第三代 DNA测序技术

DNA测序技术为几乎所有生物项目研究必备的核心中的核心。

第三代测序技术包括：

Pacific Biosciences（PacBio）：Single molecule，Real-time（SMRT）测序技术

以SMRT芯片为测序载体，基本原理：使用DNA聚合酶以及不同标记的四种dNTP，根据其与所测模板链结合后的发出的不同光的波长来判断碱基的类型。其关键技术是零模波导孔（Zero Mode Waveguide）——每一个SMRT包含上万个ZMW，外径100nm,波长大于其小孔直径，所以无法穿过，从而能量被限制在一个很小的范围中，这个范围正好能够覆盖当前碱基，游离的碱基仍然在黑暗中，从而能够将背景的干扰降到最低。

而上者还能检测碱基的修饰情况，如果有修饰，则聚合的速度出现减慢，峰值会改变。

特点：基于光信号测序速度快（约10个碱基每秒）

缺点（错误率高，百分之15左右，出错是随机发生的，可以通过多次测序改正。为测序技术通病）

Oxford Nanopore Technologies：Nanopore测序技术

基于电信号而不是光信号。

原理：设计了一种纳米孔，当碱基通过时会改变电流的强度，可以通过电磁设备检测电流变化确定不同的碱基。

特点：读长非常长（几十到一百kb）

错误率低（1-4，随机产生）

数据可实时读取，通量很高

样品制备编译（理论上还能直接用于测定RNA测序）

可直接读取甲基化的胞嘧啶

这两个公司的测序技术最大特点是可以实现单分子测序，即不用PCR扩增即可进行测序。

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