uniprot数据库使用及氨基酸属性

已于 2025-01-28 16:48:31 修改
阅读量496 收藏
点赞数 3
分类专栏： 细胞通讯 生信 文章标签： 数据库
于 2024-01-31 14:32:02 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_65188455/article/details/135952655
版权
这篇文章介绍了如何下载和有效利用蛋白质组学数据库，作者胡耿在科学网上分享了他在该领域的实用技巧和经验。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

参考链接：

科学网—蛋白质组学数据库的下载和利用 - 胡耿的博文 (sciencenet.cn)

常见的OrgDB包，方便对应物种注释 - 简书 (jianshu.com)

Bioconductor - BiocViews

根据基因名批量下载蛋白质序列：

UniProt蛋白序列批量下载 - 简书 (jianshu.com)

氨基酸属性：

生物信息学---蛋白质组学中氨基酸信息编码方式_python 对氨基酸序列的编码-CSDN博客

aaindex特征编码，蛋白质序列特征，氨基酸理化属性-CSDN博客

 

AAindex（氨基酸物理化学性质）下载

genome.jp/aaindex/AAindex/list_of_indices

AAindex: Amino acid index database (genome.jp)

uniprot数据库转换ID功能
hgz2020的博客
08-16 1770
uniprot
【MOOC-生物信息学-生物数据库】
HuangXinyue1017的博客
01-10 2579
一、为什么需要生物数据库 构建？No！使用？Yes！ HIV病毒基因组：9752bp，编码9个基因；然而，人基因组：3,000,000,000bp…… 生物数据库：被组织起来的大量生物数据，这些数据通过计算机可以被方便的访问、管理、更新 天文数字单位 中文名称 英文名称 10的几次方 常用 尧 yotta 24 泽 zetta 21 艾 exa 18 拍 peta 15 太 tetra 12 √ 吉 giga 9 √ 兆 mega 6 √ 千 kilo 3
一文极速读懂UniProt数据库
热门推荐
Baimoc
02-23 4万+
Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。 EBI（ Europe...
根据氨基酸变化，从NCBI - ClinVar数据库抓取信息（基于python - BeautifulSoup）
lillianqdzpw
11-22 2382
写在前面 NCBI 网址中提供有各种数据库，这里使用’ClinVar’数据库。从ClinVar数据库搜索氨基酸变化信息后， 获取搜索结果的相关信息。 biopython 提供了访问NCBI Entrez数据库的模块bio.Entrez ， 中文文档在这里。 代码实现 需求：在ClinVar数据库中，根据输入的氨基酸变化信息，获取染色体的位置信息。 实现：1) 获取检索结果各条目的ID列表；2...
解析Uniprot数据库数据|Python
最新发布
weixin_42038527的博客
02-19 743
UniProtKB提供蛋白质序列、物种来源、功能等注释，并引 入注释评分来表示蛋白质注释完备程度和研究的丰富程度。
数据库（1）--UniProt蛋白数据库
m0_46431488的博客
11-08 2812
一文学会UniProt数据库（新版/附图文）
一文读懂 UniProt 数据库（2025 最新版）
Baimoc
01-17 1万+
Uniprot （*Universal Protein* ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI（ European Bioinformatics Institute），SIB（the Swiss Institute of Bioinformatics），PIR（Protein Information Resource）三大数据库的资源。
Uniprot数据库
weixin_30847939的博客
04-13 8275
Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。 UniprotKB由两部分组成： UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的、手工注释的、非冗余的数据集，这些数据都是由质量保证的。 UniProtKB/TrEMBL 该数据集包含高质量的计算分析结果，需要我们手工注释。 当我们搜索蛋白质时，就会如下...
ProtDB:蛋白质数据库管理框架-开源
07-19
总的来说，ProtDB 是一个强大的蛋白质数据库管理工具，其开源属性不仅促进了技术的共享和进步，也使得更多的研究人员能够利用这个框架进行创新性的生物信息学研究，推动生命科学的发展。通过持续的社区贡献和改进，...
UniProtKB：一级蛋白质序列数据库全面解读
# 1. UniProtKB简介 ## 1.1 UniProtKB的历史和背景 ...2002年，它们合并为UniProt联合数据库，为全球科研人员提供开放获取的蛋白质序列和功能信息。 ## 1.2 UniProtKB的主要目标和功能 UniProtKB
如何使用R将细菌蛋白质序列可视化
06-06
在R中，我们可以使用ggseqlogo包来可视化蛋白质序列。...你可以从NCBI或Uniprot数据库下载一个FASTA格式的蛋白质序列文件，或者你可以手动创建一个文本文件，其中包含蛋白质序列的名称和序列。例如： ``` >protein1 ...
UniProtQuiz:UniProt的公众参与应用
04-18
UniProtQuiz UniProt的公众参与应用
PyMOL与网络资源协作：在线数据库与本地分析的无缝对接
PyMOL作为一种广泛使用的分子可视化软件，在生物信息学领域具有重要的地位，尤其在蛋白质结构分析和研究方面。本文旨在详细介绍PyMOL的基本概念、功能以及与网络资源，特别是在线生物信息学数据库的协作机制。文章...
全球蛋白资源数据库UniProt
microbiology的专栏
03-15 2万+
    UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相 互联系的数据库 ， 也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛 、 功能注释最全面的一个数据库 。 UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Instit
Uniprot 数据库-最常用的蛋白质数据库
weixin_34200628的博客
05-15 7614
Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库，包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库； 其中swiss-prot 是手工核对过的 ，非冗余， 有详细注释信息的蛋白数据库，也是最常用的数据库； 该数据库收录了不同物种的蛋白信息，以人类为例， 数据库中可以看到如下的信息： http://www.uniprot.org/uniprot/?query=*&f...
全球蛋白质及基因组经典数据库汇总
Fumingouge的博客
08-28 1448
全球蛋白质及基因组数据库集锦
【生物医学】蛋白数据库UniProt综述及结构图谱
黑符石笔记集
10-27 2613
本文主要分享蛋白数据库UniProt的基本综述的图谱，包含数据库的基本介绍以及组成部分两大块内容，方便大家对这个库能够快速了解。图谱来源主要出自博客【全球蛋白资源数据库UniProt】一文，在此表示感谢。 关于本图谱，请从此【传送门】进入下载。 ...
uniprot数据库
wvdon
04-15 4592
地址 uniref100,uniref90,uniref50是蛋白质数据库 uniref100是包含所有的已经验证的蛋白质的序列 UniRef90基于UniRef100构建，而UniRef50基于UniRef90构建. UniRef90和UniRef50分别使数据库大小减少了约58％和79％，从而显着加快了序列相似性搜 esm:训练使用了ur50和ur90 下载地址： https://www.uniprot.org/downloads uniref50：9gb https://ftp.uniprot.or
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值