LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用

近年来，分子动力学及计算化学发展十分迅速，目前已经成为发表重要科研成果的“标准配置”，发表高水平文章更是不能缺少理论计算的助力，并且被广泛应用在化学、物理材料和生物等学科中。其中分子动力学软件 LAMMPS 可以模拟气态、液态、固态及混合态体系，并且计算速度快，计算能力强，采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗粒化等。而量子化学软件 Gaussian 是一款功能非常强大的综合软件包，功能全面、图形界面友好、结构和能量计算准确并且精度高，解决了很多实际课题问题。

 LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用

2024年3月30日—3月31日

2024年4月4日-4月5日

线上直播（授课四天）

特色：

1、本次课程采用在线直播的形式，提供无限次回放视频，发送全部案例资料，建立永不解散的课程群，长期互动答疑。采用“理论+实操”的讲授模式，以案例和科研论文为实例，走通整个模拟流程。

2、课程让大家掌握 LAMMPS 是什么？能干什么？怎么用？帮助学员运行并理解跟自己科研方向相近的例子，建立正确的仿真思路。实例讲授石墨烯、金属材料、纳米流体模拟和热传导、多成分体系的模拟、离子辐照损伤模拟等 5 个专题方向。高级进阶阶段为文献复现专题和高级反应力场应用专题（具体请查看课表内容）。

一 专题一“ LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用 ” 

赠送视频内容

MD 基础知识

分子动力学模拟入门理论—— 掌握 LAMMPS 的 in 文件中实现这些功能的命令

系综理论、主要算法介绍、单位制、积分步长的选取、温度和压力控制、周期性边界条件力场简介、分子动力学模拟流程

第一天 上午 LAMMPS 基础入门

1 1 LAMMPS 的基础入门 —— 初识 LAMMPS 是什么？能干什么？怎么用？

1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用

1.2 in文件结构格式

1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令

1.4 data文件格式

1.5 LAMMPS常见错误解决途径

  实例操作：

运行并理解跟自己科研方向相近的例子。

 第一天 下午LAMMPS 进阶（ 石墨烯、 金属材料 模拟专题 ）

2 2 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文

献模型，举一反三提高学习效率

  实例操作：

2.1 把剪切模型转换成拉伸模型

2.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型

2.3 石墨烯( 不同力场)、金属、合金、高熵合金等 拉伸剪切力学性质模拟

第二天 上午LAMMPS 进阶（纳米流体 模拟专题 ）

3 3 LAMMPS 进阶实例操作 ，理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文

献模型，举一反三提高学习效率

  实例操作：

3.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型

3.2 建立三维管道内的poiseuille流动

3.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟

3.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响

3.5 学习使用packmol，建立复杂混合溶液体系模型

3.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动

第二天 下午LAMMPS 进阶（热传导 模拟专题 ）

4 4 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文

献模型 ， 举一反三提高学习效率

实例操作：

4.1 理解导热系数意义

4.2 掌握lammps计算导热系数的几种方法

4.3 碳纳米管等导热系数的模拟计算

第三天 上午LAMMPS 进阶（多成分体系 模拟专题 ）

5 5 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文

献模型 ， 举一反三提高学习效率

  实例操作：

5.1 金属、合金、高熵合金的摩擦模拟

5.2 材料切削模拟

5.3 夹层结构(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度条件下的摩擦模拟

第三天 下 午LAMMPS 进阶（金属、半导体材料的辐照模拟）

6 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟

6.1 建立模拟体系的初始模型

6.2 PKA动能、位移随时间变化

6.3 点缺陷结构可视化

6.4 点缺陷的数量随时间变化

6.5 点缺陷的空间分布及演化过程

备选内容，根据课堂进度和学员情况决定

VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模，模型合并及模拟轨迹文件处理等

 第四天 上午  自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型

7 7 LAMMPS 分子力场文件创建及 MOFs 材料建模

7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征

7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型

7.3 讲解分子作用势能函数，学习编写MS软件中的力场参数文件（off文

件）

7.4 简单介绍巨正则系综Monte Carlo方法

7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料

7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件

7.7 运行能量最小化及体系的预松弛

7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间

轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

  实例操作：金属有机框架（ MOFs ）储氢和碳捕集模拟，计算密度分布 ，

分子的 MSD 等性质。

第四天 下午  分子筛纳米膜分离H2/CO2 混合气体模拟

8 8 研究 H2/CO2 在 ZIF-7 膜材料中分离性能 —— 模拟文献e Science 346, (6215), 1356-1359 的分离过程

8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包

8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型，再

现文献“Science 346 (6215),

1356-1359”的实验过程。

8.3 自定义分子力场文件（frc文件），

通过lammps程序生成data文件

8.4 运行能量最小化及体系的预松弛

8.5 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间

轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

8.6 采用VMD查看动态轨迹8.7 数据分析，计算RDF，MSD，密度分布，

选择性等

实例操作： VMD 中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的 MSD 等，

抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。

LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用：￥3900 元/人

官方联系人: 科宇老师 电话：13520456594

微信：pray5186 QQ：1446084643