vesta软件_分子动力学计算实战：利用 OVITO 软件找弗伦克尔缺陷和位错环分析

最新推荐文章于 2024-07-26 14:06:33 发布
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文章标签： vesta软件
本文介绍了如何利用OVITO软件进行分子动力学计算，特别是查找和分析弗伦克尔缺陷及位错环。通过导入Vesta软件的演化过程文件，选择Wigner-Seitz缺陷分析方法，统计空位和间隙子的数量。通过表达式选择和删除操作，仅保留缺陷，并为其分配颜色，以可视化整个缺陷演化过程。此外，还提及了导出视频和图片的功能。
摘要由CSDN通过智能技术生成
8be3001c429da3363606a3580edd2c86.png 今天继续和大家分享这篇纯分子动力学(MD)的 Nat. Comm. 文章(DOI：10.1038/s41467-018-07102-3)。上期推文(从一篇 Nat. Comm. 学习经典分子动力学基本知识和相关软件基本操作 (一))，我们借用该文章的 fig.1 简单介绍了如何用文中所提到的 LAMMPS 软件来实现材料中级联碰撞过程。但是，想完整的展示类似该文章的 fig.1，单纯利用 LAMMPS 软件绝对不够，所以 今天就给大家安利一波该文章中所提到的第二种软件 OVITO (The Open Visualization Tool)，先回顾一下该文章题目以及  fig.1 ： 3f50524576b9cae2391762b6cca9b1b0.png ▲ 标题截图 1d405fbca02008ee4d52f4c98c7593bd.png ▲ 图 1 上图中的 a,b, c, d, e,f 分别表示级联碰撞过程的开始、级联碰撞
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python识别ovito中的位错，并统计长度，改进版提升运行速度
wcget123的博客
12-25 1889
要在Python中识别OVITO（The Object-Oriented Visualization Toolkit）中的位错，您可以使用OVITO的Python API来进行位错分析。OVITO是一个科学可视化和分析软件，用于原子尺度的模拟数据，如分子动力学或蒙特卡罗模拟。: 分析完成后，您可以提取位错数据，如位错线的位置、类型等。函数加载您的模拟数据，这些数据可能是原子坐标文件，如LAMMPS的输出文件。: 首先，确保您的系统中安装了OVITO。: 在您的Python脚本中，导入必要的OVITO模块。
非晶金属模型建模：Ovito方法
lammps_jiayou的博客
07-23 3261
大家好，我是小马老师。 非晶态是指原子处于无序状态的一种结构，非晶态金属建模方法有很多，本文介绍使用Atomsk软件建立非晶态金属模型的方法。 原理比较简单，首先建立金属晶体，然后随机调整原子的坐标，使其脱离原晶格点位置即可。 以非晶态Al建模为例： （1）建立晶体Al模型 使用create命令建立Al单胞，并扩胞为202020的超胞，代码如下： atomsk --create fcc 4.046 Al -duplicate 20 20 20 Al_supercell.cfg 得到的结果为： （2）随机
OVITO使用（2）——缺陷分析进阶-如何分类统计晶界与晶内的缺陷
m0_64452471的博客
04-15 3524
对应晶界处的空位数，对数据进行加减可得出晶内的间隙原子和空位数），在导出数据要特别注意自己的数据所代表的物理含义，防止数据错配。观察选取的坐标范围是否完全覆盖晶界结构，若存在未选中的原子，可进行微调）。进行计算，这里通过ovito显示组成晶界结构原子的坐标，根据坐标范围进行粗略确定（通过。为了探究晶界对缺陷的影响，我们常常需要将晶界处与晶内的缺陷分开统计，这时可以通过。对于材料的抗辐照性能，有学者发现晶界起着缺陷吸收阱的作用。，选择存储路径，选择要输出的数据信息（这里。表示晶界与晶内总的间隙原子数，
atomsk建模——任意取向模型的注意点
最新发布
wq1352014的博客
07-26 510
例如用Atomsk建立[1-10] [11-2] [111]取向的NiTi模型，数时，沿给定 [hkl] 方向的最短晶格向量实际上是 1/2[hkl]。=5.2，而是2.6，得到的模型中Ti:Ni=4:2，明显不是我们想要的。需要注意的是，得到的原子坐标不能马上使用，因为使用merge命令的时候。时，沿 [hkl] 方向的周期减少到 1/2[hkl]。，所以此步骤目的是为了观察晶胞的原子分布，具体的原子坐标。​​​​​​​[111]方向得到的尺寸并不是预期的3。但我们可以根据晶格的对称性推导出最小的晶胞。
OVITO使用（1）——如何进行缺陷分析
m0_64452471的博客
04-11 6240
将完美晶体（未经辐照的晶体）视为参考模型，并对它进行网格划分，一个原子占据一个网格位置。辐照发生后晶体内的原子发生迁移，相较于参考模型，有的网格位置原子离开，留下一个空位，即没有原子占据；有的网格位置有其他原子进入，这些原子视为间隙原子，即存在两个及以上的原子占据。我们在模拟辐照的级联碰撞过程时，常常需要观察辐照产生的缺陷（包含间隙原子和空位）变化，通过ovito中的Wigner-Seitz defect analysis方法（即W-S法）可进行相关分析。②为了更好的观察间隙原子和空位的变化，我们通过。
高熵合金位错分析DXA（使用ovito）
qq_45762148的博客
01-09 1643
得到如下结果结果如下。
OVITO使用（3）——如何统计缺陷团簇数量及其尺寸
m0_64452471的博客
07-24 2727
在进行分析之前，我们需要了解什么是第1近邻（最近邻）位置，第2近邻（次近邻）位置，第3近邻（次次近邻）位置？如下图，以体心立方结构为例，1号原子位置为第1近邻，2号原子位置为第2近邻，3号原子位置为第3近邻。因此，关于缺陷演变的研究，团簇分析必不可少。③ 一般进行统计时，涉及到的变量为相同尺寸团簇出现的数量及其对应的尺寸大小（包含的原子数量），因此，我们还需要对导出的数据进行处理，最后得到如下的柱状图。即某一间隙原子与其第3近邻位置内的原子形成一个团簇，同样的，空位与其第2近邻位置内的原子形成一个团簇。
BCC.rar_python分子动力_分子动力学_分子动力学 MS_合金建模
09-20
1. **Python分子动力学**：Python语言因为其易读性、丰富的库支持和强大的科学计算工具，如NumPy、SciPy和Matplotlib等，已经成为进行分子动力学模拟的常用编程语言。`BCC.py`很可能利用这些库来实现计算任务，比如...
这是一个用于阅读和分析从头算分子动力学模拟的工具包存储库_MATLAB_代码_下载
07-03
AIMD_Toolkit 是一组用于处理从头算分子动力学轨迹的 Matlab 脚本。 使用 AIMD_Toolkit，您可以 从 VASP 输出 XDATCAR 读取轨迹 使用 VESTA 可读的 CHG 格式创建核密度 更多详情、使用方法，请下载后阅读README....
matlab代码ab-AIMD_Toolkit:这是一个从头开始分析分子动力学模拟的工具包存储库
06-01
分子动力学轨迹的 Matlab 脚本。 当前功能 使用 AIMD_Toolkit，您可以 从 VASP 输出 XDATCAR 读取轨迹 使用 VESTA 可读的 CHG 格式创建核密度 引用 AIMD_Toolkit 如果您使用此代码，请引用以下论文 陆子恒等物理化学...
VESTA软件-64.zip
11-18
8. 拓展性：VESTA与其他计算软件（如VASP、Quantum ESPRESSO等）有良好的兼容性，可以通过导入和导出数据进行协同计算。 在使用VESTA进行第一性原理计算时，需要注意以下几点： - 首先，需要设置计算参数，如交换...
ovito手册与总结
04-23
ovito手册与总结PDF版，ovito简单入门 ovito是DXA的升级版
vesta_clippings_cart:⚶Vesta修剪车（Webtrees 2自定义模块）
03-16
⚶Vesta修剪车（Webtrees 2自定义模块） 该定制模块替代了原始的“剪报购物车”模块，从而允许其他定制模块向剪报购物车提供其他数据。 该项目的网站是 。 这是一个webtrees 2.x模块-不能与webtrees 1.x一起使用。...
lammps数据后处理：Python ovito 计算输出位错线长度
lammps_jiayou的博客
10-07 1684
ovito DXA模块可以分析位错类型并给出了每条位错线的长度，可以通过导出分析结果的方法汇总位错线长度。这种方法比较繁琐，使用python小程序统计位错线就简单多了。
lammps教程：Ovito查看晶体内部变形方法
lammps_jiayou的博客
09-26 8612
大家好，我是小马老师。 对于一些金属体系的变形模拟，在lammps运算完成后，通常需要将轨迹文件导入到ovito进行分析。 ovito分析晶体变形的方法有很多，比如DXA、CNA等。 在一些论文中，会使用下图的方法分析晶内变形情况： 下面介绍一下这种图像的绘制方法。 （1）ovito打开轨迹文件 以Ni的拉伸模拟结果为例，拉伸轨迹文件导入到ovito中如下图所示： （2）调用位错分析DXA “Add modification”-“Dislocation analysis” 调用DXA后，主界面会以不同
OVITO使用（4）——如何显示晶界与点缺陷的相互作用
m0_64452471的博客
08-18 2684
的方法，较新版本的Ovito（如3.8以上的版本）这个功能需要pro版，本着“能省则省”的原则，可以去下载旧的基础版（本文用到的是Ovito 3.6.0）。⑤ 叠加图层后就能同时显示出缺陷与晶界，但晶界处的缺陷被覆盖无法显示，此时我们需要调整晶界的透明度。④ 使用W-S法识别出间隙原子和空位，这里为了避免导出的图片中box边框重合产生加粗或者虚影的效果，可以勾选掉任意一个图层的。”，修改数值（数值越大，原子越透明，大家可根据自己的需求调整）。)，剩下的是组成晶界的原子以及辐照产生的无序化原子。
lammps后处理：ovito快速提取单条位错线的伯氏矢量
lammps_jiayou的博客
02-11 2844
大家好，我是小马老师。 本文介绍如何使用ovito提取lammps模拟结果中的位错数据。 位错是晶体材料在塑形变形中产生的一种缺陷，位错的迁移或者增殖会影响晶体的进一步变形过程。 在lammps晶体力学模拟中，位错分析（DXA）是常用的一种后处理分析方法。 lammps模拟结果导入到ovito，添加“Dislocation analysis”即可显示位错信息。 关于ovito DXA的使用方法，网上有很多教程，可搜索查看。 本文介绍如何确定每条位错线的伯氏矢量。 如下图所示： 在ovito DXA分析中，
lammps后处理：Python调用Ovito模块配置方法
lammps_jiayou的博客
09-27 2323
ovito不仅提供了图形界面处理方法，也提供了python接口模块（OVITO Python Module），可以在python代码中调用ovito的分析功能，更加灵活方便。
2022-07-13Lammps——高熵合金
weixin_51082412的博客
07-13 2242
高熵合金模拟
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