Openslide
病理图像通常以.svs格式存储在数据库中。要想使用python处理svs格式的图像,我们通常使用Openslide模块。
关于Openslide模块的安装详见这个博客:
【解决Error】ModuleNotFoundError: No module named ‘openslide‘
病理图像数据结构
病理图像svs数据是以金字塔结构存储的。
为什么病理图像会有这么多level?
不同的level对应不同的放大倍数。
病理学家在用仪器对切片进行图像采集时,涉及到不同的放大倍数。不同的放大倍数展示了不同程度的细胞信息,例如放大倍数越小,看到的更多是全局的图像轮廓信息,放大倍数越大,看到的更多是局部的细胞分化等信息。这些不同的信息对于之后的肿瘤预测的不同任务有不同的作用。因此,svs格式保留了不同放大倍数下的图像信息。
可以使用以下代码查看WSI图像的level信息: