TCGA下载数据的3种方法

已于 2025-02-18 13:10:12 修改
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文章标签： 机器学习 生物信息学 TCGA
于 2025-02-18 13:03:38 首次发布
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新版TCGA下载数据的3种方法：

①直接网站下载，通过cart购物车下载：速度快，但不能下载超过5G数据。

②使用官方GDC-UI软件下载。可能会失败。

③使用官方GDC-client软件下载。速度快，容易能成功。

一、直接在网站上，在cart中下载

选择好的样本，加入cart，在cart中，直接下载cart。

参考链接：从TCGA下载RNA-seq表达数据，临床信息_tcga数据库rnaseq数据下载-CSDN博客

数量不多的样本可以直接下载，我这个样本每个大约4M，速度大约在每分钟下载5个样本。但我这个文件有11GB，无法直接下载。

二、使用GDC-UI软件下载

参考链接：

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### 提高TCGA数据下载速度的方法 当遇到TCGA数据下载缓慢或中断的情况时，可以采取多种策略来优化下载过程并确保顺利完成下载任务。 #### 使用专门的下载工具 为了更高效地管理大文件传输，建议采用专业的下载管理器。这类软件能够支持断点续传功能，在网络不稳定情况下尤为有用。此外，部分工具还提供批量下载选项，允许一次性提交多个URL请求[^1]。 #### 获取有效的直接下载链接 有时简单的复制粘贴官方提供的tar格式资源地址并不能成功发起下载操作，这是因为实际可用的下载路径可能隐藏于页面内部或是经过加密处理后的形式存在。此时应当依照官方网站指南说明去解析出确切可访问的HTTP(S) URL字符串再尝试获取目标文件。 #### 利用第三方服务加速 考虑到个人计算机性能差异以及带宽限制因素影响较大，借助外部服务商的力量不失为明智之举。某些机构或团队专注于生物信息学领域研究工作多年积累下来的经验和技术优势可以帮助用户更快捷稳定地取得所需资料。例如，“SCI狂人团队”就提供了付费辅助下载的服务方案供有需求者选择使用[^2]。 #### 合理规划时间避开高峰时段 互联网流量分布具有周期性特点，通常白天尤其是上班时间段内网速相对较慢；而夜晚至凌晨则相对宽松些。因此可以根据自身实际情况灵活安排下载作业执行时机以获得更好的体验效果。 ```bash # 示例命令：设置定时任务在夜间自动启动下载程序 echo "0 2 * * * wget -c http://example.com/large_dataset.tar.gz" | crontab - ```
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