本文的应用场景是眼，其实不仅仅是眼。脑部血管也可以用。最后希望自己能早日获取PPDE。
参考链接：
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