Day3-李丘山

Linux appstore——Conda环境构建

Conda/Miniconda下载

1. 设置镜像网站：minicondahttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2. 找到latest版本，复制链接。
3. 在选中目录下使用wget 网址下载至本目录。

Miniconda安装

1. bash 脚本名 安装。
2. 中间跳过版权信息，提问时选yes。
3. source ~/.bashrc激活Miniconda。
4. 输入conda开始更新。
5. 添加镜像（北外）

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

引用自生信星球学习小组豆豆老师和花花老师的教程~

Conda使用

1. conda list查看当前服务器上安装的所有软件列表。
2. conda install 软件安装软件

conda install fastqc -y                   ##y默认过程中所有问题回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y

3. fastqc --help检查软件是否安装成功

Conda环境

“为不同的项目构建环境”

1. conda info --envs查看conda的环境 ，带*的为当前环境。
2. conda create建立新的conda环境。

conda create -n(#名字) rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y        #环境名rna-seq,以python3为环境，安装fastqc和trimmomatic

3. 再次查看创建的conda环境。
4. conda activate激活新的conda环境。

conda activate rna-seq                    

5. 再次查看创建的conda环境。*出现在已设置环境前，root位置出现环境名字。
6. conda deactivate 退出当前环境。

本篇学习笔记记录生信星球学习小组豆豆老师和花花老师的教程！