chevkv基于成对ANI的快速基因组聚类

1、首先，创建一个blast+数据库

makeblastdb -in <my_seqs.fna> -dbtype nucl -out <my_db>

2、接下来，使用来自blast+包的巨型爆破执行序列的全队全部爆破

blastn -query <my_seqs.fna> -db <my_db> -outfmt '6 std qlen slen' -max_target_seqs 10000 -o <my_blast.tsv> -num_threads 32

3、注意：使用-perc_identity标志将以牺牲灵敏度为代价加快搜素速度

blastn -query <my_seqs.fna> -db <my_db> -outfmt '6 std qlen slen' -max_target_seqs 10000 -perc_identity 90 -o <my_blast.tsv> -num_threads 32

4、接下来，通过组合序列对之间的局部比对来计算成对的ANI

anicalc.py -i <my_blast.tsv> -o <my_ani.tsv>

5、最后，使用MIUVIG推荐参数（95%ANI + 85%自动对焦）执行类似UCLUST的聚类分析

aniclust.py --fna <my_seqs.fna> --ani <my_ani.tsv> --out <my_clusters.tsv> --min_ani 95 --min_tcov 85 --min_qcov 0

详细点这