R语言—从github上安装包失败解决办法（更换镜像，创建自己的token）

一、使用gibhub安装包：install_github("mdbrown/DecisionCurve",force=TRUE) 失败

1.注意先

install.packages("devtools")

加载library("devtools") 才能用github安装。

2.安装包出现错误， 无法打开https 链接

Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, 
: 无法打开URL'https://api.github.com/repos/。。。

 解决方法：更换镜像。 多换几个镜像试试，最后换了兰州镜像可以安装了。

（查阅了很多方法，使用BiocManager::install('githubinstall')，library(githubinstall)，githubinstall("xx.Rpackage")安装，  到GitHub 上下载zip文件， 都无法安装成功。最后发现多换几个镜像成功了。）

二、安装 install_github("Displayr/flipPlots") 包错误

> install_github("Displayr/flipPlots")
>Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:
  HTTP error 403.
  API rate limit exceeded for 175.29.122.76. (But here's the good news: Authenticated requests get a higher rate limit. Check out the documentation for more details.)

  Rate limit remaining: 0/60
  Rate limit reset at: 2022-8-21 11:33:21 UTC

  To increase your GitHub API rate limit
  - Use `usethis::create_github_token()` to create a Personal Access Token.
  - Use `usethis::edit_r_environ()` and add the token as `GITHUB_PAT`.

出现了API下载速率限制的问题，返回error 403，并要求使用github_token（）取消api rate 的限制。这是因为github会扫描需要安装的依赖程序，如果数目超过他的api rate，github就会限制下载，解决办法是使用自己的token认证（相当于去github上认证一下，挂个号，然后给你安装）。

解决办法：制备github token

1. 命令行输入  create_github_token()，浏览器自动跳转到github网站，登录或注册。

2. 首先命名token，可以随意写，有效期也可以随意选。勾选repo，goken用于下载github上的代码仓库。 

 3. generate  token。 记得拷贝token密码，关闭网页后就查不到了。但可以再申请一次。

4.打开R 输入 

 usethis::edit_r_environ()

 在弹出的R编辑器输入

GITHUB_TOKEN="ghp_8lNL……"（自己的密码）

 关闭编辑器。

5. 一定要关闭R软件，重新打开，不然环境变量加不进去。

重新打开后可以政策安装。

 > library("devtools")
载入需要的程辑包：usethis
> install_github("Displayr/flipPlots")

最后用 library("flipPlots") 验证一下，安装成功。