hdock网站复现学习笔记

参加计设，现在模型已经好了，但是网站还需要加点功能，想加一个类似于hdock的功能

The requested URL was not found on this server:

hdock:HDOCK服务器用于预测两个分子之间的结合复合物 通过使用混合对接策略来模拟蛋白质和核酸。因此 用户需要为要对接的两个分子提供输入。HDOCK公司 服务器可以接受四种类型的分子输入：

pdb文件：PDB文件，即蛋白质数据银行（Protein Data Bank）文件，是一种文本文件格式，用于描述保存在蛋白质数据银行中分子的三维结构。

The requested URL was not found on this server问题的解决

apache服务器：是世界使用排名第一的web服务器软件

如果只提供序列，服务器将自动构建模型 使用内部建模从蛋白质数据库中的同源模板构建 HH Suite、Clustalw2、 和 MODELLER。

蛋白质数据库：PDB数据库
HH Suit：用于敏感序列搜索
MODELLER：用于蛋白质的同源性或比较建模 三维结构
EMBL-EBI：EMBL-EBI 的 Job Dispatcher 通过其 Web 和编程界面免费提供对一系列生物信息学工具和生物数据集的访问

curl http://www.fftw.org/fftw-3.3.10.tar.gz -o fftw-3.3.10.tar.gz

bug：“error while loading shared libraries”
系统中缺少某个动态链接库，或者系统无法找到它
动态链接库：在linux中，动态链接库是一种特殊的二进制文件，它包含了程序运行所需的函数和数据这些库被设计为可以被多个程序共享，从而减少了系统的内存占用和磁盘空间的使用。当你运行一个程序时，系统会自动加载所需的库文件。但是，如果系统无法找到某个库文件，就会出现上述的错误提示。

可执行程序：是可在操作系统存储空间中浮动定位的二进制可执行程序。它可以加载到内存中，由操作系统加载并执行

第一个命令：hdock 1CGI_r_b.pdb 1CGI_l_b.pdb -out Hdock.out

这条命令使用 HDOCKlite 进行蛋白质对接。
1CGI_r_b.pdb 和 1CGI_l_b.pdb 是输入的 PDB（Protein Data Bank）格式的文件，包含了要进行对接的蛋白质的三维结构信息。
-out Hdock.out 指定输出文件的名称，这个文件将包含对接过程的结果。
总结来说，这条命令告诉 HDOCKlite 使用 1CGI_r_b.pdb 和 1CGI_l_b.pdb 这两个蛋白质结构文件进行对接，并将结果保存到 Hdock.out 文件中。

第二个命令：creapl Hdock.out top100.pdb -nmax 100 -complex -models

这个命令处理 Hdock.out 文件中的对接结果。
Hdock.out 是之前对接命令生成的输出文件，包含了对接过程中产生的所有可能的蛋白质复合物模型。
top100.pdb 是这个命令生成的输出文件，其中包含了根据评分排序后的前100个最佳对接模型。
-nmax 100 指定要生成的最佳对接模型的数量。
-complex 和 -models 是参数，用于指定输出的是蛋白质复合物模型。