samtools的使用

最新推荐文章于 2023-03-20 14:11:13 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： linux
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1.faidx

首先要先对目标序列进行一次索引

samtools faidx input.fna

生成fa.fai格式的文件

对序列进行提取

samtools faidx input.fna chil > chil.fa

对序列的一部分进行提取

samtools faidx input.fna chire 100 - 200 > chire.fa 100 - 200

筱贺学生信
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专栏目录
samtools 1.7
03-20
samtools源代码. ./configure --prefix=/usr/local && make && make install 安装
samtools-0.1.9
12-14
breakdancer软件依赖的samtools版本软件，正确的版本有助于breakdancer的使用
samtools的使用笔记
liduo159357的博客
03-20 850
由于二代测序中普遍采取短读长（50~150bp）的测序策略，在后续分析的流程中需要使用比对软件将reads片段匹配到参考基因组中从而产生比对/匹配文件，进而用于后续流程的分析。Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequence alignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序、合并、建立索引等处理。
samtools使用大全
宁生信
06-08 3万+
samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。 1.View view命令的主要功能是：将sam文件与bam文件互换；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文
samtools常见用法示例
qq_27390023的博客
11-05 5235
samtools是对SAM/BAM等格式进行各种相关操作的软件，功能最丰富。 1. samtools view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作 1.1查看header 命令 samtoolsview -Htest.bam 1.2将sam文件转换成bam文件 samtools view -bS test.sam > test.bam samtools view -b -S test.sam -o test.bam #...
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SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，几乎所有流程都会产生SAM/BAM文件作为中间步骤，然后是后续专门的分析过程。 以一个简单的例子介绍.第一幅图表示read和参考基因组比对可能出现的情况。r...
BWA比对及Samtools提取目标序列
weixin_56827666的博客
05-13 4699
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在，主要使用BWA和Samtools：bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法：backtrack、SW和MEM，第一种只支持短序列比对（<100bp），后两种支持长序列比对(70bp~1M)，并支持分割比对（split alignment）。MEM算法是最新的也是官方推荐的。BWA-MEM 是一种新的比对算法，用于将测序 reads 或者组装后 contigs 比对至大型参考基因组，例如人参考基因组。它会自动选择局部比
samtools and bwa
03-11
samtools and bwa参数例子
bam.bio:一个使用WebAssembly在浏览器中运行samtools基因组学实用程序的游乐场
05-22
巴姆比奥介绍bam.bio是网络上的游乐场。 它通过将samtools从C编译到WebAssembly来工作，因此可以直接...在WebWorker中运行samtools 使用在WebWorker（即后台线程）内运行samtools，该工具处理用户提供的安装.bam文件。
samtools sam查看工具
03-25
samtools是一种多方式处理sam文件的工具，可以将sam文件转换盛bam文件，序列map结果的浏览，call SNPs，计算覆盖深度等
给参考基因组建立index
mai_curious的博客
06-17 691
给参考基因组建立index
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qq_38790244的博客
02-04 3103
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1、
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Curry_chenhu的博客
08-22 1782
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luobailian的专栏
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samtools常用命令详解 http://www.plob.org/2014/01/26/7112.html 1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam
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GRC
12-04 1万+
本文章主要参考“菜鸟”的新浪博客，自己只是把自己操作的过程记录下来，供大家参考。 #第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.bam map.sorted"
samtools 的使用
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1，对fasta文件建立index samtools faidx ref.fasta 注意，  如果你执行命令的地方和参考序列不在同一个目录，参考序列用全路径过相对路径，最后的index结果和参考序列在同一个目录里面，而不是执行命令的目录 在fasta文件中，对于某一个序列，除了最后一行，其他行所含碱基数应该一样。 不同序列每行所含base数可以不一样。但是对于同一个序列，必须遵循上面的规
Samtools详解
小猪打呼噜
10-29 1万+
序列比对 如今序列比对已成为各种生物学分析中不可缺少的重要环节，通过将未知的基因片段与已知具体信息的基因或基因组进行比较，并分析其中的相同部分与差异部分，就可以得到该基因片段SNP位点、所属物种以及可能具有的生物学功能等重要信息。 sam与bam 格式 sam与bam是两种最常用的比对结果输出文件格式，如转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而BWA、bowtie等比对软件...
samtools的用法简介
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08-29 391
1.SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式，当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下： view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对 index: 索引排序比对 faidx: 建立...
samtools mpileup 默认使用进程数量
最新发布
06-10
`samtools mpileup`命令默认使用单个进程来处理输入的序列比对文件。在处理大型数据集时，单个进程可能会导致计算时间过长。因此，你可以使用`samtools mpileup`命令的`-@`选项来指定使用的进程数量，以加快计算速度。 如果你没有使用`-@`选项来限制使用的进程数量，则`samtools mpileup`命令将会自动检测计算机的处理器核心数，并使用相应数量的进程来处理输入文件。例如，如果计算机有8个处理器核心，则`samtools mpileup`命令将默认使用8个进程来处理输入文件。但是，在某些情况下，限制使用的进程数量可能会更加稳定和可靠。

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